More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3512 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3512  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 261 aa  528  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0870  triosephosphate isomerase  75.4 
 
 		 250 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695096  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0955  triosephosphate isomerase  75 
 
 		 250 aa  352  4e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000301152 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1491  triosephosphate isomerase  76.31 
 
 		 247 aa  350  1e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020715  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2815  triosephosphate isomerase  73.23 
 
 		 270 aa  347  8e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1261  triosephosphate isomerase  76.19 
 
 		 251 aa  343  2e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168128 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5182  triosephosphate isomerase  72.29 
 
 		 248 aa  317  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1422  triosephosphate isomerase  76.03 
 
 		 242 aa  315  6e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3258  triosephosphate isomerase  74.59 
 
 		 245 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.826317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  66.27 
 
 		 248 aa  302  4.0000000000000003e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  65.2 
 
 		 251 aa  297  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  62.65 
 
 		 248 aa  289  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1287  triosephosphate isomerase  59.85 
 
 		 266 aa  288  7e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  62.65 
 
 		 248 aa  287  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  60.8 
 
 		 251 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  61.79 
 
 		 245 aa  285  5.999999999999999e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  59.6 
 
 		 251 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  59.6 
 
 		 251 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  59.6 
 
 		 251 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  60.57 
 
 		 245 aa  282  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  60.4 
 
 		 251 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  60.4 
 
 		 251 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  57.94 
 
 		 253 aa  280  1e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  61.04 
 
 		 248 aa  280  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1026  triosephosphate isomerase  60.8 
 
 		 251 aa  278  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00133267  normal  0.306303 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0740  triosephosphate isomerase  59.85 
 
 		 266 aa  278  8e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0410  triosephosphate isomerase  59.85 
 
 		 266 aa  278  8e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1296  triosephosphate isomerase  59.85 
 
 		 266 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1127  triosephosphate isomerase  59.85 
 
 		 266 aa  278  8e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324732  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1832  triosephosphate isomerase  60.8 
 
 		 251 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1432  triosephosphate isomerase  60.8 
 
 		 251 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.515426  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1058  triosephosphate isomerase  60 
 
 		 251 aa  269  4e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00483785  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3216  triosephosphate isomerase  57.77 
 
 		 258 aa  268  7e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00012954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1140  triosephosphate isomerase  61.57 
 
 		 248 aa  265  5.999999999999999e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.766646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1341  triosephosphate isomerase  56.57 
 
 		 259 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000463974  normal  0.0307092 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1089  triosephosphate isomerase  54.51 
 
 		 253 aa  260  2e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  54.4 
 
 		 250 aa  259  3e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0947  triosephosphate isomerase  55.78 
 
 		 249 aa  258  6e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2011  triosephosphate isomerase  54.84 
 
 		 259 aa  257  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000187443  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  51.6 
 
 		 250 aa  254  8e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  53.36 
 
 		 250 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  56.8 
 
 		 246 aa  253  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  55.56 
 
 		 249 aa  252  4.0000000000000004e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1591  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 		 255 aa  249  3e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2064  triosephosphate isomerase  52.57 
 
 		 250 aa  248  9e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1053  triosephosphate isomerase  50.81 
 
 		 252 aa  247  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  56.8 
 
 		 245 aa  245  4.9999999999999997e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4480  triosephosphate isomerase  53.23 
 
 		 255 aa  245  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.975487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0103  triosephosphate isomerase  51.19 
 
 		 256 aa  244  8e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  51.76 
 
 		 253 aa  244  8e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000244559  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45770  triosephosphate isomerase  55.65 
 
 		 251 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0169  triosephosphate isomerase  52.42 
 
 		 255 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.543601  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49960  triosephosphate isomerase  55.65 
 
 		 251 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3808  triosephosphate isomerase  51.82 
 
 		 255 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.102844  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4410  triosephosphate isomerase  52.82 
 
 		 255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.909919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4297  triosephosphate isomerase  52.82 
 
 		 255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4412  triosephosphate isomerase  52.82 
 
 		 255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0292909  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0154  triosephosphate isomerase  52.02 
 
 		 255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4327  triosephosphate isomerase  52.82 
 
 		 255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03804  triosephosphate isomerase  52.42 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4066  Triose-phosphate isomerase  52.42 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4359  triosephosphate isomerase  52.42 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.626096 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5374  triosephosphate isomerase  52.42 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4399  triosephosphate isomerase  52.42 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4805  triosephosphate isomerase  51.42 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000667098 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4150  triosephosphate isomerase  52.42 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4099  triosephosphate isomerase  52.42 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03753  hypothetical protein  52.42 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4453  triosephosphate isomerase  52.42 
 
 		 255 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  47.41 
 
 		 249 aa  242  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4052  triosephosphate isomerase  51.61 
 
 		 255 aa  242  5e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1520  triosephosphate isomerase  53.57 
 
 		 272 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0128427  decreased coverage  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2280  triosephosphate isomerase  51.98 
 
 		 253 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815023  normal  0.394565 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  47.88 
 
 		 260 aa  239  4e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0819  triosephosphate isomerase  49.19 
 
 		 252 aa  238  6.999999999999999e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  47.49 
 
 		 260 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  48.65 
 
 		 260 aa  236  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 		 255 aa  236  2e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 		 271 aa  236  3e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  47.88 
 
 		 260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0096  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4118  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0095  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  48.26 
 
 		 260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000164415  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  46.72 
 
 		 260 aa  233  3e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000137173  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0706  triosephosphate isomerase  54.39 
 
 		 255 aa  233  3e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.423457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01285  triosephosphate isomerase  50 
 
 		 251 aa  231  8.000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300976  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  49.18 
 
 		 251 aa  230  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4715  triosephosphate isomerase  50.6 
 
 		 251 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151784  hitchhiker  0.00871946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4581  triosephosphate isomerase  50.6 
 
 		 251 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.299699  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>