61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0220 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0220  hypothetical protein  100 
 
 		 156 aa  319  8e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3387  Cupin 2 conserved barrel domain protein  78.08 
 
 		 157 aa  244  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.895408  normal  0.219685 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3115  Cupin 2 conserved barrel domain protein  77.4 
 
 		 157 aa  241  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.768633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3463  cupin 2, barrel  75.32 
 
 		 172 aa  239  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3473  cupin 2 domain-containing protein  75.34 
 
 		 162 aa  236  8e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.017049  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3018  cupin 2 domain-containing protein  71.79 
 
 		 165 aa  229  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.609339  normal  0.0617685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5111  Cupin 2 conserved barrel domain protein  72.26 
 
 		 167 aa  227  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4209  Cupin 2 conserved barrel domain protein  71.71 
 
 		 166 aa  226  7e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3156  cupin 2 domain-containing protein  71.81 
 
 		 160 aa  225  2e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4843  cupin 2 domain-containing protein  72.48 
 
 		 182 aa  223  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0792  hypothetical protein  75.33 
 
 		 170 aa  221  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2202  hypothetical protein  69.59 
 
 		 172 aa  221  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3173  Cupin 2 conserved barrel domain protein  75.17 
 
 		 171 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457718 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0560  cupin 2 domain-containing protein  75.17 
 
 		 161 aa  217  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172519  hitchhiker  0.000823195 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4895  cupin 2 domain-containing protein  68.46 
 
 		 167 aa  215  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.664893 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1173  cupin 2 domain-containing protein  69.13 
 
 		 180 aa  214  4e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0388903  normal  0.0358477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  69.13 
 
 		 180 aa  213  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.861025  normal  0.798178 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1354  cupin 2, barrel  64.52 
 
 		 169 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.688932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5003  cupin 2 domain-containing protein  65.56 
 
 		 168 aa  209  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.338753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4894  Cupin 2 conserved barrel domain protein  67.79 
 
 		 177 aa  209  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2761  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45 
 
 		 139 aa  100  7e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.668807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1382  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45 
 
 		 169 aa  99  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336877  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5642  cupin 2 domain-containing protein  42.52 
 
 		 156 aa  93.6  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3711  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.76 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7217  hypothetical protein  33.99 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.13 
 
 		 147 aa  76.3  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.693609  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4554  cupin 2 domain-containing protein  37.27 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0071761 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5014  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.36 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0559417  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5069  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.85 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.666012  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1911  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.67 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997303  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2238  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.45 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230076  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3098  cupin 2 protein  33.63 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.798535  normal  0.375824 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2772  cupin 2 domain-containing protein  38.32 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0832  cupin 2 domain-containing protein  35.71 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2215  cupin 2 domain-containing protein  34.21 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.556926  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0937  hypothetical protein  35.71 
 
 		 170 aa  57.8  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0396  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.09 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.337758  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3461  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.11 
 
 		 130 aa  57.4  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430569 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3615  cupin 2 domain-containing protein  29.92 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0243585  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3228  mannose-6-phosphate isomerase  32.14 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1493  cupin:cupin region  32.58 
 
 		 155 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3966  cupin 2 domain-containing protein  30.95 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6600  cupin 2 domain-containing protein  32.22 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4674  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.57 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0153  cupin 2 domain-containing protein  43.94 
 
 		 146 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.621652  normal  0.0698288 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3294  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.08 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53927  normal  0.0737316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0906  cupin region  27.38 
 
 		 142 aa  50.1  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2368  cupin 2 domain-containing protein  30.88 
 
 		 137 aa  48.9  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.034272  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0571  pectin degradation protein kdgF  31.65 
 
 		 138 aa  48.5  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3039  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.13 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3657  cupin 2, barrel  25.25 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.230089  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2453  cupin domain-containing protein  35.59 
 
 		 137 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0889  hypothetical protein  34.38 
 
 		 169 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2589  pectin degradation protein KdgF  35.59 
 
 		 137 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.933509  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2004  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 141 aa  42  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_11002  dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G07350)  32.67 
 
 		 355 aa  41.6  0.004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.627949  normal  0.657367 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1685  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 141 aa  41.2  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3146  cupin 2 domain-containing protein  29.29 
 
 		 134 aa  40.8  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0602  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.55 
 
 		 118 aa  40.8  0.008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4566  cupin 2 domain-containing protein  32.56 
 
 		 175 aa  40.4  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464338  hitchhiker  0.000237614 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4101  cupin 2 domain-containing protein  32.56 
 
 		 175 aa  40.4  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.170919 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>