216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2965 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2965  Uracil-DNA glycosylase superfamily  100 
 
 
224 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2644  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  81.9 
 
 
225 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0136839  hitchhiker  0.00783391 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2605  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  89.45 
 
 
200 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0477634  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2258  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  80 
 
 
242 aa  349  2e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2632  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  77.29 
 
 
226 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.122532  normal  0.188311 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4690  putative uracil-DNA glycosylase  75 
 
 
229 aa  325  4.0000000000000003e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.761562  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1925  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  76.59 
 
 
225 aa  315  5e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.461762 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3835  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  70.14 
 
 
233 aa  292  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2864  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  69.46 
 
 
223 aa  288  4e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.48935  normal  0.109916 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1001  Uracil-DNA glycosylase superfamily  64.25 
 
 
228 aa  277  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00625229 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0943  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  64.35 
 
 
220 aa  269  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0789384  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2448  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  63.46 
 
 
236 aa  267  1e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0648  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  60.19 
 
 
223 aa  263  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0642  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.19 
 
 
223 aa  263  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.764609  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0466  uracil DNA glycosylase family protein  58.57 
 
 
228 aa  258  5.0000000000000005e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.276682  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2639  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  59.72 
 
 
216 aa  254  8e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.990849  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1579  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  61.17 
 
 
220 aa  253  1.0000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.111562  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1722  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  58.33 
 
 
225 aa  252  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.598455  normal  0.212618 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0527  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  62.81 
 
 
211 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0572467  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0380  Uracil-DNA glycosylase superfamily  57.4 
 
 
232 aa  248  7e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.172992  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1551  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.49 
 
 
220 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1860  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  60.2 
 
 
214 aa  231  9e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0361601  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1599  Uracil-DNA glycosylase superfamily  58.33 
 
 
212 aa  229  2e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1220  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  55.67 
 
 
232 aa  223  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.58979  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1908  hypothetical protein  53.4 
 
 
218 aa  221  8e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.443294  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1269  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.93 
 
 
238 aa  208  4e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0703  hypothetical protein  53.73 
 
 
207 aa  207  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.109523 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2037  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.16 
 
 
215 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.161308  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1361  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  50.73 
 
 
214 aa  188  7e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0736  putative uracil-DNA glycosylase  45.45 
 
 
224 aa  170  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2636  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.32 
 
 
221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1564  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.38 
 
 
228 aa  165  5e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.14365  hitchhiker  0.00784209 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2949  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.69 
 
 
228 aa  156  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3164  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.72 
 
 
221 aa  156  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.368387  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0811  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.33 
 
 
262 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.53621  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5791  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.78 
 
 
233 aa  153  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0682  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.67 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0263882  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0366  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.91 
 
 
217 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1903  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.86 
 
 
312 aa  146  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32190  uracil-DNA glycosylase  42.58 
 
 
235 aa  145  6e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.657779  normal  0.0875972 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5226  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.25 
 
 
244 aa  142  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18668  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0440  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.09 
 
 
251 aa  142  3e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.653771  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0935  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.98 
 
 
284 aa  142  6e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0925  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.43 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.394614  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5298  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.85 
 
 
240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0899  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.19 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242395  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2236  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.86 
 
 
282 aa  136  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1921  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.9 
 
 
210 aa  134  9e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.21092 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11285  hypothetical protein  43.35 
 
 
299 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0544  Uracil-DNA glycosylase superfamily  36.67 
 
 
219 aa  132  3e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4459  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.71 
 
 
284 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29970  uracil-DNA glycosylase  40 
 
 
266 aa  132  5e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50722 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3772  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.83 
 
 
226 aa  131  9e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.817518  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1169  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.9 
 
 
206 aa  131  9e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00763816 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0842  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.31 
 
 
230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558809  normal  0.314333 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3689  Uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.29 
 
 
226 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3919  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.1 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1028  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40.93 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.250169  normal  0.0211091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1079  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.71 
 
 
291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.702273  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1651  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40 
 
 
299 aa  128  7.000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3631  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.79 
 
 
226 aa  128  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8576  uracil-DNA glycosylase superfamily  38.84 
 
 
266 aa  125  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.610367  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3755  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.76 
 
 
186 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0169947  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0720  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.09 
 
 
217 aa  123  2e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.455468  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1040  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.25 
 
 
301 aa  122  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1386  Uracil-DNA glycosylase superfamily  40 
 
 
236 aa  120  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0479897  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3128  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.18 
 
 
268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56795  hitchhiker  0.0037268 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0814  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.27 
 
 
231 aa  117  9.999999999999999e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3957  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.48 
 
 
273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4031  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.48 
 
 
273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3971  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.48 
 
 
273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.649617  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0818  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.75 
 
 
215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0737592  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3233  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.15 
 
 
281 aa  105  4e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0718462  normal  0.0819142 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0248  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  31.25 
 
 
192 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.548408  normal  0.366992 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.93 
 
 
204 aa  67.4  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.3735  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0318  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  31.76 
 
 
193 aa  66.6  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100378  normal  0.0408737 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2491  DNA polymerase domain-containing protein  28.16 
 
 
264 aa  63.5  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.15 
 
 
264 aa  62  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.5261 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_379  uracil DNA glycosylase superfamily, DNA polymerase bacteriophage-type  39.29 
 
 
206 aa  61.6  0.000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0437  uracil-DNA glycosylase, putative  38.6 
 
 
189 aa  60.8  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0292507  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1649  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.33 
 
 
209 aa  60.8  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00048269 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1242  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.78 
 
 
264 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.738609 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0717  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.37 
 
 
195 aa  60.5  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.667137 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3154  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.88 
 
 
201 aa  60.8  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.5 
 
 
209 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.97 
 
 
231 aa  59.7  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1308  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.78 
 
 
264 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0132537  normal  0.393253 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.55 
 
 
193 aa  58.2  0.0000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.809619 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.72 
 
 
206 aa  57.8  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0748398  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5352  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.19 
 
 
336 aa  57  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1393  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.25 
 
 
210 aa  57.4  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6034  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.19 
 
 
346 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0371104  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0014  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.44 
 
 
263 aa  57  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2043  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.19 
 
 
346 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2062  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.19 
 
 
342 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.735685 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.19 
 
 
199 aa  57  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0795  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.25 
 
 
219 aa  56.6  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.96 
 
 
220 aa  56.6  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0438  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.97 
 
 
189 aa  56.6  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2255  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.62 
 
 
304 aa  56.2  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>