210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3764 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3764  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 		 310 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.323401  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1701  coproporphyrinogen III oxidase  86.84 
 
 		 303 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4009  coproporphyrinogen III oxidase  86.47 
 
 		 303 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.586573  hitchhiker  0.00557292 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1263  coproporphyrinogen III oxidase  84.82 
 
 		 304 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  0.0654459 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0699  coproporphyrinogen III oxidase  61.46 
 
 		 290 aa  382  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2954  coproporphyrinogen III oxidase  54.95 
 
 		 315 aa  328  6e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.343803  normal  0.536677 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2240  coproporphyrinogen III oxidase  54.58 
 
 		 304 aa  328  9e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3246  coproporphyrinogen III oxidase  55.02 
 
 		 295 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.630237  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2296  coproporphyrinogen III oxidase  54.61 
 
 		 295 aa  325  4.0000000000000003e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.803269 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0734  coproporphyrinogen III oxidase  52.9 
 
 		 318 aa  325  5e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.518161 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2786  coproporphyrinogen III oxidase  52.68 
 
 		 303 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.534406 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3050  coproporphyrinogen III oxidase  52.68 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199484 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2169  coproporphyrinogen III oxidase  52.41 
 
 		 304 aa  317  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0279  coproporphyrinogen III oxidase  54.86 
 
 		 300 aa  316  3e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2621  coproporphyrinogen III oxidase  54.83 
 
 		 300 aa  316  4e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.975549 
 
 
-
 
NC_004310  BR1550  coproporphyrinogen III oxidase  51.72 
 
 		 303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.203239  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1616  coproporphyrinogen III oxidase  50.5 
 
 		 304 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.978036  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6063  coproporphyrinogen III oxidase  51.15 
 
 		 299 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.32246 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1549  coproporphyrinogen III oxidase  50.67 
 
 		 303 aa  308  8e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.605078  normal  0.252724 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1498  coproporphyrinogen III oxidase  51.38 
 
 		 303 aa  308  8e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0060  coproporphyrinogen III oxidase  52.17 
 
 		 301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.889116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2536  coproporphyrinogen III oxidase  53.24 
 
 		 287 aa  306  3e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0684  coproporphyrinogen III oxidase  51.56 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.092351 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2944  coproporphyrinogen III oxidase  52.43 
 
 		 307 aa  299  3e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0647  coproporphyrinogen III oxidase  51.21 
 
 		 307 aa  299  5e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0673  coproporphyrinogen III oxidase  50.87 
 
 		 307 aa  298  6e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.496843 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4671  coproporphyrinogen III oxidase  52.05 
 
 		 310 aa  297  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.370983 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3221  coproporphyrinogen III oxidase  53.79 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3804  coproporphyrinogen III oxidase  50.68 
 
 		 298 aa  293  3e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6599  coproporphyrinogen III oxidase  51.48 
 
 		 299 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173551  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1398  coproporphyrinogen III oxidase  52.7 
 
 		 286 aa  280  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.682731  normal  0.262285 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1347  coproporphyrinogen III oxidase  48.98 
 
 		 286 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.280799  normal  0.025775 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0454  coproporphyrinogen III oxidase  49.12 
 
 		 306 aa  271  8.000000000000001e-72  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2337  coproporphyrinogen III oxidase  46.58 
 
 		 291 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.164246 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1752  coproporphyrinogen III oxidase  45.02 
 
 		 286 aa  256  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0768431  normal  0.108805 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0682  coproporphyrinogen III oxidase  45.89 
 
 		 291 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0548  coproporphyrinogen III oxidase  46.76 
 
 		 291 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0674  coproporphyrinogen III oxidase  44 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3848  coproporphyrinogen III oxidase  42.66 
 
 		 292 aa  242  5e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1214  coproporphyrinogen III oxidase  47.52 
 
 		 256 aa  239  5e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0591  coproporphyrinogen III oxidase  41.02 
 
 		 284 aa  238  9e-62  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.463475  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0446  coproporphyrinogen III oxidase  41.3 
 
 		 282 aa  235  7e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0752426  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0030  coproporphyrinogen III oxidase  43.53 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000103554  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3729  coproporphyrinogen III oxidase  42.46 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.186137  hitchhiker  0.00821912 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2531  coproporphyrinogen III oxidase  40.53 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0047  coproporphyrinogen III oxidase  42.46 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0042  coproporphyrinogen III oxidase  41.88 
 
 		 306 aa  219  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0059194  normal  0.559288 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0030  coproporphyrinogen III oxidase  40.91 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.210418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0037  coproporphyrinogen III oxidase  40 
 
 		 323 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.430398  hitchhiker  0.000152839 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3464  coproporphyrinogen III oxidase  41.96 
 
 		 306 aa  218  8.999999999999998e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3053  coproporphyrinogen III oxidase  39.21 
 
 		 344 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.375519 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0038  coproporphyrinogen III oxidase  41.2 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0030  coproporphyrinogen III oxidase  41.61 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.378098  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2369  coproporphyrinogen III oxidase  39.93 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0035  coproporphyrinogen III oxidase  41.2 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132201  hitchhiker  0.00964681 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0033  coproporphyrinogen III oxidase  41.2 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.011595 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0674  coproporphyrinogen III oxidase  40.92 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.84916 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0041  coproporphyrinogen III oxidase  41.2 
 
 		 302 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0219573  hitchhiker  0.00000553459 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0038  coproporphyrinogen III oxidase  42.6 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.381478  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0045  coproporphyrinogen III oxidase  41.2 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.253632 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0050  coproporphyrinogen III oxidase  41.05 
 
 		 304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.646189  normal  0.257858 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0037  coproporphyrinogen III oxidase  41.61 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000149114 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1178  coproporphyrinogen III oxidase  38.72 
 
 		 346 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1148  coproporphyrinogen III oxidase  38.72 
 
 		 346 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0033  coproporphyrinogen III oxidase  41.26 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0038  coproporphyrinogen III oxidase  41.26 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.893663  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2461  coproporphyrinogen III oxidase  42.31 
 
 		 303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2294  Coproporphyrinogen oxidase  40.91 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219751  hitchhiker  0.00200729 
 
 
-
 
NC_006687  CNE00980  coproporphyrinogen oxidase, putative  40.06 
 
 		 336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.00531403  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1193  Coproporphyrinogen oxidase  40.44 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0757  coproporphyrinogen III oxidase  43.17 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1674  coproporphyrinogen III oxidase  35.48 
 
 		 342 aa  210  2e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0469797  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10640  coproporphyrinogen oxidase. coproporphyrinogen III oxidase. coproporphyrinogenase  44.49 
 
 		 292 aa  210  2e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0993  coproporphyrinogen III oxidase  42.81 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3290  Coproporphyrinogen oxidase  42.81 
 
 		 312 aa  209  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17021  coproporphyrinogen III oxidase  37.74 
 
 		 375 aa  209  4e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.18622  normal  0.770424 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4996  coproporphyrinogen III oxidase  37.27 
 
 		 347 aa  209  4e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000411147  normal  0.314593 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0116  coproporphyrinogen III oxidase  42.96 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.998466  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0029  coproporphyrinogen III oxidase  40.86 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3211  Coproporphyrinogen oxidase  41.37 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2824  coproporphyrinogen III oxidase  41.2 
 
 		 317 aa  209  7e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000193561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1225  Coproporphyrinogen oxidase  40.21 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2573  coproporphyrinogen III oxidase  40.21 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1243  coproporphyrinogen III oxidase  40.21 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17691  coproporphyrinogen III oxidase  36.25 
 
 		 342 aa  208  9e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3938  coproporphyrinogen III oxidase  42.16 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17891  coproporphyrinogen III oxidase  35.16 
 
 		 342 aa  207  1e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17731  coproporphyrinogen III oxidase  35.16 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.932235  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1393  coproporphyrinogen III oxidase  40.56 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.586678  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2784  coproporphyrinogen III oxidase  40.56 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390735 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1154  coproporphyrinogen III oxidase  36.66 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00028  coproporphyrinogen III oxidase  39.51 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.14394  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2591  coproporphyrinogen III oxidase  39.51 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2817  coproporphyrinogen III oxidase  41.01 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.56731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20281  coproporphyrinogen III oxidase  36.33 
 
 		 348 aa  206  3e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02336  coproporphyrinogen III oxidase  39.86 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2687  coproporphyrinogen III oxidase  41.37 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02298  hypothetical protein  39.86 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2722  coproporphyrinogen III oxidase  39.86 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2596  coproporphyrinogen III oxidase  41.01 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>