More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5209 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5209  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  100 
 
 
345 aa  696    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.28421  normal  0.217725 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3238  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.18 
 
 
353 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.193087  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1188  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  84.08 
 
 
355 aa  553  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.512459  normal  0.406706 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1468  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  77.81 
 
 
347 aa  548  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7644  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  78.1 
 
 
342 aa  545  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.934418 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2325  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.55 
 
 
338 aa  545  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2873  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  82.14 
 
 
352 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0724993 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42120  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.33 
 
 
340 aa  541  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0602792  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4539  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.68 
 
 
339 aa  541  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08740  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  80.99 
 
 
349 aa  544  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15130  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.33 
 
 
339 aa  541  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5823  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.33 
 
 
340 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.821912  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3546  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.08 
 
 
340 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2007  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  78.27 
 
 
339 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3510  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  82.78 
 
 
349 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1984  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  80.18 
 
 
337 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.878237 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00306  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  78.27 
 
 
337 aa  525  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01666  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  82.34 
 
 
338 aa  526  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00310  hypothetical protein  78.27 
 
 
337 aa  525  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1152  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  82.12 
 
 
345 aa  526  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.296629  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0383  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  77.98 
 
 
337 aa  526  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2888  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  77.11 
 
 
350 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115406 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3254  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  77.98 
 
 
337 aa  523  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0416  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  77.98 
 
 
337 aa  522  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3273  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  77.98 
 
 
337 aa  523  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.651413  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0376  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  77.98 
 
 
337 aa  523  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0427  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  77.68 
 
 
337 aa  521  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5136  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  78.17 
 
 
349 aa  519  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293714  normal  0.0337536 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3687  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  73.41 
 
 
346 aa  504  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2882  pyruvate carboxyltransferase  75 
 
 
377 aa  499  1e-140  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2113  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  75.82 
 
 
345 aa  493  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1641  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  74.4 
 
 
349 aa  488  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216253  normal  0.119722 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4923  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  73.57 
 
 
341 aa  488  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.854205  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9113  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  74.25 
 
 
337 aa  485  1e-136  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3852  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  72.54 
 
 
343 aa  477  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2149  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  69.88 
 
 
342 aa  465  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0938  pyruvate carboxyltransferase  70.15 
 
 
344 aa  461  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.596089 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1649  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  67.77 
 
 
339 aa  462  1e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264755  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0597  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  71.52 
 
 
338 aa  454  1e-127  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5438  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  68.58 
 
 
349 aa  456  1e-127  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113513  normal  0.601738 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5835  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  68.58 
 
 
349 aa  456  1e-127  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.633164  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4391  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  68.58 
 
 
337 aa  449  1e-125  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1479  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  67.16 
 
 
346 aa  449  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4743  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  65.27 
 
 
336 aa  439  9.999999999999999e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3900  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  67.64 
 
 
351 aa  408  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.577323 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3525  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  68.42 
 
 
351 aa  408  1e-113  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1619  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  60.79 
 
 
352 aa  404  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2959  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  59.7 
 
 
348 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.847372  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3808  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.33 
 
 
354 aa  386  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669855 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2462  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.43 
 
 
342 aa  387  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.320363 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3321  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.22 
 
 
358 aa  382  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111533  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.03 
 
 
350 aa  383  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00100274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2116  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  53.43 
 
 
340 aa  376  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2079  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.42 
 
 
345 aa  373  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636454  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3105  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.42 
 
 
343 aa  372  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0368513  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3801  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  53.45 
 
 
339 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.831034 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1187  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.82 
 
 
346 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1319  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.85 
 
 
348 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.644156  normal  0.28842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3541  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.97 
 
 
348 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.236803  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4617  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.97 
 
 
348 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2266  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  57.58 
 
 
349 aa  365  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3782  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.72 
 
 
343 aa  363  2e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.132255  hitchhiker  0.000807704 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2781  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.22 
 
 
344 aa  363  2e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.018657 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4142  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.22 
 
 
346 aa  363  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.345683  normal  0.184923 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1356  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.72 
 
 
341 aa  363  3e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000315609  hitchhiker  0.0000118499 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3340  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.56 
 
 
345 aa  362  4e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1390  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.76 
 
 
339 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500551 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0454  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.22 
 
 
342 aa  361  1e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1457  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  57.06 
 
 
343 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.322721  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0907  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.9 
 
 
343 aa  356  3.9999999999999996e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0284448  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0224  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.63 
 
 
342 aa  355  5.999999999999999e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2298  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.98 
 
 
341 aa  353  2e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2157  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  51.8 
 
 
341 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1775  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  53.1 
 
 
338 aa  352  4e-96  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4081  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  53.92 
 
 
352 aa  345  6e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.389016  decreased coverage  0.000053285 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4743  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  56.71 
 
 
344 aa  344  1e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3470  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  49.25 
 
 
344 aa  339  5e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0590543  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0911  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  48.51 
 
 
358 aa  337  9.999999999999999e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0536  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  50.88 
 
 
355 aa  333  2e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2034  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.34 
 
 
343 aa  332  5e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5234  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.78 
 
 
350 aa  331  1e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899862  normal  0.187556 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5042  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.78 
 
 
353 aa  330  3e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.228973  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4747  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.78 
 
 
353 aa  329  4e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.2534 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4659  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.78 
 
 
353 aa  329  4e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890029  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13567  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  49.11 
 
 
346 aa  329  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000946481 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4224  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.78 
 
 
363 aa  329  6e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3800  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  51.06 
 
 
349 aa  325  5e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0681558  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1522  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  47.48 
 
 
352 aa  325  8.000000000000001e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2573  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.89 
 
 
338 aa  317  2e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0238  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  50.61 
 
 
351 aa  316  3e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2410  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.58 
 
 
336 aa  315  7e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0441  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  50.16 
 
 
349 aa  308  9e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216235  decreased coverage  0.00115827 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1245  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  44.44 
 
 
333 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3025  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  44.11 
 
 
333 aa  269  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2454  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  42.03 
 
 
347 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2590  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  42.03 
 
 
347 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0890  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  42.03 
 
 
347 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  42.12 
 
 
347 aa  239  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.739871  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4567  pyruvate carboxyltransferase  42.94 
 
 
348 aa  238  1e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000479779 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4833  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  39.88 
 
 
354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.845453  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>