297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1996 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1996  putative competence protein  100 
 
 
684 aa  1310    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0706  ComEC/Rec2-related protein  98.39 
 
 
684 aa  1287    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.471107 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3093  ComEC/Rec2-related protein  79.55 
 
 
671 aa  1028    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.662312  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1843  ComEC/Rec2-related protein  47.47 
 
 
706 aa  531  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151379  normal  0.0423883 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1134  ComEC/Rec2-related protein  47.49 
 
 
672 aa  503  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1804  putative competence protein  47.11 
 
 
694 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.254027  normal  0.193881 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3718  ComEC/Rec2-related protein  44.66 
 
 
717 aa  415  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0627222 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3179  ComEC/Rec2-related protein  39.04 
 
 
718 aa  338  2.9999999999999997e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0397465  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1602  ComEC/Rec2-related protein  36.45 
 
 
739 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196969  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1145  ComEC/Rec2-related protein  36 
 
 
799 aa  288  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2044  ComEC/Rec2-related protein  33.43 
 
 
858 aa  272  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3250  ComEC/Rec2-related protein  36.04 
 
 
755 aa  261  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4370  ComEC/Rec2-related protein  34.45 
 
 
757 aa  260  7e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.754467  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2562  hypothetical protein  35.99 
 
 
1007 aa  256  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.418924  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2810  ComEC/Rec2-related protein  37.26 
 
 
764 aa  253  6e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553334  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2840  ComEC/Rec2-related protein  35.99 
 
 
764 aa  252  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.431764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4498  putative ComEC/Rec2 family protein  35.96 
 
 
762 aa  249  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2785  ComEC/Rec2-related protein  36.62 
 
 
726 aa  247  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.457375  hitchhiker  0.00294021 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0601  competence protein  31.09 
 
 
757 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.427336  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0435  ComEC/Rec2-related protein  25.07 
 
 
674 aa  243  1e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1411  ComEC/Rec2-related protein  33.1 
 
 
792 aa  240  5e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.688241 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1842  ComEC/Rec2-related protein  33.43 
 
 
778 aa  236  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.818822  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_004310  BR1145  ComEC/Rec2 family protein, putative  35.73 
 
 
843 aa  235  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1644  ComEC/Rec2-related protein  31.93 
 
 
788 aa  233  8.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1597  ComEC/Rec2-related protein  36.97 
 
 
810 aa  231  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1160  ComEC/Rec2 family protein  25.37 
 
 
720 aa  231  4e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2453  ComEC/Rec2-related protein  35.3 
 
 
774 aa  226  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.869804  normal  0.603908 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0831  ComEC/Rec2-related protein  34.5 
 
 
719 aa  226  8e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00619984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4682  ComEC/Rec2-related protein  36.13 
 
 
752 aa  224  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.115227  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5147  ComEC/Rec2-related protein  35.83 
 
 
752 aa  223  9e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1790  ComEC/Rec2-related protein  36.64 
 
 
754 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0814214  hitchhiker  0.00430403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0648  ComEC/Rec2-related protein  35.29 
 
 
738 aa  217  7e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2021  ComEC/Rec2-related protein  34.99 
 
 
760 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1397  ComEC/Rec2-related protein  34.77 
 
 
702 aa  213  5.999999999999999e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027925 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5224  ComEC/Rec2-related protein  35.65 
 
 
753 aa  212  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0586  ComEC/Rec2-related protein  25.78 
 
 
672 aa  208  3e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.330536  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0071  ComEC/Rec2-related protein  33.28 
 
 
697 aa  199  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1522  ComEC/Rec2-related protein  34.99 
 
 
736 aa  196  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302052  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1679  ComEC/Rec2-related protein  33.33 
 
 
779 aa  196  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38602 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3214  ComEC/Rec2-related protein  33.96 
 
 
714 aa  196  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2030  ComEC/Rec2-related protein  32.32 
 
 
760 aa  176  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1639  ComEC/Rec2-related protein  33.94 
 
 
695 aa  169  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.830432  normal  0.388219 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1711  ComEC/Rec2-related protein  35.36 
 
 
413 aa  152  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.78 
 
 
784 aa  130  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.3 
 
 
770 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0317  ComEC/Rec2 family protein  26.22 
 
 
736 aa  126  1e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0600  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33 
 
 
815 aa  126  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.404851 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.43 
 
 
835 aa  122  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0386  DNA uptake protein  28.61 
 
 
825 aa  121  4.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.12 
 
 
851 aa  120  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2092  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.02 
 
 
757 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000797686  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2832  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.39 
 
 
772 aa  115  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395271  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0350  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.61 
 
 
822 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3051  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.71 
 
 
780 aa  110  9.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.755952  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1079  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.11 
 
 
800 aa  110  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.723493  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.97 
 
 
845 aa  110  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0792  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.71 
 
 
773 aa  110  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92497  hitchhiker  0.0000000434572 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.38 
 
 
841 aa  108  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2608  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.6 
 
 
833 aa  107  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3404  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.21 
 
 
747 aa  107  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.59 
 
 
766 aa  107  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1059  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.39 
 
 
839 aa  106  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3158  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.63 
 
 
860 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0990853  normal  0.446106 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2449  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.6 
 
 
759 aa  106  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.327807  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1395  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.88 
 
 
799 aa  106  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.751306  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4176  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.75 
 
 
773 aa  105  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1120  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  29.05 
 
 
847 aa  104  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0978754  normal  0.511509 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0963  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.71 
 
 
840 aa  104  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116554  normal  0.0504124 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1885  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.62 
 
 
797 aa  104  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.372915  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0606  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.47 
 
 
778 aa  104  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1632  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.18 
 
 
738 aa  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4445  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.26 
 
 
773 aa  103  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0495736  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0767  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.29 
 
 
840 aa  103  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.79 
 
 
878 aa  103  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25480  putative competence protein  32.39 
 
 
741 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0933  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.54 
 
 
861 aa  102  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.337545  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1915  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.22 
 
 
798 aa  101  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2177  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.11 
 
 
740 aa  100  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.589266  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3848  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.26 
 
 
738 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1955  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  20.94 
 
 
786 aa  98.6  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1759  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.16 
 
 
778 aa  97.8  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2093  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.67 
 
 
802 aa  95.5  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.35183  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4071  DNA internalization-related competence protein  23.84 
 
 
773 aa  94.7  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.499181  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1465  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.98 
 
 
801 aa  94.7  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1352  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.34 
 
 
948 aa  94.7  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0141053 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4131  ComEC/Rec2-related protein  24.94 
 
 
748 aa  94.4  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00591  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.29 
 
 
776 aa  94  8e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0903265  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4178  DNA internalization-like competence protein ComEC/Rec2  29.1 
 
 
747 aa  94  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145225  normal  0.646667 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2070  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.6 
 
 
818 aa  94  9e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4406  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  22 
 
 
773 aa  93.6  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1595  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25 
 
 
761 aa  93.6  1e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1164  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.88 
 
 
777 aa  93.6  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00428726 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3524  ComEC/Rec2-related protein  30.59 
 
 
514 aa  92.8  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.683854  normal  0.818145 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.27 
 
 
840 aa  92  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2476  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.38 
 
 
766 aa  92  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4092  ComEC/Rec2-related protein  24.28 
 
 
748 aa  91.7  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3098  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.61 
 
 
811 aa  90.9  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4223  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.82 
 
 
772 aa  90.9  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.396559  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4551  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.82 
 
 
772 aa  90.9  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.76471  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1716  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.44 
 
 
846 aa  90.9  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.116279  normal  0.782454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>