More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3310 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3310  trigger factor  100 
 
 		 452 aa  900    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4575  trigger factor  76.99 
 
 		 452 aa  682    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.136212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2562  trigger factor  89.38 
 
 		 452 aa  825    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2391  trigger factor  80.35 
 
 		 453 aa  743    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.395533 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2895  trigger factor  90.73 
 
 		 453 aa  813    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.590231  normal  0.0645132 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2230  trigger factor  67.79 
 
 		 453 aa  622  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1900  trigger factor  66.74 
 
 		 453 aa  617  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.958008 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3590  trigger factor  59.38 
 
 		 452 aa  550  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0497135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7404  trigger factor  53.22 
 
 		 473 aa  500  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1049  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5133  trigger factor  52.13 
 
 		 473 aa  489  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.69039 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2678  trigger factor  50.33 
 
 		 478 aa  482  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111476  normal  0.981646 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2370  trigger factor  50.77 
 
 		 478 aa  483  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.88824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2415  trigger factor  50.33 
 
 		 478 aa  482  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.502295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6582  trigger factor  52.37 
 
 		 485 aa  481  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0465754 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1181  trigger factor  51.01 
 
 		 491 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.176713  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2912  trigger factor  50.91 
 
 		 462 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2478  trigger factor  52.46 
 
 		 493 aa  468  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1790  trigger factor  49.66 
 
 		 476 aa  467  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.147522  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2185  trigger factor  52.03 
 
 		 460 aa  462  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368629  normal  0.570218 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3235  trigger factor  48.77 
 
 		 512 aa  460  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.112931  normal  0.882786 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1703  trigger factor  49.2 
 
 		 494 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0553  trigger factor  47.79 
 
 		 474 aa  451  1e-125  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017975  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1505  trigger factor  49.43 
 
 		 495 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1337  trigger factor  48.22 
 
 		 518 aa  441  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.270787  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0895  trigger factor  48.88 
 
 		 485 aa  438  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0898  trigger factor  48.66 
 
 		 485 aa  435  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2280  trigger factor  48.21 
 
 		 485 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3059  trigger factor  43.75 
 
 		 513 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.438703  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2849  trigger factor  43.08 
 
 		 454 aa  370  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0303006 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0916  trigger factor  42.86 
 
 		 440 aa  360  4e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0843  trigger factor  42.66 
 
 		 544 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.793444  normal  0.0950155 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0887  trigger factor  45.98 
 
 		 459 aa  352  5e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109425  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2190  trigger factor  43.08 
 
 		 442 aa  352  7e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1033  trigger factor  41.29 
 
 		 443 aa  343  4e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0594  trigger factor  40.41 
 
 		 551 aa  342  1e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1613  trigger factor  41.93 
 
 		 441 aa  337  1.9999999999999998e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1549  trigger factor  40.53 
 
 		 463 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0142  trigger factor  41.74 
 
 		 444 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1775  trigger factor  41.74 
 
 		 444 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.816164 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1349  trigger factor  41.96 
 
 		 444 aa  328  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295342  normal  0.310757 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3323  trigger factor  41.63 
 
 		 445 aa  324  2e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.113258 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0572  trigger factor  35 
 
 		 435 aa  256  7e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.19365 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1841  trigger factor  36.49 
 
 		 434 aa  243  7e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00619817  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2289  trigger factor  33.93 
 
 		 450 aa  239  6.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.030502  normal  0.410432 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0938  trigger factor  33.48 
 
 		 436 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.401032  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0307  trigger factor  32.66 
 
 		 445 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121023  normal  0.638239 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0604  trigger factor  31.94 
 
 		 436 aa  233  5e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3786  trigger factor  31.85 
 
 		 435 aa  232  8.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3012  trigger factor  32.65 
 
 		 435 aa  231  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1607  trigger factor  34.15 
 
 		 444 aa  230  5e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1271  trigger factor  32.42 
 
 		 435 aa  228  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.254971  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3643  trigger factor  31.67 
 
 		 442 aa  222  9.999999999999999e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000676288  normal  0.562655 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0472  trigger factor  33.41 
 
 		 432 aa  217  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5225  trigger factor  32.73 
 
 		 448 aa  217  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0489  trigger factor  33.63 
 
 		 432 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000095414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0903  trigger factor  33.18 
 
 		 432 aa  216  5e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000144682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0550  trigger factor  33.63 
 
 		 432 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000374305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0496  trigger factor  33.63 
 
 		 432 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000142859  hitchhiker  0.000578508 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1947  trigger factor  32.73 
 
 		 448 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.273934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1047  trigger factor  33.93 
 
 		 434 aa  216  5e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000149025  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0506  trigger factor  33.63 
 
 		 432 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000626608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0487  trigger factor  33.63 
 
 		 432 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182354  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1348  trigger factor  32.28 
 
 		 448 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0514517  normal  0.0597463 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3093  trigger factor  33.48 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353037  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0909  trigger factor  33.11 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3055  trigger factor  33.48 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1842  trigger factor  32.73 
 
 		 448 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0231887 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1094  trigger factor  34.16 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000123079  hitchhiker  0.00000434188 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3235  trigger factor  33.48 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00052643  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1030  trigger factor  33.11 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.553429  hitchhiker  0.0000000130547 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00387  trigger factor  33.18 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3173  trigger factor  33.18 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000698649  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0479  trigger factor  33.18 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000713029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0522  trigger factor  33.18 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000233962  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1176  trigger factor  30.57 
 
 		 436 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3196  trigger factor  33.18 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000193083  hitchhiker  0.000427763 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00391  hypothetical protein  33.18 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000262738  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2047  trigger factor  33.49 
 
 		 448 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.109899  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0513  trigger factor  33.18 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.68965e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1912  trigger factor  32.73 
 
 		 448 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.78721  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004045  cell division trigger factor  31.63 
 
 		 435 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000395206  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6155  trigger factor  32.05 
 
 		 448 aa  213  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1924  trigger factor  32.05 
 
 		 448 aa  213  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.317146  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2233  trigger factor  30.88 
 
 		 447 aa  213  7.999999999999999e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0292986  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1722  trigger factor  32.74 
 
 		 441 aa  212  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  0.0869561 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0359  trigger factor  32.96 
 
 		 432 aa  212  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000325154  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1010  trigger factor  32.28 
 
 		 448 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595556  normal  0.725112 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2118  trigger factor  32.73 
 
 		 449 aa  211  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3137  trigger factor  32.13 
 
 		 436 aa  211  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000644844  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1460  trigger factor  31.46 
 
 		 436 aa  210  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.944672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14950  trigger factor  31.8 
 
 		 429 aa  210  4e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000821588  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3069  trigger factor  32.44 
 
 		 434 aa  210  4e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0128477  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2510  trigger factor  31.53 
 
 		 437 aa  210  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2566  trigger factor  30.63 
 
 		 435 aa  209  7e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1940  trigger factor  30.73 
 
 		 447 aa  209  1e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1905  trigger factor  31.98 
 
 		 448 aa  209  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1379  trigger factor  30.86 
 
 		 451 aa  208  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2049  trigger factor  32.51 
 
 		 436 aa  208  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431317  normal  0.217945 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1513  trigger factor  32.37 
 
 		 433 aa  207  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000677902  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1431  trigger factor  29.75 
 
 		 432 aa  206  5e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0842369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>