More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2684 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2684  phenylacetate--CoA ligase  100 
 
 		 460 aa  938    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0559  phenylacetate--CoA ligase  37.58 
 
 		 455 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1851  phenylacetate-CoA ligase  33.18 
 
 		 449 aa  222  9.999999999999999e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1845  phenylacetate-CoA ligase  33.72 
 
 		 440 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2792  phenylacetate--CoA ligase  31.25 
 
 		 440 aa  187  3e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  32.63 
 
 		 438 aa  182  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0790  phenylacetate--CoA ligase  31.32 
 
 		 458 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3222  phenylacetate--CoA ligase  31.63 
 
 		 445 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2408  Phenylacetate--CoA ligase  31.64 
 
 		 429 aa  176  7e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0464701 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0409  Phenylacetate--CoA ligase  31.87 
 
 		 447 aa  174  3.9999999999999995e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0103532 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2115  coenzyme F390 synthetase  29.68 
 
 		 447 aa  172  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0760  phenylacetate-CoA ligase  30.59 
 
 		 438 aa  171  3e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  29.87 
 
 		 440 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  29.35 
 
 		 440 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  29.87 
 
 		 440 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  29.35 
 
 		 440 aa  168  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1405  ABC transporter related  30.05 
 
 		 694 aa  168  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.112025  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  29.87 
 
 		 440 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  29.87 
 
 		 440 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1325  phenylacetate--CoA ligase  29.52 
 
 		 415 aa  167  4e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.878403  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0950  phenylacetate-CoA ligase  29.82 
 
 		 433 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000041107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0637  phenylacetate--CoA ligase  29.72 
 
 		 414 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  30.68 
 
 		 446 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1613  Phenylacetate--CoA ligase  30.2 
 
 		 445 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.297864  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1360  phenylacetate-CoA ligase  29.36 
 
 		 414 aa  164  3e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.292224  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08400  coenzyme F390 synthetase  30.67 
 
 		 447 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0324519  normal  0.311069 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  29.44 
 
 		 440 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  28.57 
 
 		 434 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0339  phenylacetate-CoA ligase  29.19 
 
 		 433 aa  163  6e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  30.11 
 
 		 433 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0561  phenylacetate--CoA ligase  29.78 
 
 		 447 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  29.68 
 
 		 433 aa  160  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1316  phenylacetate--CoA ligase  29.52 
 
 		 414 aa  160  5e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  29.71 
 
 		 433 aa  160  6e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  29.55 
 
 		 441 aa  159  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  29.91 
 
 		 431 aa  159  1e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2129  phenylacetate--CoA ligase  29.7 
 
 		 472 aa  157  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2986  phenylacetate-CoA ligase  29.91 
 
 		 435 aa  157  3e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.199718  normal  0.0181609 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0169  phenylacetate--CoA ligase  30.35 
 
 		 433 aa  157  3e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3655  phenylacetate--CoA ligase  29.58 
 
 		 481 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.174425 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  32.86 
 
 		 443 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2897  Phenylacetate--CoA ligase  30.66 
 
 		 428 aa  156  7e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0539  phenylacetate--CoA ligase  28.41 
 
 		 477 aa  156  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.757808  decreased coverage  0.00138843 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2051  phenylacetate-coenzyme A ligase, putative  29.08 
 
 		 433 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433372  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0379  phenylacetate--CoA ligase  29.4 
 
 		 432 aa  155  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.69725 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5019  phenylacetate--CoA ligase  29.89 
 
 		 477 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.173124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  29.6 
 
 		 444 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3457  phenylacetate-CoA ligase  31.74 
 
 		 433 aa  154  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1624  phenylacetate--CoA ligase  28.67 
 
 		 433 aa  153  5e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.962242 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0036  phenylacetate-CoA ligase  31.06 
 
 		 441 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  27.27 
 
 		 432 aa  153  7e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0374  phenylacetate-CoA ligase  26.65 
 
 		 441 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000302001  hitchhiker  0.00000497277 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1976  phenylacetate-CoA ligase  29.69 
 
 		 437 aa  152  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1585  Phenylacetate--CoA ligase  30.45 
 
 		 457 aa  151  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0730683 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1153  Phenylacetate--CoA ligase  30.62 
 
 		 434 aa  152  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1457  phenylacetate-CoA ligase  27.98 
 
 		 428 aa  151  3e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.387558 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27480  phenylacetate-CoA ligase  30.98 
 
 		 412 aa  151  3e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  29.21 
 
 		 444 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  28.44 
 
 		 435 aa  150  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1392  coenzyme F390 synthetase  27.94 
 
 		 413 aa  150  4e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000346033  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2872  phenylacetate-CoA ligase  27.5 
 
 		 433 aa  150  5e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0742777  normal  0.0504153 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0710  phenylacetate--CoA ligase  29.27 
 
 		 423 aa  150  5e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0777272 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0040  Phenylacetate--CoA ligase  31.06 
 
 		 441 aa  150  5e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.373743  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1721  Phenylacetate--CoA ligase  30.21 
 
 		 431 aa  150  7e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  28.41 
 
 		 433 aa  149  7e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0790  phenylacetate--CoA ligase  26.74 
 
 		 433 aa  149  7e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.740022  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0052  Phenylacetate--CoA ligase  30.84 
 
 		 441 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  27.83 
 
 		 434 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  29.42 
 
 		 430 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  28.76 
 
 		 433 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  29.59 
 
 		 432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  32.23 
 
 		 436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3824  phenylacetate-CoA ligase  29.83 
 
 		 436 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827131  normal  0.36821 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  27.21 
 
 		 436 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2452  phenylacetate--CoA ligase  30.56 
 
 		 432 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.601258 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2278  phenylacetate-CoA ligase  29.4 
 
 		 430 aa  147  4.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.129528  hitchhiker  0.0000241897 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1509  phenylacetate-CoA ligase  26.96 
 
 		 441 aa  147  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.047551  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0075  Phenylacetate--CoA ligase  29.2 
 
 		 433 aa  146  6e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0933  phenylacetate-CoA ligase  29.26 
 
 		 428 aa  146  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1683  phenylacetate--CoA ligase  29.83 
 
 		 433 aa  146  6e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1320  coenzyme F390 synthetase  30.14 
 
 		 436 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0169  phenylacetate--CoA ligase  29.71 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.419801  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1742  phenylacetate--CoA ligase  30 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.287077 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  28.5 
 
 		 444 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0660  phenylacetate-CoA ligase  25.8 
 
 		 431 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1818  phenylacetate-CoA ligase  32.39 
 
 		 433 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1504  Phenylacetate--CoA ligase  29.86 
 
 		 433 aa  145  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  28.05 
 
 		 434 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1625  phenylacetate--CoA ligase  28.04 
 
 		 429 aa  144  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.314491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0166  Phenylacetate--CoA ligase  33.24 
 
 		 432 aa  145  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02550  phenylacetate-CoA ligase  28.31 
 
 		 412 aa  144  3e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.856632  hitchhiker  0.000124946 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0749  phenylacetate--CoA ligase  27.66 
 
 		 433 aa  144  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0461279  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  26.29 
 
 		 433 aa  144  3e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  27.84 
 
 		 439 aa  144  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1321  Phenylacetate--CoA ligase  30.05 
 
 		 449 aa  144  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.710343  normal  0.230718 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  31.96 
 
 		 441 aa  144  4e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0861  phenylacetate-CoA ligase  29.71 
 
 		 432 aa  144  4e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354506  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  27.89 
 
 		 434 aa  144  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1160  phenylacetate--CoA ligase  26.61 
 
 		 433 aa  143  5e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1908  phenylacetate-CoA ligase  29.18 
 
 		 446 aa  143  6e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.26463  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>