More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2391 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4575  trigger factor  76.11 
 
 		 452 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.136212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3310  trigger factor  80.35 
 
 		 452 aa  723    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2562  trigger factor  81.46 
 
 		 452 aa  748    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2391  trigger factor  100 
 
 		 453 aa  908    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.395533 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2895  trigger factor  81.68 
 
 		 453 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.590231  normal  0.0645132 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2230  trigger factor  65.56 
 
 		 453 aa  608  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1900  trigger factor  64.96 
 
 		 453 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.958008 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3590  trigger factor  56.95 
 
 		 452 aa  530  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0497135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7404  trigger factor  52.1 
 
 		 473 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1049  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5133  trigger factor  51.88 
 
 		 473 aa  482  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.69039 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6582  trigger factor  51.69 
 
 		 485 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0465754 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2678  trigger factor  49.44 
 
 		 478 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111476  normal  0.981646 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2370  trigger factor  49.44 
 
 		 478 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.88824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2415  trigger factor  49.44 
 
 		 478 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.502295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2912  trigger factor  49.55 
 
 		 462 aa  457  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1790  trigger factor  49 
 
 		 476 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.147522  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1181  trigger factor  49.44 
 
 		 491 aa  443  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.176713  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3235  trigger factor  47.32 
 
 		 512 aa  442  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.112931  normal  0.882786 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2478  trigger factor  50.56 
 
 		 493 aa  443  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.656979  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2185  trigger factor  50.23 
 
 		 460 aa  441  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368629  normal  0.570218 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1703  trigger factor  46.92 
 
 		 494 aa  428  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1337  trigger factor  47.66 
 
 		 518 aa  431  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.270787  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0553  trigger factor  46.65 
 
 		 474 aa  427  1e-118  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017975  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1505  trigger factor  47.15 
 
 		 495 aa  411  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0895  trigger factor  47.65 
 
 		 485 aa  408  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0898  trigger factor  47.43 
 
 		 485 aa  405  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2280  trigger factor  46.76 
 
 		 485 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2849  trigger factor  42.86 
 
 		 454 aa  368  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0303006 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1549  trigger factor  41.91 
 
 		 463 aa  352  8e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0916  trigger factor  41.83 
 
 		 440 aa  350  2e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3059  trigger factor  42.19 
 
 		 513 aa  347  3e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.438703  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0887  trigger factor  44.37 
 
 		 459 aa  346  4e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109425  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0843  trigger factor  42.66 
 
 		 544 aa  339  7e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.793444  normal  0.0950155 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0594  trigger factor  40.63 
 
 		 551 aa  334  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.761218 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2190  trigger factor  42.19 
 
 		 442 aa  325  8.000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1033  trigger factor  39.64 
 
 		 443 aa  316  5e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1613  trigger factor  40.58 
 
 		 441 aa  312  7.999999999999999e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3323  trigger factor  40.05 
 
 		 445 aa  308  1.0000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.113258 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1775  trigger factor  39.41 
 
 		 444 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.816164 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0142  trigger factor  39.41 
 
 		 444 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1349  trigger factor  39.64 
 
 		 444 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295342  normal  0.310757 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1841  trigger factor  35.81 
 
 		 434 aa  236  9e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00619817  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0572  trigger factor  33.41 
 
 		 435 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.19365 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0604  trigger factor  31.87 
 
 		 436 aa  230  4e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2289  trigger factor  32.39 
 
 		 450 aa  227  3e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.030502  normal  0.410432 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0307  trigger factor  32.37 
 
 		 445 aa  225  1e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121023  normal  0.638239 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1607  trigger factor  34.23 
 
 		 444 aa  222  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2047  trigger factor  33.26 
 
 		 448 aa  222  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.109899  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3698  trigger factor  32.6 
 
 		 436 aa  218  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0938  trigger factor  32.59 
 
 		 436 aa  216  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.401032  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3786  trigger factor  32.06 
 
 		 435 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1271  trigger factor  31.58 
 
 		 435 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.254971  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3012  trigger factor  31.42 
 
 		 435 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2049  trigger factor  32.89 
 
 		 436 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.431317  normal  0.217945 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3643  trigger factor  31.45 
 
 		 442 aa  213  7e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000676288  normal  0.562655 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1746  trigger factor  32.96 
 
 		 436 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.132696 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1030  trigger factor  33.78 
 
 		 434 aa  210  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.553429  hitchhiker  0.0000000130547 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0909  trigger factor  33.78 
 
 		 434 aa  210  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3727  trigger factor  32.16 
 
 		 436 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.267155  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1722  trigger factor  32.21 
 
 		 441 aa  208  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  0.0869561 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2510  trigger factor  31.54 
 
 		 437 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1464  trigger factor  31.53 
 
 		 435 aa  207  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1047  trigger factor  33.93 
 
 		 434 aa  206  6e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000149025  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2566  trigger factor  30.44 
 
 		 435 aa  205  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1460  trigger factor  30.63 
 
 		 436 aa  205  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.944672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1291  trigger factor  30.41 
 
 		 434 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0308812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2644  trigger factor  31.72 
 
 		 436 aa  203  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156375 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1176  trigger factor  32.11 
 
 		 436 aa  202  7e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1741  trigger factor  31.78 
 
 		 437 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00658695 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0496  trigger factor  33.71 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000142859  hitchhiker  0.000578508 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0506  trigger factor  33.71 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000626608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1677  trigger factor  30.41 
 
 		 443 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.294765  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1874  trigger factor  33.03 
 
 		 433 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00213864  hitchhiker  0.00627328 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0550  trigger factor  33.71 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000374305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0487  trigger factor  33.71 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000182354  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0489  trigger factor  33.71 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000095414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1208  trigger factor  30.86 
 
 		 436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.774051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1127  trigger factor  30.86 
 
 		 436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.252568  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3069  trigger factor  32.66 
 
 		 434 aa  201  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0128477  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2233  trigger factor  29.88 
 
 		 447 aa  200  3.9999999999999996e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0292986  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3235  trigger factor  33.04 
 
 		 434 aa  199  7e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00052643  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3093  trigger factor  33.04 
 
 		 434 aa  199  7e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353037  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3055  trigger factor  33.04 
 
 		 434 aa  199  7e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000166473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0903  trigger factor  32.81 
 
 		 432 aa  199  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000144682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3137  trigger factor  31.9 
 
 		 436 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000644844  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004045  cell division trigger factor  31.53 
 
 		 435 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000395206  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1553  trigger factor  29.36 
 
 		 436 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2958  trigger factor  30.5 
 
 		 436 aa  198  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00137272 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1901  trigger factor  31.17 
 
 		 437 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.191378  hitchhiker  0.00938494 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0472  trigger factor  33.26 
 
 		 432 aa  197  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1010  trigger factor  30.47 
 
 		 448 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595556  normal  0.725112 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1870  trigger factor  30.56 
 
 		 447 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.359537  normal  0.0257731 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1348  trigger factor  31.01 
 
 		 448 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0514517  normal  0.0597463 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2299  trigger factor  31.39 
 
 		 443 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457193 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2545  trigger factor  29.28 
 
 		 435 aa  196  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0171608 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3497  trigger factor  31.06 
 
 		 436 aa  196  7e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0314111  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1513  trigger factor  31.08 
 
 		 433 aa  196  8.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000677902  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3173  trigger factor  33.03 
 
 		 432 aa  195  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000698649  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1940  trigger factor  29.65 
 
 		 447 aa  195  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0479  trigger factor  33.03 
 
 		 432 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000713029  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>