More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1676 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.62 
 
 		 525 aa  862    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.05 
 
 		 525 aa  853    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 526 aa  1075    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  77.76 
 
 		 525 aa  868    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.73 
 
 		 530 aa  651    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.48 
 
 		 526 aa  818    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.68 
 
 		 525 aa  651    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.42 
 
 		 526 aa  629  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.3 
 
 		 525 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.02 
 
 		 519 aa  540  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  49.34 
 
 		 523 aa  523  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.47 
 
 		 527 aa  520  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  46.01 
 
 		 518 aa  475  1e-132  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  46.39 
 
 		 520 aa  441  9.999999999999999e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  43.71 
 
 		 509 aa  425  1e-118  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  45.45 
 
 		 511 aa  428  1e-118  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  44.98 
 
 		 521 aa  417  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5778  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.25 
 
 		 565 aa  384  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  36.43 
 
 		 530 aa  372  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.866447  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  40.55 
 
 		 515 aa  358  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 520 aa  351  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5271  AMP-dependent synthetase and ligase  38.71 
 
 		 541 aa  342  1e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.675059 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0737  AMP-dependent synthetase and ligase  38.62 
 
 		 522 aa  340  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188702  normal  0.517642 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 		 520 aa  340  4e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  39.26 
 
 		 518 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 517 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.66 
 
 		 518 aa  323  6e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0743  AMP-dependent synthetase and ligase  38.81 
 
 		 522 aa  322  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.83543  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  38.81 
 
 		 522 aa  322  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.147131  normal  0.360345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  39.49 
 
 		 518 aa  321  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  39.96 
 
 		 514 aa  319  6e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  39.35 
 
 		 522 aa  318  2e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  36.24 
 
 		 526 aa  318  2e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 		 509 aa  315  9e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  39.65 
 
 		 518 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  38.94 
 
 		 515 aa  313  4.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  38.94 
 
 		 515 aa  313  4.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  38.16 
 
 		 516 aa  313  5.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  39.3 
 
 		 518 aa  312  9e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.24 
 
 		 517 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 		 519 aa  310  5e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 518 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 517 aa  307  3e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 517 aa  307  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4481  AMP-dependent synthetase and ligase  39.07 
 
 		 506 aa  306  6e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  38.15 
 
 		 565 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  38.54 
 
 		 520 aa  305  2.0000000000000002e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  37.95 
 
 		 515 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  35.81 
 
 		 517 aa  302  9e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  36.15 
 
 		 516 aa  302  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  37.09 
 
 		 518 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  36.84 
 
 		 519 aa  300  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  38.77 
 
 		 524 aa  300  4e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 662 aa  299  8e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 		 527 aa  298  2e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 517 aa  297  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  37.4 
 
 		 515 aa  296  8e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.91 
 
 		 570 aa  295  1e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  37.27 
 
 		 515 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 		 502 aa  293  5e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 		 525 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 534 aa  290  6e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.84 
 
 		 519 aa  289  7e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.09 
 
 		 556 aa  288  2e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.09 
 
 		 556 aa  288  2e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 		 517 aa  288  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.09 
 
 		 556 aa  288  2e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  32.89 
 
 		 520 aa  287  2.9999999999999996e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 512 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  36.69 
 
 		 530 aa  286  9e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  38 
 
 		 540 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  34.85 
 
 		 517 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.89 
 
 		 579 aa  283  5.000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  38.37 
 
 		 512 aa  282  8.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  37.21 
 
 		 518 aa  282  1e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 		 517 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 520 aa  281  3e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  35.59 
 
 		 517 aa  280  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 512 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 		 508 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 508 aa  280  6e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.52 
 
 		 503 aa  279  8e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 499 aa  279  9e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.19 
 
 		 529 aa  279  9e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 530 aa  278  1e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 		 502 aa  278  2e-73  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  35.13 
 
 		 509 aa  278  3e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 		 515 aa  277  4e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 531 aa  276  8e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 525 aa  275  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.27 
 
 		 524 aa  274  3e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  34.65 
 
 		 503 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  34.19 
 
 		 506 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 520 aa  273  5.000000000000001e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 501 aa  273  6e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  37.74 
 
 		 500 aa  271  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  34.87 
 
 		 532 aa  270  4e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 		 504 aa  270  7e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 508 aa  270  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10167  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.22 
 
 		 554 aa  269  8e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>