More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3184 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.73 
 
 
249 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.2 
 
 
250 aa  358  6e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  0.145853 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.8 
 
 
250 aa  332  4e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4242  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  74.4 
 
 
250 aa  310  9e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.214717 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
250 aa  286  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.27 
 
 
248 aa  285  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
248 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
248 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.470556  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.8 
 
 
249 aa  275  7e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
262 aa  274  8e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
248 aa  271  7e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.42 
 
 
248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.997672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
248 aa  268  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.32 
 
 
249 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
274 aa  266  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21341 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.04 
 
 
248 aa  266  2.9999999999999995e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 
248 aa  265  7e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
248 aa  264  8e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54 
 
 
251 aa  264  8.999999999999999e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
248 aa  263  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.42 
 
 
248 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.245983 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
248 aa  259  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0266  putative short-chain dehydrogenase  57.55 
 
 
248 aa  259  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.55 
 
 
248 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
249 aa  256  3e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
249 aa  255  4e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.865881  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.55 
 
 
248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 
248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.1 
 
 
255 aa  248  4e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.466174  normal  0.349855 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.8 
 
 
271 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
249 aa  236  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.16 
 
 
251 aa  236  3e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  50 
 
 
246 aa  231  9e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
251 aa  231  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
249 aa  209  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
247 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
250 aa  203  3e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
247 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  48.21 
 
 
247 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3542  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0247071  normal  0.033589 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
246 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 
254 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.43 
 
 
269 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
246 aa  193  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.06 
 
 
252 aa  189  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
245 aa  188  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
249 aa  188  7e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.75 
 
 
247 aa  186  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  44.08 
 
 
255 aa  185  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
258 aa  184  8e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
247 aa  184  9e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
246 aa  182  6e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.36 
 
 
255 aa  181  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.9 
 
 
246 aa  181  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
257 aa  180  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
246 aa  179  4.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.94 
 
 
246 aa  178  9e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
247 aa  178  9e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
255 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
254 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
254 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 
246 aa  177  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
252 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1687  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.03 
 
 
247 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0103  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.03 
 
 
247 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1104  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.03 
 
 
247 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12325  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0256  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
247 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0321  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.03 
 
 
247 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1272  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.03 
 
 
247 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.62 
 
 
244 aa  175  7e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.23 
 
 
251 aa  175  7e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.8 
 
 
250 aa  174  9e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.97 
 
 
246 aa  174  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2813  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.73 
 
 
254 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  43.8 
 
 
243 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5811  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0785  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.03 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.455308  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.53 
 
 
248 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.68 
 
 
247 aa  172  5e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1775  dehydrogenases with different specificities  43.03 
 
 
247 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  171  9e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  171  9e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  171  9e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  171  9e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.09 
 
 
246 aa  171  9e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.68 
 
 
246 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.53 
 
 
247 aa  171  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
250 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  39.04 
 
 
261 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3099  short chain dehydrogenase  39.11 
 
 
247 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0900092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>