More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1799 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6666  benzoylformate decarboxylase  75.53 
 
 
540 aa  801    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1799  benzoylformate decarboxylase  100 
 
 
542 aa  1092    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3938  benzoylformate decarboxylase  85.5 
 
 
540 aa  867    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23105  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3699  benzoylformate decarboxylase  82.84 
 
 
540 aa  879    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637419  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0743  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  53.73 
 
 
551 aa  546  1e-154  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.341364 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0705  benzoylformate decarboxylase  53.23 
 
 
539 aa  509  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214381  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0890  benzoylformate decarboxylase  52.38 
 
 
539 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1048  benzoylformate decarboxylase  52.38 
 
 
539 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0887  benzoylformate decarboxylase  52.38 
 
 
539 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.152058  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0346  benzoylformate decarboxylase  52.19 
 
 
539 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5914  benzoylformate decarboxylase  52.91 
 
 
535 aa  502  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1999  benzoylformate decarboxylase  51.44 
 
 
529 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0645  benzoylformate decarboxylase  52.19 
 
 
539 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0521172  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2480  benzoylformate decarboxylase  52.19 
 
 
539 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.20481  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0093  benzoylformate decarboxylase  52.19 
 
 
539 aa  504  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1023  benzoylformate decarboxylase  50.38 
 
 
529 aa  502  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2607  benzoylformate decarboxylase  52.4 
 
 
535 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.955084  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2583  benzoylformate decarboxylase  52.21 
 
 
535 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.380504  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6157  benzoylformate decarboxylase  50.76 
 
 
537 aa  498  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830904  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1545  benzoylformate decarboxylase  51.47 
 
 
548 aa  496  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.936505  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0714  benzoylformate decarboxylase  51.82 
 
 
536 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.331157 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2631  benzoylformate decarboxylase  52.21 
 
 
535 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2502  benzoylformate decarboxylase  52.53 
 
 
535 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.745207 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1679  benzoylformate decarboxylase  48.65 
 
 
518 aa  479  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5047  benzoylformate decarboxylase  49.42 
 
 
533 aa  473  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.133347  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  50.2 
 
 
499 aa  468  9.999999999999999e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232472 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0944  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding protein  47.14 
 
 
527 aa  426  1e-118  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1705  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  44.63 
 
 
540 aa  421  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2941  benzoylformate decarboxylase  43.65 
 
 
528 aa  410  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1896  benzoylformate decarboxylase  41.02 
 
 
529 aa  409  1e-113  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0968821  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1088  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  42.2 
 
 
533 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.703546  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1424  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  42.41 
 
 
536 aa  405  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5624  benzoylformate decarboxylase  41.43 
 
 
549 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.335952  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0137  benzoylformate decarboxylase  42.72 
 
 
525 aa  398  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64770  benzoylformate decarboxylase  41.48 
 
 
528 aa  399  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.819611  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0308  benzoylformate decarboxylase  42.48 
 
 
528 aa  385  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0935953  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1542  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  44.06 
 
 
542 aa  380  1e-104  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2776  benzoylformate decarboxylase  38.62 
 
 
535 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2758  thiamine pyrophosphate protein central region  35.74 
 
 
540 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  35.09 
 
 
554 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2750  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.58 
 
 
562 aa  258  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2527  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.04 
 
 
562 aa  258  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2455  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.03 
 
 
562 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.521664  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1191  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  33.58 
 
 
545 aa  228  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492896  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4704  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.47 
 
 
568 aa  213  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0820  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  27.96 
 
 
589 aa  204  2e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.155153  unclonable  0.0000131955 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1761  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.55 
 
 
559 aa  194  3e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.15439  hitchhiker  0.00802646 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1851  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.99 
 
 
566 aa  191  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1108  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.96 
 
 
489 aa  189  1e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0811747  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2867  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.32 
 
 
542 aa  188  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1252  thiamine pyrophosphate protein  27.32 
 
 
551 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0092  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.99 
 
 
561 aa  182  2e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.554485  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2501  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.42 
 
 
658 aa  182  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79319  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2432  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.88 
 
 
503 aa  178  2e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.157396  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3681  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.04 
 
 
586 aa  177  3e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358413  normal  0.114348 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0382  thiamine pyrophosphate protein  25.8 
 
 
552 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2048  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.47 
 
 
596 aa  174  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0534  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.77 
 
 
565 aa  168  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1973  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  29.96 
 
 
572 aa  168  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3430  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.7 
 
 
574 aa  164  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.646845  normal  0.0217288 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3580  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.23 
 
 
558 aa  164  4.0000000000000004e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0486011  normal  0.793533 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1592  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.23 
 
 
569 aa  163  8.000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5914  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25 
 
 
588 aa  162  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3236  acetolactate synthase III, large subunit, biosynthetic type  25.97 
 
 
575 aa  161  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00702842  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3605  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.15 
 
 
572 aa  161  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0748  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.74 
 
 
572 aa  160  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.651563  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2256  acetolactate synthase, large subunit  26.27 
 
 
560 aa  160  6e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0352  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.21 
 
 
556 aa  159  8e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0620  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.6 
 
 
560 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.635865  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0882  thiamine pyrophosphate protein  29.08 
 
 
558 aa  159  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2059  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.56 
 
 
573 aa  159  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0590  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.55 
 
 
553 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000684717  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1921  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.78 
 
 
576 aa  158  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.299558 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0596  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.22 
 
 
573 aa  158  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.793346  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3793  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.81 
 
 
572 aa  157  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0127  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.17 
 
 
584 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.53134  hitchhiker  0.000772873 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0132  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.17 
 
 
584 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.084297 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0128  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.17 
 
 
584 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0132  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.17 
 
 
584 aa  157  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0624  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.65 
 
 
574 aa  157  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146468 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2117  thiamine pyrophosphate protein  29.64 
 
 
556 aa  156  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.925616  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0741  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.04 
 
 
573 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2503  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.43 
 
 
566 aa  156  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000132944  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0125  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.98 
 
 
584 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1905  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  26.01 
 
 
573 aa  156  1e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5548  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  27.12 
 
 
568 aa  156  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00556  acetolactate synthase III large subunit  26.98 
 
 
572 aa  155  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1072  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  24.95 
 
 
566 aa  155  2e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0608  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  26.28 
 
 
566 aa  155  2e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0408  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.46 
 
 
562 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1175  Acetolactate synthase  27.78 
 
 
591 aa  155  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.112778  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001649  acetolactate synthase large subunit  26.72 
 
 
574 aa  155  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.546971  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0634  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.91 
 
 
573 aa  155  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0951931  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0019  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.14 
 
 
554 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2267  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.01 
 
 
549 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.158148 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0882  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.25 
 
 
572 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240618  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0223  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.5 
 
 
552 aa  154  4e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.387939  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08850  acetolactate synthase, large subunit  26.13 
 
 
623 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.369585  normal  0.232213 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00079  acetolactate synthase III large subunit  28.08 
 
 
574 aa  153  8e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00078  hypothetical protein  28.08 
 
 
574 aa  153  8e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>