178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0455 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0455  hypothetical protein  100 
 
 		 147 aa  296  9e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.417137 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0345  histidine triad (HIT) protein  82.88 
 
 		 150 aa  253  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.598088  normal  0.426855 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0330  histidine triad (HIT) protein  83.1 
 
 		 145 aa  247  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0428  histidine triad (HIT) protein  69.5 
 
 		 141 aa  211  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0976831  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0368  histidine triad (HIT) protein  69.57 
 
 		 144 aa  204  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.462248  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0865  histidine triad (HIT) protein  59.26 
 
 		 163 aa  152  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.577446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0794  histidine triad (HIT) protein  59.26 
 
 		 158 aa  151  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5463  histidine triad (HIT) protein  59.85 
 
 		 151 aa  145  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.189443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3647  histidine triad (HIT) protein  54.55 
 
 		 148 aa  141  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.623715  normal  0.697861 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2506  histidine triad (HIT) protein  51.09 
 
 		 153 aa  140  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0779  histidine triad (HIT) protein  49.64 
 
 		 142 aa  139  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0230  histidine triad (HIT) protein  59.46 
 
 		 139 aa  138  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4120  histidine triad (HIT) protein  56.03 
 
 		 143 aa  137  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2737  hypothetical protein  52.9 
 
 		 147 aa  136  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0586419 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6061  histidine triad (HIT) protein  51.09 
 
 		 147 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4052  hypothetical protein  47.1 
 
 		 142 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.663105 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0565  histidine triad (HIT) protein  50.36 
 
 		 147 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.419431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2652  histidine triad (HIT) protein  49.64 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.627712  normal  0.962372 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2122  histidine triad (HIT) protein  50.36 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.427523  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2785  histidine triad (HIT) protein  49.64 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.804661  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2734  histidine triad (HIT) protein  50.36 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2761  histidine triad (HIT) protein  50.36 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1505  histidine triad (HIT) protein  44.06 
 
 		 146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0218  hypothetical protein  49.61 
 
 		 142 aa  130  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.181658 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0184  hypothetical protein  46.76 
 
 		 152 aa  130  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0843  HIT family hydrolase  46.76 
 
 		 152 aa  130  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2762  HIT domain-containing protein  46.76 
 
 		 152 aa  130  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0604748  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2316  HIT domain-containing protein  46.76 
 
 		 152 aa  130  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.529616  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0665  HIT domain-containing protein  46.76 
 
 		 152 aa  130  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0681  HIT domain-containing protein  46.76 
 
 		 152 aa  130  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2396  HIT domain-containing protein  46.76 
 
 		 152 aa  130  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0372  histidine triad (HIT) protein  45.65 
 
 		 142 aa  130  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.423054 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0551  HIT domain-containing protein  48.87 
 
 		 152 aa  130  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0647  histidine triad (HIT) protein  46.67 
 
 		 142 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.780647  normal  0.90331 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4131  histidine triad (HIT) protein  56.43 
 
 		 145 aa  128  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.190525  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0119  histidine triad (HIT) protein  45.83 
 
 		 140 aa  124  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1289  histidine triad (HIT) protein  50.43 
 
 		 147 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0457  histidine triad (HIT) protein  39.16 
 
 		 146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0128148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3617  histidine triad (HIT) protein  33.62 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0338  histidine triad (HIT) protein  34.78 
 
 		 140 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.02755e-33 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1920  HIT family protein  40 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0530  HIT family protein  33.58 
 
 		 139 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0357  histidine triad (HIT) protein  33.91 
 
 		 140 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00612046  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3237  histidine triad (HIT) protein  32.5 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0380  HIT family protein  45.83 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.754034  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1291  HIT family protein  37.97 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.691184  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3912  histidine triad (HIT) protein  33.33 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000268802  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2993  histidine triad (HIT) protein  32.12 
 
 		 138 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000103081  normal  0.516918 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1691  HIT family protein  35.44 
 
 		 124 aa  67.8  0.00000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4448  histidine triad (HIT) protein  38.14 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.678684 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4912  histidine triad (HIT) protein  38.14 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363403  normal  0.678464 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4962  histidine triad (HIT) protein  36.27 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0265226  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0082  HIT family protein  34.83 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1048  histidine triad (HIT) protein  37.63 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.136733  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0370  histidine triad (HIT) protein  37.5 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.673964 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1667  histidine triad (HIT) protein  38.71 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.619204 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3073  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase  31.3 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000547688  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0618  histidine triad (HIT) protein  38.89 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.619143  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4849  histidine triad (HIT) protein  37.78 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104991  normal  0.870904 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0468  HIT family protein  42.62 
 
 		 120 aa  63.9  0.0000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.106154  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0088  histidine triad (HIT) protein  35.96 
 
 		 161 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.348291  normal  0.0668606 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0442  HIT family protein  42.62 
 
 		 120 aa  63.9  0.0000000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1537  HIT family protein  42.62 
 
 		 123 aa  63.9  0.0000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7347  hypothetical protein  35.35 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0669  histidine triad (HIT) protein  35.79 
 
 		 138 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.287945 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2441  histidine triad (HIT) protein  34.09 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0423  HIT family hydrolase  36.71 
 
 		 124 aa  61.6  0.000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0494  hypothetical protein  28.18 
 
 		 137 aa  60.5  0.000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0470  hypothetical protein  27.68 
 
 		 143 aa  60.1  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0910  Pectate lyase/Amb allergen  34.44 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000231178  decreased coverage  0.0000000980143 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0559  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase  32.77 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.344449 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2336  histidine triad (HIT) protein  30.84 
 
 		 147 aa  58.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.6925  decreased coverage  0.00924855 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4549  hypothetical protein  33.94 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.498263  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3986  hypothetical protein  34.71 
 
 		 143 aa  57  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0356527  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2294  histidine triad (HIT) protein  37.11 
 
 		 139 aa  57  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.125873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0406  histidine triad (HIT) protein  30.69 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1261  histidine triad (HIT) protein  36.36 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0545124  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0687  hypothetical protein  32.77 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0461  histidine triad (HIT) protein  35 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1401  histidine triad (HIT) protein  36.36 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51860  hypothetical protein  32.35 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.393091  hitchhiker  0.00413081 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2626  histidine triad (HIT) protein  39.29 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.815959 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2372  histidine triad (HIT) protein  33.93 
 
 		 174 aa  54.3  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4417  histidine triad (HIT) protein  32.71 
 
 		 144 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2873  histidine triad (HIT) protein  32.05 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.635304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1209  histidine triad (HIT) protein  32.43 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.818472  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4872  histidine triad (HIT) protein  31.53 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4078  histidine triad (HIT) protein  32.11 
 
 		 136 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01245  diadenosine tetraphosphate hydrolase and other HIT family hydrolase  31.78 
 
 		 144 aa  51.6  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.409214  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4398  histidine triad (HIT) protein  32.11 
 
 		 136 aa  50.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4008  histidine triad (HIT) protein  34.09 
 
 		 165 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6100  histidine triad (HIT) protein  33.65 
 
 		 374 aa  50.8  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00945728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1138  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase and other HIT family hydrolases  31.4 
 
 		 142 aa  50.4  0.000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0263958  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1686  histidine triad (HIT) protein  26.88 
 
 		 159 aa  49.7  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18650  histidine triad (HIT) family protein  30.39 
 
 		 141 aa  49.7  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1768  HIT family protein  40 
 
 		 122 aa  50.1  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04560  histidine triad (HIT) protein  28.44 
 
 		 122 aa  50.1  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1663  histidine triad (HIT) protein  30.1 
 
 		 143 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0109838 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1207  histidine triad (HIT) protein  30.68 
 
 		 139 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2685  histidine triad (HIT) protein  32.26 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.934104  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>