54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1841 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1841  Nucleotide binding protein PINc  100 
 
 		 174 aa  340  5.999999999999999e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0147111 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2165  Nucleotide binding protein PINc  96.55 
 
 		 174 aa  310  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0440807  normal  0.167197 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2010  hypothetical protein  80.38 
 
 		 161 aa  238  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0775029 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1013  hypothetical protein  54.09 
 
 		 174 aa  144  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0977  hypothetical protein  55.13 
 
 		 179 aa  138  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5552  hypothetical protein  52.29 
 
 		 159 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.164323 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2248  nucleotide binding protein PINc  50 
 
 		 165 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.362228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1374  protein of unknown function DUF132  51.7 
 
 		 165 aa  131  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.854958  hitchhiker  0.00418974 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2141  nucleotide binding protein PINc  49.37 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.873448  normal  0.497654 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2262  hypothetical protein  49.37 
 
 		 165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1980  hypothetical protein  52.78 
 
 		 171 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.806705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1053  hypothetical protein  51.68 
 
 		 165 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0032005  normal  0.672022 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1612  hypothetical protein  52.11 
 
 		 165 aa  124  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2224  hypothetical protein  52.11 
 
 		 165 aa  124  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3181  hypothetical protein  50.98 
 
 		 165 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0366443  normal  0.608248 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1466  hypothetical protein  58.62 
 
 		 222 aa  90.1  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0148565  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4483  hypothetical protein  43.57 
 
 		 136 aa  89.4  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.290345 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2605  hypothetical protein  46.9 
 
 		 145 aa  87.4  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.673363 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1160  hypothetical protein  59.74 
 
 		 210 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0057059  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0443  hypothetical protein  59.74 
 
 		 210 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0709  hypothetical protein  59.74 
 
 		 210 aa  87  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0745  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1320  hypothetical protein  59.74 
 
 		 210 aa  87  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1329  hypothetical protein  59.74 
 
 		 210 aa  87  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1089  hypothetical protein  59.74 
 
 		 225 aa  84.3  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.205133  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3712  hypothetical protein  42.42 
 
 		 147 aa  83.2  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0926768 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0684  PilT domain-containing protein  42.45 
 
 		 162 aa  82  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2887  hypothetical protein  40.15 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.125947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0423  PilT domain-containing protein  45.11 
 
 		 160 aa  77  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0351  hypothetical protein  43.41 
 
 		 161 aa  73.9  0.0000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0727  hypothetical protein  35.62 
 
 		 158 aa  73.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0474  protein of unknown function DUF132  43.51 
 
 		 143 aa  72  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2853  hypothetical protein  37.58 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140005 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3449  hypothetical protein  37.75 
 
 		 161 aa  70.1  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0112989  normal  0.343621 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0340  hypothetical protein  43.41 
 
 		 161 aa  66.6  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.171538  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0780  hypothetical protein  40 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0715  hypothetical protein  34.38 
 
 		 138 aa  61.6  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0308  PilT domain-containing protein  29.41 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2114  PilT domain-containing protein  30.43 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.817585  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4252  hypothetical protein  33.07 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0116509  normal  0.0373968 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2655  hypothetical protein  29.53 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1132  protein of unknown function DUF132  31.75 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.986336  normal  0.107749 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3888  protein of unknown function DUF132  36.07 
 
 		 142 aa  48.5  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4381  PilT domain-containing protein  29.93 
 
 		 138 aa  48.5  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3133  PilT protein domain protein  28.38 
 
 		 137 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1746  protein of unknown function DUF132  29.2 
 
 		 147 aa  45.8  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1868  PilT protein domain protein  33.06 
 
 		 144 aa  46.2  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2705  PilT protein domain protein  42.03 
 
 		 162 aa  46.2  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000855121  normal  0.254585 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2858  Nucleotide binding protein PINc  23.24 
 
 		 136 aa  45.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3147  hypothetical protein  32.41 
 
 		 148 aa  44.3  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.372503  normal  0.192106 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2217  Nucleotide binding protein PINc  26.4 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2280  Nucleotide binding protein PINc  26.4 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0719969  hitchhiker  0.0001006 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0652  hypothetical protein  23.13 
 
 		 139 aa  41.6  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000285816  hitchhiker  0.0000013741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0110  hypothetical protein  30.65 
 
 		 136 aa  41.2  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0719  PilT protein domain protein  24.14 
 
 		 134 aa  41.2  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0435665  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>