More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2295 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2295  50S ribosomal protein L3  100 
 
 		 241 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.208752 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3184  50S ribosomal protein L3  97.5 
 
 		 241 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3448  50S ribosomal protein L3  94.65 
 
 		 243 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.925386 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1545  50S ribosomal protein L3  89.17 
 
 		 241 aa  437  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3667  50S ribosomal protein L3  94.27 
 
 		 241 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5070  50S ribosomal protein L3  90.83 
 
 		 239 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.621506 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1364  50S ribosomal protein L3  88.62 
 
 		 247 aa  435  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.803937  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0353  50S ribosomal protein L3  77.69 
 
 		 246 aa  381  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1354  50S ribosomal protein L3  77.5 
 
 		 240 aa  376  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.03305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1908  50S ribosomal protein L3  81.17 
 
 		 251 aa  374  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0000666211  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0580  50S ribosomal protein L3  76.03 
 
 		 245 aa  374  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2440  50S ribosomal protein L3  75.92 
 
 		 246 aa  375  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.346218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2162  50S ribosomal protein L3  75.92 
 
 		 246 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.38334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2123  50S ribosomal protein L3  75.51 
 
 		 246 aa  374  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.361866 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2218  50S ribosomal protein L3  80.27 
 
 		 241 aa  372  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1679  50S ribosomal protein L3  78.48 
 
 		 241 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.123125  hitchhiker  0.0000530368 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1614  50S ribosomal protein L3  69.37 
 
 		 256 aa  316  2e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2736  ribosomal protein L3  68.61 
 
 		 251 aa  312  2.9999999999999996e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.301212  normal  0.0821652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  71.75 
 
 		 242 aa  311  3.9999999999999997e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1332  50S ribosomal protein L3  72.04 
 
 		 213 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  0.17387 
 
 
-
 
NC_004310  BR1233  50S ribosomal protein L3  68.16 
 
 		 237 aa  306  1.0000000000000001e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.180117  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1196  50S ribosomal protein L3  68.16 
 
 		 237 aa  306  2.0000000000000002e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1353  50S ribosomal protein L3  62.55 
 
 		 317 aa  304  7e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.685053  normal  0.045909 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1956  50S ribosomal protein L3  68.95 
 
 		 238 aa  304  7e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00677731  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2534  50S ribosomal protein L3  65.33 
 
 		 239 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.129465  normal  0.91694 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0986  50S ribosomal protein L3  69.48 
 
 		 228 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.191064  normal  0.0173239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1430  50S ribosomal protein L3  70.62 
 
 		 213 aa  302  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0544436  normal  0.0131541 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  68.08 
 
 		 240 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  68.08 
 
 		 240 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1840  50S ribosomal protein L3  70.14 
 
 		 213 aa  301  9e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.053801  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  64.57 
 
 		 279 aa  297  1e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  64.86 
 
 		 268 aa  297  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0246  50S ribosomal protein L3  65.75 
 
 		 239 aa  295  6e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.982555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0698  50S ribosomal protein L3  63.45 
 
 		 246 aa  293  2e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000853628  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0666  50S ribosomal protein L3  63.45 
 
 		 246 aa  293  2e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000700021  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2688  50S ribosomal protein L3  64.44 
 
 		 235 aa  290  1e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  62.33 
 
 		 245 aa  284  8e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0583  50S ribosomal protein L3  63.47 
 
 		 290 aa  284  1.0000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2818  50S ribosomal protein L3  58.3 
 
 		 257 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.469348 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  60.35 
 
 		 227 aa  282  4.0000000000000003e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1946  50S ribosomal protein L3  60.54 
 
 		 227 aa  281  6.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  63.01 
 
 		 251 aa  281  7.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  52.38 
 
 		 214 aa  214  7e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  202  4e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000808775  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10617  predicted protein  51.87 
 
 		 229 aa  201  9.999999999999999e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.290577  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  52.13 
 
 		 212 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  198  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 		 209 aa  198  6e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  52.61 
 
 		 214 aa  198  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0484  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000199127  normal  0.0280354 
 
 
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  50.97 
 
 		 209 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206645  decreased coverage  0.0000470561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 		 211 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 		 209 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 		 211 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 		 211 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 211 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 		 211 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 211 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  195  6e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  194  8.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  50.24 
 
 		 214 aa  194  9e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 211 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 212 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726152  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 		 212 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000715109  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 211 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0196  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133275  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4056  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000139517  hitchhiker  0.00000000018898 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0200  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000546138  unclonable  0.00000936811 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4170  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200962  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0148  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000284118  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 209 aa  193  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 		 212 aa  192  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000358076  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 209 aa  192  5e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 209 aa  192  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 		 214 aa  192  5e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0170  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  192  5e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000029478  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 		 209 aa  192  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0273  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 224 aa  191  6e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.0000000000366458  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 211 aa  191  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 		 214 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0278  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 224 aa  191  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000211938  decreased coverage  0.00000000129288 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  191  7e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  191  7e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000636858  unclonable  0.0000000000196513 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  191  7e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 		 212 aa  191  7e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000010724  hitchhiker  0.0000000019855 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0391  50S ribosomal protein L3  49.53 
 
 		 224 aa  191  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000698132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  47.89 
 
 		 218 aa  189  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3999  50S ribosomal protein L3  49.3 
 
 		 226 aa  189  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 		 214 aa  189  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0756  50S ribosomal protein L3  51.44 
 
 		 216 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385888  normal  0.0180173 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  50 
 
 		 209 aa  188  5.999999999999999e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE02690  ribosomal large subunit assembly and maintenance-related protein, putative  48.1 
 
 		 308 aa  188  5.999999999999999e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.881266  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  50.49 
 
 		 209 aa  188  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0489  50S ribosomal protein L3  48.34 
 
 		 212 aa  188  8e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000109318  normal  0.010086 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0612  50S ribosomal protein L3  44.91 
 
 		 231 aa  188  8e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  49.28 
 
 		 209 aa  187  1e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04308  50S ribosomal protein L3 (AFU_orthologue; AFUA_4G06000)  47.47 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.569761  normal  0.446877 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0767  ribosomal protein L3  46.08 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.357159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>