More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0003 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
237 aa  469  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.419442  unclonable  0.00000816972 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.39 
 
 
236 aa  370  1e-102  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0110746 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.49 
 
 
233 aa  272  3e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000124511  unclonable  0.0000000105469 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
235 aa  179  4e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.33248 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
233 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0457321 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
234 aa  168  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.16 
 
 
234 aa  168  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.83 
 
 
244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.134822  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.114405  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2142  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.912393 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7169  short chain dehydrogenase  40.66 
 
 
233 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.934383 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.87 
 
 
237 aa  159  3e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.874533  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 
240 aa  158  8e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 
237 aa  152  4e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.233429  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1895  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.79 
 
 
231 aa  152  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.13 
 
 
225 aa  149  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.379017  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0025  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.86 
 
 
232 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.73 
 
 
235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0911  short chain dehydrogenase  43.21 
 
 
237 aa  145  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0583  putative short-chain dehydrogenase/reductase  41.95 
 
 
231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00177948  normal  0.463308 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.58 
 
 
232 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0110624  normal  0.793533 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1577  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.13 
 
 
226 aa  144  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.062462  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.85 
 
 
236 aa  143  3e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239235  normal  0.254296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3805  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.88 
 
 
235 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1487  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
231 aa  140  9.999999999999999e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3439  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.72 
 
 
229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000413272 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3805  short chain dehydrogenase  41.22 
 
 
237 aa  138  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0132901  hitchhiker  0.00346902 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5484  short chain dehydrogenase  41.56 
 
 
237 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.485941 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3568  short chain dehydrogenase  41.56 
 
 
237 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0488562  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4799  short chain dehydrogenase  41.56 
 
 
237 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
227 aa  138  8.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70124  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2100  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.58 
 
 
226 aa  137  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3589  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377487  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4701  short chain dehydrogenase  41.95 
 
 
237 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4179  short chain dehydrogenase  41.95 
 
 
237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0383999  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.88 
 
 
231 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7587  short chain dehydrogenase  40.17 
 
 
241 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 
236 aa  128  6e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4854  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
236 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0657212  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 
222 aa  122  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.214682  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.74 
 
 
236 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.199135  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4813  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.42 
 
 
239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.246184  normal  0.864959 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
280 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36 
 
 
245 aa  115  7.999999999999999e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.86 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
264 aa  113  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.328176  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 
235 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000037264  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
262 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.86 
 
 
246 aa  112  5e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
252 aa  112  7.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.497149  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
254 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
233 aa  111  8.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
277 aa  111  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4577  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4960  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.599873  normal  0.483357 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4665  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302874  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
257 aa  109  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11970  short-chain type dehydrogenase/reductase  33.6 
 
 
256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.675496  normal  0.543432 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22780  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  34.02 
 
 
251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.503497 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 
252 aa  109  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
247 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
262 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.365337 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
262 aa  108  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
254 aa  108  6e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  34.38 
 
 
257 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5156  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
254 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.215894  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
250 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1601  short chain dehydrogenase  35.95 
 
 
253 aa  107  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.786043  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
275 aa  107  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.115875  normal  0.134088 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
250 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.345481 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
275 aa  107  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  34.43 
 
 
256 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
252 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.78 
 
 
249 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476786  normal  0.058074 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
245 aa  106  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.155975 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
272 aa  106  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1028  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  32.52 
 
 
250 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.242243  normal  0.177071 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
246 aa  106  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
251 aa  106  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 
250 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
251 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.383425 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
255 aa  105  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.78 
 
 
249 aa  105  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.012898 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.85 
 
 
280 aa  105  7e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
267 aa  105  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4056  short chain dehydrogenase  33.88 
 
 
257 aa  105  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
262 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.251558  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
261 aa  105  9e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.64 
 
 
249 aa  104  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.92 
 
 
247 aa  104  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.78 
 
 
251 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  30.08 
 
 
247 aa  104  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>