More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5878 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
259 aa  517  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  57.71 
 
 
251 aa  269  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2747  gluconate 5-dehydrogenase  61.2 
 
 
253 aa  259  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.583516  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  52 
 
 
256 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.98 
 
 
274 aa  216  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  50.41 
 
 
256 aa  214  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
257 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  46.94 
 
 
257 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
255 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
256 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
257 aa  206  3e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  42.34 
 
 
255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  43.27 
 
 
254 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  43.27 
 
 
254 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  43.67 
 
 
255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
255 aa  196  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  44.9 
 
 
252 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
261 aa  196  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
272 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
255 aa  194  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
257 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
255 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
260 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.04 
 
 
257 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  43.95 
 
 
251 aa  192  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
257 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
257 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
269 aa  191  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6091  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
260 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.50583  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
254 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  37.65 
 
 
289 aa  189  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 
254 aa  189  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 
254 aa  189  5e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
255 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  42.04 
 
 
256 aa  186  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
256 aa  186  4e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  39.18 
 
 
254 aa  184  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 
263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  46.34 
 
 
251 aa  182  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  39.18 
 
 
258 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  44.4 
 
 
254 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
253 aa  179  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
254 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  39.68 
 
 
254 aa  178  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
252 aa  178  7e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  39.36 
 
 
264 aa  178  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
252 aa  177  2e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4244  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.94 
 
 
249 aa  176  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
266 aa  176  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
256 aa  176  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.22 
 
 
248 aa  176  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  38.4 
 
 
262 aa  176  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
261 aa  176  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
264 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
254 aa  175  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
254 aa  175  6e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
265 aa  175  6e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
254 aa  175  8e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
254 aa  175  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  37.25 
 
 
254 aa  175  8e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  37.25 
 
 
254 aa  175  8e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
253 aa  174  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  36.44 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 
254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.46 
 
 
248 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 
254 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 
254 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 
263 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  44.62 
 
 
254 aa  171  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
257 aa  171  9e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.21 
 
 
247 aa  170  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.59 
 
 
246 aa  170  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
259 aa  170  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.44 
 
 
256 aa  169  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
265 aa  169  4e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.13 
 
 
251 aa  168  7e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.68 
 
 
245 aa  168  9e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 
270 aa  167  1e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34089  predicted protein  35.09 
 
 
268 aa  167  1e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  43.85 
 
 
249 aa  167  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
257 aa  167  1e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  42.46 
 
 
254 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5189  gluconate 5-dehydrogenase (5-keto-D-gluconate 5- reductase)  42.91 
 
 
261 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846982 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
261 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
246 aa  166  2e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
256 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.95 
 
 
249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  35.34 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
254 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
246 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  38.19 
 
 
256 aa  166  4e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000799282  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
249 aa  166  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.25 
 
 
258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 
265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0498  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44 
 
 
252 aa  165  8e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.726139  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
247 aa  164  9e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.17 
 
 
251 aa  164  9e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>