More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3967 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3967  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
447 aa  912    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.923272  normal  0.0394514 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1127  AMP-dependent synthetase and ligase  91.28 
 
 
447 aa  841    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0813  AMP-dependent synthetase and ligase  74.05 
 
 
449 aa  680    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4047  AMP-dependent synthetase and ligase  53.36 
 
 
447 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3063  AMP-dependent synthetase and ligase  42.51 
 
 
446 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.214783  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3791  AMP-dependent synthetase and ligase  42.29 
 
 
446 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.636512 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3895  hypothetical protein  41.94 
 
 
446 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 
449 aa  308  1.0000000000000001e-82  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.745476  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1373  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 
383 aa  141  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  27.48 
 
 
505 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  26.94 
 
 
518 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  26.76 
 
 
525 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  27.29 
 
 
519 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.47 
 
 
514 aa  125  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  27.25 
 
 
585 aa  123  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2525  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.01 
 
 
478 aa  123  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.539052 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5079  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.43 
 
 
506 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.216799 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4694  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.43 
 
 
506 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.107104  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.43 
 
 
506 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6525  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 
487 aa  123  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  26.32 
 
 
520 aa  122  9e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  27.46 
 
 
517 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6726  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 
473 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149024  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.9 
 
 
525 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3072  hypothetical protein  29.97 
 
 
448 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  27.66 
 
 
508 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.7 
 
 
512 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.35 
 
 
519 aa  120  6e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2939  AMP-dependent synthetase and ligase  26.27 
 
 
502 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.572456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  26.27 
 
 
502 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3296  AMP-dependent synthetase and ligase  26.61 
 
 
502 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0486472  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  26.65 
 
 
498 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 
501 aa  119  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  27.87 
 
 
508 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  25.64 
 
 
516 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0130  AMP-dependent synthetase and ligase  25.89 
 
 
502 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963028  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  29.27 
 
 
662 aa  117  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2327  AMP-dependent synthetase and ligase  27.65 
 
 
496 aa  117  3.9999999999999997e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.940747  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0163  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.52 
 
 
515 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2879  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 
862 aa  116  7.999999999999999e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13594  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.79 
 
 
507 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0112349  normal  0.250187 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3028  feruloyl-CoA synthetase  27.52 
 
 
515 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2967  feruloyl-CoA synthetase  27.52 
 
 
515 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4030  feruloyl-CoA synthetase  27.52 
 
 
515 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2861  AMP-dependent synthetase and ligase  28.53 
 
 
508 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.213595 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3343  feruloyl-CoA synthetase  27.52 
 
 
515 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  26.09 
 
 
495 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3956  feruloyl-CoA synthetase  27.52 
 
 
515 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1574  feruloyl-CoA synthetase  27.52 
 
 
515 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.95 
 
 
526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  27.03 
 
 
564 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  27.82 
 
 
507 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  27.2 
 
 
520 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  30.15 
 
 
506 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  29.23 
 
 
493 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  26.83 
 
 
546 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  30.09 
 
 
520 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  27.35 
 
 
510 aa  114  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0995  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 
460 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.537701  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1028  putative AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
530 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0219794  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2660  AMP-dependent synthetase and ligase  28.93 
 
 
510 aa  114  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.846562  normal  0.161262 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  25.79 
 
 
518 aa  114  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3230  AMP-dependent synthetase and ligase  27.35 
 
 
526 aa  114  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2360  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 
552 aa  113  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0362234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  28.42 
 
 
508 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0707  putative AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 
536 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.706357 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  26.23 
 
 
520 aa  113  7.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 
540 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 
499 aa  113  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  25.5 
 
 
553 aa  113  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  27.11 
 
 
514 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.96 
 
 
483 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188298  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5286  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.08 
 
 
523 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.680641  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3492  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 
555 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.117017  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  26.7 
 
 
518 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  31.27 
 
 
515 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  31.27 
 
 
515 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.5 
 
 
584 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1480  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.08 
 
 
512 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.98 
 
 
519 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4133  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.11 
 
 
490 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.731956  normal  0.7945 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  29.75 
 
 
508 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5076  AMP-dependent synthetase and ligase  26.2 
 
 
459 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273302  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  25.77 
 
 
515 aa  111  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  27.43 
 
 
512 aa  110  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  29.27 
 
 
508 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3996  AMP-dependent synthetase and ligase  28.66 
 
 
523 aa  110  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.414143  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1098  AMP-dependent synthetase and ligase  27.74 
 
 
460 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3655  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.1 
 
 
483 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334351  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3728  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.1 
 
 
483 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.38736 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2328  AMP-binding domain protein  24 
 
 
561 aa  110  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0310  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 
533 aa  110  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.280778  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  25.61 
 
 
551 aa  109  8.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 
499 aa  109  9.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  29.6 
 
 
549 aa  109  9.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  26.96 
 
 
564 aa  109  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3536  AMP-dependent synthetase and ligase  26.72 
 
 
530 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  26.16 
 
 
511 aa  109  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4529  AMP-dependent synthetase and ligase  27.51 
 
 
529 aa  109  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  25.35 
 
 
506 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>