More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3072 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3072  HMG-CoA lyase-like  100 
 
 
342 aa  702    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.357205  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2735  hypothetical protein  36.04 
 
 
295 aa  186  4e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2608  hypothetical protein  35.34 
 
 
295 aa  183  3e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1775  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  34.28 
 
 
338 aa  146  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0987  hypothetical protein  29.01 
 
 
344 aa  135  8e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.861522  normal  0.983085 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1245  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  31.69 
 
 
333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1083  pyruvate carboxyltransferase  34.98 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2116  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.64 
 
 
340 aa  133  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0140  pyruvate carboxyltransferase  26.97 
 
 
352 aa  130  3e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    unclonable  0.00000000000000672144 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2298  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  33.07 
 
 
341 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2157  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.39 
 
 
341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2888  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.83 
 
 
350 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7644  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.6 
 
 
342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.934418 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2462  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.4 
 
 
342 aa  116  6.9999999999999995e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.320363 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3470  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  27.39 
 
 
344 aa  114  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0590543  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0911  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  30.71 
 
 
358 aa  113  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0238  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  31.1 
 
 
351 aa  113  5e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3808  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.75 
 
 
354 aa  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669855 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3801  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.32 
 
 
339 aa  113  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.831034 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3687  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31 
 
 
346 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2007  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.08 
 
 
339 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1619  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  30.51 
 
 
352 aa  109  5e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2410  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.99 
 
 
336 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2258  pyruvate carboxyltransferase  30.39 
 
 
328 aa  108  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.711145 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13567  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.11 
 
 
346 aa  107  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000946481 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13506  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.53 
 
 
336 aa  107  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3238  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.52 
 
 
353 aa  106  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.193087  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3025  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.57 
 
 
333 aa  106  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2034  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.21 
 
 
343 aa  106  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.8 
 
 
350 aa  106  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00100274  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2959  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.74 
 
 
348 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.847372  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2573  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.63 
 
 
338 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1468  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.48 
 
 
347 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4617  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.43 
 
 
348 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0597  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  33.21 
 
 
338 aa  104  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3541  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.43 
 
 
348 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.236803  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1791  aldolase/synthase, putative  30 
 
 
534 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1187  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.78 
 
 
346 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2882  pyruvate carboxyltransferase  29.41 
 
 
377 aa  103  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3340  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.94 
 
 
345 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4142  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.86 
 
 
346 aa  103  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.345683  normal  0.184923 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5234  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.89 
 
 
350 aa  102  9e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899862  normal  0.187556 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2266  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.5 
 
 
349 aa  102  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4743  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  30.62 
 
 
344 aa  102  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2590  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.01 
 
 
347 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0890  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.01 
 
 
347 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5042  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.52 
 
 
353 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.228973  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0787  pyruvate carboxyltransferase  28.52 
 
 
531 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2454  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.01 
 
 
347 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4224  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.25 
 
 
363 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4659  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.25 
 
 
353 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890029  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4747  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.25 
 
 
353 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.2534 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1522  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.62 
 
 
352 aa  100  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0454  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.63 
 
 
342 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1319  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.43 
 
 
348 aa  100  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.644156  normal  0.28842 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3105  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.35 
 
 
343 aa  99.8  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0368513  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2079  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.39 
 
 
345 aa  99.8  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636454  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  32.64 
 
 
347 aa  99  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.739871  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1649  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.51 
 
 
339 aa  98.6  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264755  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3321  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.57 
 
 
358 aa  99  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111533  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1356  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.26 
 
 
341 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000315609  hitchhiker  0.0000118499 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3782  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.26 
 
 
343 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.132255  hitchhiker  0.000807704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2873  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.97 
 
 
352 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0724993 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4391  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.88 
 
 
337 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2781  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.99 
 
 
344 aa  98.6  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.018657 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0907  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.52 
 
 
343 aa  97.4  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0284448  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2325  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.34 
 
 
338 aa  97.4  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1102  2-isopropylmalate synthase/homocitrate synthase family protein  29.08 
 
 
526 aa  96.3  7e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3852  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  32.47 
 
 
343 aa  96.3  7e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0441  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  29.28 
 
 
349 aa  95.9  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216235  decreased coverage  0.00115827 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0224  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.99 
 
 
342 aa  95.9  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1390  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.5 
 
 
339 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500551 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0849  2-isopropylmalate synthase  25.78 
 
 
514 aa  95.1  2e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  27.05 
 
 
514 aa  94.7  2e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0536  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  28.57 
 
 
355 aa  94.7  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42120  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.23 
 
 
340 aa  94  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0602792  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0633  trans-homoaconitate synthase  30.1 
 
 
376 aa  94.4  3e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0200993  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4081  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.92 
 
 
352 aa  94  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.389016  decreased coverage  0.000053285 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4833  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  30.07 
 
 
354 aa  94.4  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.845453  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2668  pyruvate carboxyltransferase  27.68 
 
 
539 aa  93.6  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1298  2-isopropylmalate synthase  28.53 
 
 
500 aa  93.6  4e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2113  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.73 
 
 
345 aa  93.6  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1984  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.6 
 
 
337 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15130  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.23 
 
 
339 aa  93.2  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2149  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.11 
 
 
342 aa  92.4  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3254  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  30.22 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3273  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.22 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.651413  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0376  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.22 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0416  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.22 
 
 
337 aa  92  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4539  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.22 
 
 
339 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1152  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.11 
 
 
345 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.296629  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0427  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.48 
 
 
337 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3800  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  28.69 
 
 
349 aa  91.3  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0681558  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10900  putative alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase family transferase  26.16 
 
 
524 aa  91.7  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5209  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.16 
 
 
345 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.28421  normal  0.217725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1641  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.73 
 
 
349 aa  90.5  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216253  normal  0.119722 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0383  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.11 
 
 
337 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0938  pyruvate carboxyltransferase  30.97 
 
 
344 aa  90.9  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.596089 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1808  2-isopropylmalate synthase  30.4 
 
 
475 aa  90.5  3e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.787559  hitchhiker  0.000060507 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2059  2-isopropylmalate synthase  30.91 
 
 
489 aa  90.1  4e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0773223 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>