More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3957 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
328 aa  659    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  88.41 
 
 
328 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  79.2 
 
 
328 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  82.32 
 
 
328 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  75.61 
 
 
327 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.39 
 
 
326 aa  474  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.65 
 
 
327 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.38 
 
 
325 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.56 
 
 
327 aa  441  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.06 
 
 
327 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.06 
 
 
327 aa  432  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.26 
 
 
329 aa  428  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.7 
 
 
328 aa  405  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.82 
 
 
328 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.51 
 
 
325 aa  368  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.82 
 
 
330 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.55 
 
 
329 aa  295  9e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  47.24 
 
 
326 aa  279  5e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.55 
 
 
326 aa  278  8e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.24 
 
 
326 aa  276  5e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.93 
 
 
323 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  46.93 
 
 
323 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  46.93 
 
 
323 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  46.93 
 
 
323 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  46.63 
 
 
323 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  46.63 
 
 
323 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  45.4 
 
 
323 aa  267  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.58 
 
 
327 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.4 
 
 
323 aa  266  4e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.79 
 
 
323 aa  266  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.34 
 
 
327 aa  265  7e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.43 
 
 
323 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.79 
 
 
323 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.79 
 
 
323 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.12 
 
 
323 aa  263  4e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.79 
 
 
323 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.71 
 
 
326 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.69 
 
 
316 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.69 
 
 
316 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.69 
 
 
316 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.38 
 
 
316 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.38 
 
 
316 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.3 
 
 
323 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.68 
 
 
324 aa  256  5e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.15 
 
 
332 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  42.15 
 
 
332 aa  252  6e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.55 
 
 
332 aa  252  7e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.71 
 
 
314 aa  251  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  39.69 
 
 
315 aa  250  3e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.27 
 
 
325 aa  243  3e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.13 
 
 
348 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.95 
 
 
351 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.69 
 
 
319 aa  240  2e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.15 
 
 
342 aa  238  8e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.15 
 
 
356 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  42.11 
 
 
321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  42.11 
 
 
321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  44.27 
 
 
321 aa  226  3e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.56 
 
 
315 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.41 
 
 
339 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.11 
 
 
341 aa  219  7e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  37.42 
 
 
316 aa  205  1e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.02 
 
 
339 aa  192  6e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  36.25 
 
 
347 aa  178  9e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  36.16 
 
 
318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.17 
 
 
311 aa  159  6e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
325 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  32.48 
 
 
328 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  32.21 
 
 
359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.23 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  30.95 
 
 
635 aa  146  6e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  34.21 
 
 
308 aa  145  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.49 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.21 
 
 
306 aa  112  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.97 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.26 
 
 
319 aa  74.3  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.66 
 
 
308 aa  72  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0248885  hitchhiker  0.0015787 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.32 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.71 
 
 
317 aa  67.4  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  30.51 
 
 
329 aa  67  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
334 aa  67  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.16038  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
328 aa  66.6  0.0000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.76 
 
 
325 aa  66.2  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  31.68 
 
 
303 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.52 
 
 
328 aa  65.1  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.321568  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
322 aa  63.5  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  31.71 
 
 
329 aa  63.9  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3768  UDP-glucose 4-epimerase  34.96 
 
 
329 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160561 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3672  UDP-glucose 4-epimerase  35.09 
 
 
328 aa  63.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0118315 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8322  UDP-glucose 4-epimerase  29.52 
 
 
314 aa  63.2  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
303 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.61 
 
 
309 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 
357 aa  62.4  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
316 aa  62.4  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0867  UDP-galactose 4-epimerase  28.49 
 
 
329 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.640943  normal  0.227397 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  30.46 
 
 
340 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
315 aa  60.5  0.00000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5661  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.25 
 
 
329 aa  60.5  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.894525 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  29.71 
 
 
337 aa  60.1  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>