More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4220 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4220  alpha/beta hydrolase fold protein  100 
 
 
298 aa  599  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3218  alpha/beta hydrolase fold protein  47.42 
 
 
290 aa  231  9e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.14106  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1886  alpha/beta hydrolase fold  49.8 
 
 
284 aa  229  6e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1863  alpha/beta hydrolase fold  33.89 
 
 
293 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.302111  normal  0.224548 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2492  alpha/beta hydrolase fold  39.69 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.149577  normal  0.991851 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2303  alpha/beta hydrolase fold  37.25 
 
 
300 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00379663 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2687  alpha/beta hydrolase fold  34.62 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.646881 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1611  alpha/beta hydrolase fold  31.56 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107227  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2103  alpha/beta hydrolase fold protein  31.74 
 
 
296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6150  putative hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)(McbF)  33.73 
 
 
313 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.681838 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  28.96 
 
 
299 aa  85.5  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.23 
 
 
367 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.13 
 
 
370 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.13 
 
 
370 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3515  alpha/beta hydrolase fold protein  25.26 
 
 
293 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.95 
 
 
372 aa  70.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13602  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase bphD  27.09 
 
 
291 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.552922 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4183  alpha/beta hydrolase fold  27.07 
 
 
279 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.221808 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.63 
 
 
370 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30 
 
 
371 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.97 
 
 
368 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1754  alpha/beta hydrolase fold  27.34 
 
 
277 aa  69.7  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4541  alpha/beta hydrolase fold protein  28.52 
 
 
288 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.707016  normal  0.231702 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.92 
 
 
371 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.83 
 
 
368 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4748  alpha/beta hydrolase fold  30 
 
 
295 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.259792  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0350  alpha/beta hydrolase fold protein  28.47 
 
 
308 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.931364 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0531  alpha/beta hydrolase fold protein  29.74 
 
 
273 aa  68.6  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.3 
 
 
370 aa  68.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.73 
 
 
371 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.73 
 
 
371 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.83 
 
 
368 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2400  alpha/beta hydrolase fold  27.17 
 
 
288 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1183  Alpha/beta hydrolase  27.82 
 
 
279 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.330922  normal  0.0773535 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0592  alpha/beta hydrolase fold  24.91 
 
 
288 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1464  alpha/beta hydrolase fold  27.8 
 
 
294 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2652  alpha/beta hydrolase fold protein  28.52 
 
 
268 aa  66.2  0.0000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.191504  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.06 
 
 
371 aa  66.2  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.89 
 
 
370 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3276  alpha/beta hydrolase fold  28.15 
 
 
288 aa  65.9  0.0000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.15708  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0380  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.15 
 
 
288 aa  65.9  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.615144  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0424  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.15 
 
 
288 aa  65.9  0.0000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00303  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.15 
 
 
293 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3257  alpha/beta hydrolase fold protein  28.15 
 
 
288 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0373  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.15 
 
 
293 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.170384  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0413  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.15 
 
 
293 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00307  hypothetical protein  28.15 
 
 
293 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4246  alpha/beta hydrolase fold  27.8 
 
 
288 aa  65.9  0.0000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.912428  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3235  alpha/beta hydrolase fold  24.23 
 
 
316 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.423188  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3858  alpha/beta hydrolase fold  26.18 
 
 
283 aa  65.1  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0725  alpha/beta hydrolase fold protein  29.18 
 
 
286 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3791  alpha/beta hydrolase fold  27.63 
 
 
287 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2526  alpha/beta hydrolase fold  28.04 
 
 
275 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4621  alpha/beta hydrolase fold  27.15 
 
 
283 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3787  alpha/beta hydrolase fold  27.63 
 
 
287 aa  64.3  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.265139  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3860  alpha/beta hydrolase fold  27.63 
 
 
287 aa  64.3  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3545  alpha/beta hydrolase fold protein  27.15 
 
 
283 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158387  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2944  alpha/beta hydrolase fold  23.72 
 
 
300 aa  63.5  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.765765 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.92 
 
 
370 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1811  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  26.54 
 
 
263 aa  62.8  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00537081  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2456  alpha/beta hydrolase fold  25.66 
 
 
278 aa  62.8  0.000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0153839  normal  0.505758 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5093  alpha/beta hydrolase fold  26.98 
 
 
299 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.284245 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4708  alpha/beta hydrolase fold  26.98 
 
 
299 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0379  alpha/beta hydrolase fold protein  28.36 
 
 
285 aa  62  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.36178  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  25.95 
 
 
571 aa  62.4  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4794  alpha/beta hydrolase fold  26.98 
 
 
299 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5307  alpha/beta hydrolase fold  27.34 
 
 
295 aa  62  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.224347 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3338  alpha/beta hydrolase fold  29.2 
 
 
271 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0955603 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1463  Alpha/beta hydrolase  26.35 
 
 
278 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.234917  normal  0.480235 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2292  alpha/beta hydrolase fold  27.72 
 
 
275 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.288944 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3731  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.5 
 
 
372 aa  61.2  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  26.74 
 
 
271 aa  60.8  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1981  alpha/beta hydrolase fold  25.17 
 
 
287 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.578343 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0023  alpha/beta hydrolase fold  25.81 
 
 
315 aa  60.5  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00672386  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0809  alpha/beta hydrolase fold  27.87 
 
 
283 aa  60.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0415  alpha/beta hydrolase fold protein  24.35 
 
 
253 aa  60.5  0.00000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3844  alpha/beta hydrolase fold protein  26.32 
 
 
289 aa  60.1  0.00000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185404  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2323  putative 2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase (MhpC)  27.22 
 
 
289 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1799  Alpha/beta hydrolase fold  35.34 
 
 
275 aa  59.3  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  27.91 
 
 
374 aa  59.3  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02030  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  27.82 
 
 
341 aa  58.9  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1929  3-Oxoadipate enol-lactonase  35.54 
 
 
300 aa  58.9  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.878211  normal  0.500669 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2629  alpha/beta hydrolase fold protein  26.54 
 
 
263 aa  58.9  0.00000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000794828  hitchhiker  0.00279844 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3307  alpha/beta fold family hydrolase  35.54 
 
 
300 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3786  Alpha/beta hydrolase fold  27.24 
 
 
274 aa  58.9  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00563208  hitchhiker  0.00293132 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0274  Alpha/beta hydrolase fold  23.97 
 
 
289 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.642233  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1513  Alpha/beta hydrolase fold  27.17 
 
 
293 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4111  alpha/beta hydrolase fold protein  26.92 
 
 
288 aa  58.9  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0346007  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3689  alpha/beta hydrolase fold protein  27.08 
 
 
302 aa  58.5  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3303  3-Oxoadipate enol-lactonase  35.54 
 
 
300 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.664184  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0074  alpha/beta hydrolase fold  24.24 
 
 
275 aa  58.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0321  alpha/beta hydrolase fold protein  24.01 
 
 
312 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0208  alpha/beta hydrolase fold  25.95 
 
 
291 aa  58.5  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2141  alpha/beta hydrolase fold  27.55 
 
 
284 aa  58.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  28.72 
 
 
309 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4414  alpha/beta hydrolase fold  25.09 
 
 
277 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3522  alpha/beta hydrolase fold protein  24.39 
 
 
289 aa  57.8  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.328717  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5138  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.01 
 
 
371 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.184434  normal  0.586519 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0068  alpha/beta hydrolase fold  26.45 
 
 
297 aa  57.8  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0912  alpha/beta hydrolase fold  27.53 
 
 
264 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>