More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1053 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1053  triosephosphate isomerase  100 
 
 
252 aa  520  1e-146  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0819  triosephosphate isomerase  87.3 
 
 
252 aa  463  1e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  52.78 
 
 
248 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  53.75 
 
 
245 aa  262  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  53.36 
 
 
245 aa  261  6.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  54.76 
 
 
251 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  54.76 
 
 
251 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  54.37 
 
 
251 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  51.19 
 
 
248 aa  257  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  54.37 
 
 
251 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  54.37 
 
 
251 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  53.97 
 
 
251 aa  254  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  53.52 
 
 
253 aa  254  8e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000244559  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  52.53 
 
 
253 aa  254  9e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  51.19 
 
 
248 aa  253  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  52.34 
 
 
246 aa  245  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1026  triosephosphate isomerase  53.57 
 
 
251 aa  246  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00133267  normal  0.306303 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1287  triosephosphate isomerase  53.23 
 
 
266 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2011  triosephosphate isomerase  51.2 
 
 
259 aa  241  6e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000187443  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  47.66 
 
 
250 aa  238  9e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1341  triosephosphate isomerase  50.4 
 
 
259 aa  237  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000463974  normal  0.0307092 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1058  triosephosphate isomerase  53.23 
 
 
251 aa  236  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00483785  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3216  triosephosphate isomerase  50 
 
 
258 aa  234  8e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00012954  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0947  triosephosphate isomerase  50.19 
 
 
249 aa  233  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144972  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1296  triosephosphate isomerase  53.23 
 
 
266 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  49.21 
 
 
251 aa  233  3e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0740  triosephosphate isomerase  53.23 
 
 
266 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0410  triosephosphate isomerase  53.23 
 
 
266 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1127  triosephosphate isomerase  53.23 
 
 
266 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324732  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1832  triosephosphate isomerase  53.23 
 
 
251 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1432  triosephosphate isomerase  52.82 
 
 
251 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.515426  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1966  triosephosphate isomerase  48.83 
 
 
256 aa  230  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000820066  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  48.81 
 
 
249 aa  229  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  47.64 
 
 
250 aa  228  7e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  50.39 
 
 
249 aa  227  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3448  triosephosphate isomerase  46.46 
 
 
256 aa  227  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1089  triosephosphate isomerase  48.22 
 
 
253 aa  226  3e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45770  triosephosphate isomerase  50.4 
 
 
251 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49960  triosephosphate isomerase  50.4 
 
 
251 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  49.19 
 
 
248 aa  226  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  47.83 
 
 
250 aa  224  8e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  47.83 
 
 
249 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1261  triosephosphate isomerase  49.4 
 
 
251 aa  223  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.168128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3512  triosephosphate isomerase  50.81 
 
 
261 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0674  triosephosphate isomerase  45.28 
 
 
250 aa  223  3e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.260735  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 
245 aa  222  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  49.01 
 
 
255 aa  221  8e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  49.01 
 
 
271 aa  221  9.999999999999999e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1491  triosephosphate isomerase  50.4 
 
 
247 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020715  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2815  triosephosphate isomerase  47.81 
 
 
270 aa  219  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01285  triosephosphate isomerase  48.59 
 
 
251 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300976  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  42.86 
 
 
260 aa  219  3e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2065  triosephosphate isomerase  47.43 
 
 
270 aa  219  3.9999999999999997e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2707  triosephosphate isomerase  44.62 
 
 
249 aa  219  3.9999999999999997e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2064  triosephosphate isomerase  46.64 
 
 
250 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  47.39 
 
 
251 aa  218  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2838  triosephosphate isomerase  44.62 
 
 
249 aa  218  7e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0927  triosephosphate isomerase  48.22 
 
 
250 aa  216  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1562  triosephosphate isomerase  47.83 
 
 
252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000611161  hitchhiker  0.000778836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0717  triosephosphate isomerase  46.85 
 
 
251 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.119458 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  42.86 
 
 
260 aa  214  7e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  42.64 
 
 
260 aa  214  8e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  42.64 
 
 
260 aa  214  8e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1520  triosephosphate isomerase  48 
 
 
272 aa  214  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0128427  decreased coverage  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  42.64 
 
 
260 aa  214  8e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0908  triosephosphate isomerase  43.87 
 
 
250 aa  214  8e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.842553  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  42.64 
 
 
260 aa  214  8e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  42.64 
 
 
260 aa  214  8e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0870  triosephosphate isomerase  49.6 
 
 
250 aa  214  9e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695096  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  42.64 
 
 
260 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  42.64 
 
 
260 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  42.64 
 
 
260 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  41.31 
 
 
260 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  42.64 
 
 
260 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3352  Triose-phosphate isomerase  47.27 
 
 
252 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  47.04 
 
 
254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1422  triosephosphate isomerase  50.83 
 
 
242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192091  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4715  triosephosphate isomerase  47.06 
 
 
251 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151784  hitchhiker  0.00871946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4581  triosephosphate isomerase  47.06 
 
 
251 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.299699  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1140  triosephosphate isomerase  51.78 
 
 
248 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.766646  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1464  triosephosphate isomerase  46.64 
 
 
250 aa  211  7e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.11594  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
251 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1670  triosephosphate isomerase  47.22 
 
 
251 aa  210  1e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.895843  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0267  triosephosphate isomerase  47.43 
 
 
249 aa  211  1e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  47.66 
 
 
251 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2060  triosephosphate isomerase  46.85 
 
 
250 aa  210  2e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183985  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0497  triosephosphate isomerase  45.45 
 
 
252 aa  209  3e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4716  triosephosphate isomerase  46.67 
 
 
251 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2717  triosephosphate isomerase  44.27 
 
 
246 aa  209  4e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0490631  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0238  triosephosphate isomerase  47.43 
 
 
249 aa  209  4e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0955  triosephosphate isomerase  48.79 
 
 
250 aa  209  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000301152 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0775  triosephosphate isomerase  47.24 
 
 
251 aa  208  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354266  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  41.31 
 
 
260 aa  208  6e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  40.54 
 
 
260 aa  207  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000137173  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  47.01 
 
 
249 aa  207  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2200  triosephosphate isomerase  46.43 
 
 
265 aa  207  1e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000236653  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1568  triosephosphate isomerase  41.9 
 
 
254 aa  207  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.384591  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1444  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  43.31 
 
 
655 aa  206  2e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0991  triosephosphate isomerase  45.06 
 
 
254 aa  206  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  40.93 
 
 
260 aa  206  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>