210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4009 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4009  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 		 303 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.586573  hitchhiker  0.00557292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1701  coproporphyrinogen III oxidase  90.13 
 
 		 303 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3764  coproporphyrinogen III oxidase  86.47 
 
 		 310 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.323401  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1263  coproporphyrinogen III oxidase  83.5 
 
 		 304 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  0.0654459 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0699  coproporphyrinogen III oxidase  62.81 
 
 		 290 aa  379  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2954  coproporphyrinogen III oxidase  54.85 
 
 		 315 aa  331  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.343803  normal  0.536677 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3246  coproporphyrinogen III oxidase  55.94 
 
 		 295 aa  330  3e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.630237  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0734  coproporphyrinogen III oxidase  51.62 
 
 		 318 aa  325  8.000000000000001e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.518161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2296  coproporphyrinogen III oxidase  55.36 
 
 		 295 aa  323  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.803269 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2240  coproporphyrinogen III oxidase  54.33 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2786  coproporphyrinogen III oxidase  52.94 
 
 		 303 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.534406 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3050  coproporphyrinogen III oxidase  52.58 
 
 		 303 aa  315  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199484 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0279  coproporphyrinogen III oxidase  53.92 
 
 		 300 aa  315  4e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2621  coproporphyrinogen III oxidase  54.24 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.975549 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2169  coproporphyrinogen III oxidase  51.85 
 
 		 304 aa  312  3.9999999999999997e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1616  coproporphyrinogen III oxidase  50 
 
 		 304 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.978036  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0684  coproporphyrinogen III oxidase  51.31 
 
 		 307 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.092351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1549  coproporphyrinogen III oxidase  52.25 
 
 		 303 aa  309  4e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.605078  normal  0.252724 
 
 
-
 
NC_004310  BR1550  coproporphyrinogen III oxidase  50.17 
 
 		 303 aa  308  6.999999999999999e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.203239  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0647  coproporphyrinogen III oxidase  50.65 
 
 		 307 aa  308  8e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6063  coproporphyrinogen III oxidase  51.3 
 
 		 299 aa  308  9e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.32246 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0673  coproporphyrinogen III oxidase  50.33 
 
 		 307 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.496843 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1498  coproporphyrinogen III oxidase  49.83 
 
 		 303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4671  coproporphyrinogen III oxidase  52.7 
 
 		 310 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.370983 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2536  coproporphyrinogen III oxidase  51.71 
 
 		 287 aa  300  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2944  coproporphyrinogen III oxidase  52.6 
 
 		 307 aa  299  4e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0060  coproporphyrinogen III oxidase  50.5 
 
 		 301 aa  299  5e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.889116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3804  coproporphyrinogen III oxidase  51.37 
 
 		 298 aa  294  1e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6599  coproporphyrinogen III oxidase  51.62 
 
 		 299 aa  289  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173551  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3221  coproporphyrinogen III oxidase  51.37 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1398  coproporphyrinogen III oxidase  51.71 
 
 		 286 aa  280  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.682731  normal  0.262285 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1347  coproporphyrinogen III oxidase  48.47 
 
 		 286 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.280799  normal  0.025775 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2337  coproporphyrinogen III oxidase  46.31 
 
 		 291 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.164246 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0454  coproporphyrinogen III oxidase  46.5 
 
 		 306 aa  262  6e-69  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1752  coproporphyrinogen III oxidase  46.05 
 
 		 286 aa  262  6e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0768431  normal  0.108805 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0548  coproporphyrinogen III oxidase  46.62 
 
 		 291 aa  259  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0682  coproporphyrinogen III oxidase  45.64 
 
 		 291 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0674  coproporphyrinogen III oxidase  45.24 
 
 		 297 aa  248  9e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0591  coproporphyrinogen III oxidase  41.89 
 
 		 284 aa  244  9.999999999999999e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.463475  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3848  coproporphyrinogen III oxidase  43.15 
 
 		 292 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0446  coproporphyrinogen III oxidase  41.98 
 
 		 282 aa  237  2e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0752426  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1214  coproporphyrinogen III oxidase  47.11 
 
 		 256 aa  234  1.0000000000000001e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3729  coproporphyrinogen III oxidase  43.9 
 
 		 303 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.186137  hitchhiker  0.00821912 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0030  coproporphyrinogen III oxidase  43.68 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000103554  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0047  coproporphyrinogen III oxidase  44.24 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0030  coproporphyrinogen III oxidase  41.96 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.210418  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0038  coproporphyrinogen III oxidase  42.31 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.381478  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0116  coproporphyrinogen III oxidase  45.68 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.998466  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0035  coproporphyrinogen III oxidase  41.46 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132201  hitchhiker  0.00964681 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0033  coproporphyrinogen III oxidase  41.46 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.011595 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0041  coproporphyrinogen III oxidase  41.46 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0219573  hitchhiker  0.00000553459 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0042  coproporphyrinogen III oxidase  40.77 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0059194  normal  0.559288 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2531  coproporphyrinogen III oxidase  40.79 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2369  coproporphyrinogen III oxidase  40.83 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0037  coproporphyrinogen III oxidase  41.75 
 
 		 323 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.430398  hitchhiker  0.000152839 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0674  coproporphyrinogen III oxidase  41.53 
 
 		 317 aa  217  1e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.84916 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0030  coproporphyrinogen III oxidase  41.75 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.378098  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0038  coproporphyrinogen III oxidase  41.11 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3464  coproporphyrinogen III oxidase  41.4 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0033  coproporphyrinogen III oxidase  41.4 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0038  coproporphyrinogen III oxidase  41.4 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.893663  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0757  coproporphyrinogen III oxidase  46.03 
 
 		 310 aa  216  5e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2294  Coproporphyrinogen oxidase  41.67 
 
 		 304 aa  216  5e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219751  hitchhiker  0.00200729 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0045  coproporphyrinogen III oxidase  41.2 
 
 		 306 aa  215  7e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.253632 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0050  coproporphyrinogen III oxidase  40.91 
 
 		 304 aa  215  9e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.646189  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3053  coproporphyrinogen III oxidase  39.64 
 
 		 344 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.375519 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3669  coproporphyrinogen III oxidase  41.61 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1148  coproporphyrinogen III oxidase  39.13 
 
 		 346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0346  coproporphyrinogen III oxidase  42.35 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0037  coproporphyrinogen III oxidase  41.05 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000149114 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1178  coproporphyrinogen III oxidase  39.13 
 
 		 346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2791  coproporphyrinogen III oxidase  42.61 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1193  Coproporphyrinogen oxidase  44.88 
 
 		 327 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1703  coproporphyrinogen III oxidase  41.88 
 
 		 286 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.586163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0029  coproporphyrinogen III oxidase  41.37 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3290  Coproporphyrinogen oxidase  42.24 
 
 		 312 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3211  Coproporphyrinogen oxidase  41.52 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0993  coproporphyrinogen III oxidase  45.24 
 
 		 310 aa  210  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1891  coproporphyrinogen III oxidase  39.17 
 
 		 345 aa  209  5e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.388999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2824  coproporphyrinogen III oxidase  41.26 
 
 		 317 aa  209  5e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000193561  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2634  coproporphyrinogen III oxidase  45.26 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0385786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2461  coproporphyrinogen III oxidase  41.26 
 
 		 303 aa  208  7e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0403  coproporphyrinogen III oxidase  39.44 
 
 		 362 aa  208  8e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0775561  normal  0.510221 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2334  coproporphyrinogen III oxidase  41.67 
 
 		 306 aa  208  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193122  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0060  coproporphyrinogen III oxidase  40.97 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4996  coproporphyrinogen III oxidase  37.13 
 
 		 347 aa  208  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000411147  normal  0.314593 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0025  coproporphyrinogen III oxidase  39.45 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4240  coproporphyrinogen III oxidase  41.03 
 
 		 323 aa  208  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2213  coproporphyrinogen III oxidase  41.67 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00028  coproporphyrinogen III oxidase  39.51 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.14394  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2685  Coproporphyrinogen oxidase  42.7 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0507108  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3938  coproporphyrinogen III oxidase  42.51 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2066  coproporphyrinogen III oxidase  40.33 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87254  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_15068  coproporphyrinogen III oxidase  39.08 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1013  coproporphyrinogen III oxidase  42.56 
 
 		 326 aa  206  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0015  coproporphyrinogen III oxidase  40.56 
 
 		 331 aa  206  3e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.91658  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2465  coproporphyrinogen III oxidase  40.93 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00683566  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10640  coproporphyrinogen oxidase. coproporphyrinogen III oxidase. coproporphyrinogenase  42.13 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2319  coproporphyrinogen III oxidase  41.52 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.936275 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0017  coproporphyrinogen III oxidase  40.56 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>