208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0345 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0345  histidine triad (HIT) protein  100 
 
 		 150 aa  307  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.598088  normal  0.426855 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0330  histidine triad (HIT) protein  94.41 
 
 		 145 aa  281  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0832  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0455  hypothetical protein  82.88 
 
 		 147 aa  253  9e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.417137 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0428  histidine triad (HIT) protein  66.91 
 
 		 141 aa  205  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0976831  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0368  histidine triad (HIT) protein  67.88 
 
 		 144 aa  201  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.462248  normal  0.925731 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0794  histidine triad (HIT) protein  58.99 
 
 		 158 aa  159  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528382  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0865  histidine triad (HIT) protein  58.27 
 
 		 163 aa  159  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.577446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0779  histidine triad (HIT) protein  51.09 
 
 		 142 aa  145  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3647  histidine triad (HIT) protein  53.47 
 
 		 148 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.623715  normal  0.697861 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5463  histidine triad (HIT) protein  56.62 
 
 		 151 aa  141  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.189443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0230  histidine triad (HIT) protein  60.91 
 
 		 139 aa  137  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0372  histidine triad (HIT) protein  47.1 
 
 		 142 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.423054 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2506  histidine triad (HIT) protein  50.75 
 
 		 153 aa  135  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4120  histidine triad (HIT) protein  58.18 
 
 		 143 aa  135  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6061  histidine triad (HIT) protein  51.13 
 
 		 147 aa  135  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0565  histidine triad (HIT) protein  51.13 
 
 		 147 aa  134  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.419431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4052  hypothetical protein  47.1 
 
 		 142 aa  134  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.663105 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0647  histidine triad (HIT) protein  48.85 
 
 		 142 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.780647  normal  0.90331 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0184  hypothetical protein  46.04 
 
 		 152 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0843  HIT family hydrolase  46.04 
 
 		 152 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2762  HIT domain-containing protein  46.04 
 
 		 152 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0604748  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2316  HIT domain-containing protein  46.04 
 
 		 152 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.529616  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0665  HIT domain-containing protein  46.04 
 
 		 152 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0681  HIT domain-containing protein  46.04 
 
 		 152 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2396  HIT domain-containing protein  46.04 
 
 		 152 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0551  HIT domain-containing protein  48.12 
 
 		 152 aa  133  9e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2122  histidine triad (HIT) protein  50.38 
 
 		 147 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.427523  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2761  histidine triad (HIT) protein  50.38 
 
 		 147 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2734  histidine triad (HIT) protein  50.38 
 
 		 147 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2737  hypothetical protein  52.21 
 
 		 147 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0586419 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2652  histidine triad (HIT) protein  49.62 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.627712  normal  0.962372 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2785  histidine triad (HIT) protein  49.62 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.804661  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0218  hypothetical protein  50.78 
 
 		 142 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.181658 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4131  histidine triad (HIT) protein  52.48 
 
 		 145 aa  128  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.190525  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1505  histidine triad (HIT) protein  43.66 
 
 		 146 aa  127  7.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0119  histidine triad (HIT) protein  46.67 
 
 		 140 aa  124  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1289  histidine triad (HIT) protein  52.21 
 
 		 147 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0457  histidine triad (HIT) protein  39.44 
 
 		 146 aa  113  6.9999999999999995e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0128148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3617  histidine triad (HIT) protein  34.55 
 
 		 144 aa  77  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0530  HIT family protein  34.53 
 
 		 139 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1691  HIT family protein  46.38 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0338  histidine triad (HIT) protein  36.36 
 
 		 140 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.02755e-33 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1920  HIT family protein  43.02 
 
 		 123 aa  72.8  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3237  histidine triad (HIT) protein  33.04 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0357  histidine triad (HIT) protein  34.55 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00612046  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2993  histidine triad (HIT) protein  35.78 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000103081  normal  0.516918 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1291  HIT family protein  43.66 
 
 		 122 aa  69.3  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.691184  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3912  histidine triad (HIT) protein  35.45 
 
 		 142 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000268802  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4912  histidine triad (HIT) protein  39.18 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363403  normal  0.678464 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4448  histidine triad (HIT) protein  39.18 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.678684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1667  histidine triad (HIT) protein  39.78 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.619204 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4962  histidine triad (HIT) protein  37.25 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0265226  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0082  HIT family protein  36.36 
 
 		 126 aa  67  0.00000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1048  histidine triad (HIT) protein  38.71 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.136733  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4849  histidine triad (HIT) protein  39.77 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104991  normal  0.870904 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0423  HIT family hydrolase  37.18 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3073  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase  32.73 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000547688  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0088  histidine triad (HIT) protein  37.08 
 
 		 161 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.348291  normal  0.0668606 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0618  histidine triad (HIT) protein  37.08 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.619143  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0380  HIT family protein  40.28 
 
 		 123 aa  63.9  0.0000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.754034  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0669  histidine triad (HIT) protein  39.33 
 
 		 138 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.287945 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0406  histidine triad (HIT) protein  27.86 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7347  hypothetical protein  34.83 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0468  HIT family protein  33.33 
 
 		 120 aa  61.6  0.000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.106154  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1537  HIT family protein  42.11 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0442  HIT family protein  33.33 
 
 		 120 aa  62  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2873  histidine triad (HIT) protein  31.53 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.635304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2441  histidine triad (HIT) protein  33.02 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2294  histidine triad (HIT) protein  39.18 
 
 		 139 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.125873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0559  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase  32.79 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.344449 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0370  histidine triad (HIT) protein  35.58 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.673964 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4417  histidine triad (HIT) protein  36.45 
 
 		 144 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00244718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0910  Pectate lyase/Amb allergen  34.82 
 
 		 155 aa  60.5  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000231178  decreased coverage  0.0000000980143 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4549  hypothetical protein  36.46 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.498263  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0494  hypothetical protein  27.5 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4008  histidine triad (HIT) protein  36.61 
 
 		 165 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2336  histidine triad (HIT) protein  32.71 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.6925  decreased coverage  0.00924855 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1261  histidine triad (HIT) protein  37.5 
 
 		 143 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0545124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51860  hypothetical protein  34.31 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.393091  hitchhiker  0.00413081 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01245  diadenosine tetraphosphate hydrolase and other HIT family hydrolase  34.83 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.409214  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3986  hypothetical protein  36.61 
 
 		 143 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0356527  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1401  histidine triad (HIT) protein  33.61 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541573  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0470  hypothetical protein  27.83 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2372  histidine triad (HIT) protein  32.58 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1236  histidine triad (HIT) protein  35.23 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1207  histidine triad (HIT) protein  34.09 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1342  histidine triad (HIT) protein  31.34 
 
 		 163 aa  55.5  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.187699  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0687  hypothetical protein  35.29 
 
 		 147 aa  55.1  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4211  histidine triad (HIT) protein  30.25 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2514  HIT family hydrolase  27.27 
 
 		 183 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00139643  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1483  histidine triad (HIT) family protein  35.29 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0478904 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1768  HIT family protein  41.07 
 
 		 122 aa  54.3  0.0000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1663  histidine triad (HIT) protein  32.04 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0109838 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1686  histidine triad (HIT) protein  31.18 
 
 		 159 aa  54.3  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18650  histidine triad (HIT) family protein  33.64 
 
 		 141 aa  54.3  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6100  histidine triad (HIT) protein  31.91 
 
 		 374 aa  53.9  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00945728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2835  HIT family hydrolase  25.68 
 
 		 159 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0553018  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0562  histidine triad (HIT) protein  31.62 
 
 		 167 aa  53.5  0.0000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1576  putative hydrolase  33.33 
 
 		 182 aa  53.1  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.031095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0461  histidine triad (HIT) protein  35.23 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>