More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0500 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  100 
 
 
491 aa  984    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  75.49 
 
 
507 aa  709    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  58.04 
 
 
474 aa  503  1e-141  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  52.24 
 
 
463 aa  445  1.0000000000000001e-124  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  43.38 
 
 
462 aa  410  1e-113  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  43.22 
 
 
458 aa  359  5e-98  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  35.98 
 
 
467 aa  323  6e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  44.61 
 
 
436 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  37.63 
 
 
445 aa  318  2e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  35.34 
 
 
445 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  33.97 
 
 
446 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  36.16 
 
 
448 aa  305  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  36.16 
 
 
448 aa  305  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  35.97 
 
 
447 aa  302  1e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  34.94 
 
 
467 aa  300  4e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  41.93 
 
 
469 aa  291  2e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  37.42 
 
 
474 aa  280  5e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  36.58 
 
 
466 aa  277  2e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000964515  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  34.53 
 
 
464 aa  270  5.9999999999999995e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  35.89 
 
 
476 aa  269  8e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000649333  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  36.98 
 
 
463 aa  256  8e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  31.72 
 
 
437 aa  234  3e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  31.62 
 
 
451 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  31.97 
 
 
451 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  31.03 
 
 
446 aa  230  3e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  30.83 
 
 
449 aa  229  6e-59  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  33.74 
 
 
452 aa  226  7e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  31.95 
 
 
437 aa  223  6e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  31.95 
 
 
437 aa  223  6e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  34.23 
 
 
455 aa  223  8e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  31.81 
 
 
447 aa  221  3e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  30.37 
 
 
445 aa  219  7.999999999999999e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  30.75 
 
 
444 aa  219  1e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  31.32 
 
 
455 aa  218  2e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000012325  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  35.54 
 
 
456 aa  215  9.999999999999999e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  31.08 
 
 
441 aa  211  3e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  29.45 
 
 
443 aa  211  4e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000265712  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  31.06 
 
 
445 aa  204  2e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  32.29 
 
 
744 aa  202  1.9999999999999998e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  35.32 
 
 
490 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  36.4 
 
 
430 aa  188  2e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000388378 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  33.06 
 
 
472 aa  181  2.9999999999999997e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000585492 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  32.84 
 
 
411 aa  176  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  32.22 
 
 
412 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  32.38 
 
 
429 aa  165  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  35.52 
 
 
394 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  36.04 
 
 
421 aa  164  3e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  34.05 
 
 
413 aa  163  7e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  31.8 
 
 
412 aa  163  7e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  33.55 
 
 
418 aa  158  3e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  33.94 
 
 
416 aa  157  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  31.16 
 
 
429 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  32.91 
 
 
418 aa  157  4e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  31.42 
 
 
424 aa  155  1e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  32.16 
 
 
425 aa  155  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  32.83 
 
 
408 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  32.83 
 
 
408 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  32.61 
 
 
408 aa  154  5e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  31.14 
 
 
425 aa  154  5e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.12 
 
 
445 aa  153  5.9999999999999996e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  33.79 
 
 
417 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  32.22 
 
 
415 aa  152  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  32.85 
 
 
420 aa  150  4e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  33.83 
 
 
410 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  32.9 
 
 
406 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  27.67 
 
 
470 aa  136  9e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000399076  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  31.18 
 
 
408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0977  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  22.33 
 
 
457 aa  63.5  0.000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000230391  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2613  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  25.91 
 
 
473 aa  63.5  0.000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00649562  unclonable  0.00000000000596507 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2401  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  21.74 
 
 
455 aa  62.8  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1968  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  29.59 
 
 
477 aa  62.8  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0316215  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0676  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.71 
 
 
462 aa  62  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0802  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  21.92 
 
 
435 aa  60.8  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1103  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  22.68 
 
 
467 aa  60.8  0.00000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.651159 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0725  UDP-N-acetylmuramate  26.42 
 
 
466 aa  60.8  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.729179 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2047  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  29.21 
 
 
477 aa  60.8  0.00000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00131729  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2872  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  28.22 
 
 
468 aa  60.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.647989 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0463  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.84 
 
 
469 aa  59.7  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132018 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0671  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  22.19 
 
 
457 aa  59.7  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2626  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  22.74 
 
 
469 aa  58.9  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000210646  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0480  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  21.86 
 
 
459 aa  59.3  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000047898  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4537  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  23.44 
 
 
455 aa  58.9  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0359  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.14 
 
 
476 aa  58.5  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0773  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  23.82 
 
 
486 aa  58.2  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.03528  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2700  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  27.11 
 
 
479 aa  58.5  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.278778  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3973  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  21.55 
 
 
458 aa  58.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6171  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.7 
 
 
467 aa  58.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.0868865 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2493  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.54 
 
 
522 aa  57.8  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0423  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  24.92 
 
 
460 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2541  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alani ne ligase  27.03 
 
 
445 aa  57.4  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3416  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.84 
 
 
478 aa  57.4  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.971134 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0351  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  22.56 
 
 
457 aa  57  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1995  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  26.42 
 
 
472 aa  57  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.490336  normal  0.214631 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1484  UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl- meso-diaminopimelate ligase  27.21 
 
 
491 aa  57  0.0000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1273  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  26.99 
 
 
498 aa  56.6  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.955729  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1076  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.79 
 
 
467 aa  56.2  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2192  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.37 
 
 
479 aa  56.2  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604206  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0752  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  25.82 
 
 
476 aa  56.2  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2645  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  26.78 
 
 
495 aa  55.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0409  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  24.58 
 
 
460 aa  55.8  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000667129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>