More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2873 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2873  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  100 
 
 
352 aa  723    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0724993 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3238  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  86.53 
 
 
353 aa  628  1e-179  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.193087  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3510  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  86.57 
 
 
349 aa  588  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1188  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.38 
 
 
355 aa  589  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.512459  normal  0.406706 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42120  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  84.98 
 
 
340 aa  570  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0602792  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4539  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.93 
 
 
339 aa  569  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5136  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.28 
 
 
349 aa  568  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293714  normal  0.0337536 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2325  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  85.76 
 
 
338 aa  570  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08740  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.88 
 
 
349 aa  569  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15130  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  84.98 
 
 
339 aa  569  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00306  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  84.08 
 
 
337 aa  567  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3254  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  83.78 
 
 
337 aa  566  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00310  hypothetical protein  84.08 
 
 
337 aa  567  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3273  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.78 
 
 
337 aa  566  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.651413  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0376  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.78 
 
 
337 aa  566  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0383  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.48 
 
 
337 aa  567  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0427  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.18 
 
 
337 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5823  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.78 
 
 
340 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.821912  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1152  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  84.64 
 
 
345 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.296629  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0416  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.48 
 
 
337 aa  564  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1984  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  82.49 
 
 
337 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3546  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.23 
 
 
340 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1468  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  77.15 
 
 
347 aa  547  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7644  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  77.06 
 
 
342 aa  546  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.934418 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5209  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  82.14 
 
 
345 aa  544  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.28421  normal  0.217725 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2007  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  79.1 
 
 
339 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2888  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  75.73 
 
 
350 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_003296  RS01666  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  80.54 
 
 
338 aa  526  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3687  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  72.16 
 
 
346 aa  500  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4923  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  75 
 
 
341 aa  493  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.854205  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2882  pyruvate carboxyltransferase  70.09 
 
 
377 aa  483  1e-135  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2113  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  72.54 
 
 
345 aa  479  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1641  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  71.09 
 
 
349 aa  473  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216253  normal  0.119722 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3852  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  71.43 
 
 
343 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9113  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  70.09 
 
 
337 aa  461  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0597  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  70.91 
 
 
338 aa  459  9.999999999999999e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1649  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  66.57 
 
 
339 aa  458  9.999999999999999e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264755  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4391  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  66.46 
 
 
337 aa  449  1e-125  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0938  pyruvate carboxyltransferase  66.67 
 
 
344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.596089 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5438  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  66.67 
 
 
349 aa  443  1e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113513  normal  0.601738 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2149  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  66.27 
 
 
342 aa  444  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5835  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  66.67 
 
 
349 aa  443  1e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.633164  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1479  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  65.88 
 
 
346 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4743  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  62.84 
 
 
336 aa  425  1e-118  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3900  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  65.8 
 
 
351 aa  409  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.577323 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3525  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  66.38 
 
 
351 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3808  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  53.89 
 
 
354 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669855 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1619  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  56.59 
 
 
352 aa  385  1e-106  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3321  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.19 
 
 
358 aa  383  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111533  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.82 
 
 
350 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00100274  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2079  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  57.19 
 
 
345 aa  378  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636454  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2959  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  57.58 
 
 
348 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.847372  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2462  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  53.89 
 
 
342 aa  375  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.320363 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3541  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.99 
 
 
348 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.236803  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1187  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.99 
 
 
346 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3105  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  57.19 
 
 
343 aa  373  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0368513  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2116  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.23 
 
 
340 aa  374  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4617  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.99 
 
 
348 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2298  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.93 
 
 
341 aa  370  1e-101  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1390  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.19 
 
 
339 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500551 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3340  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.29 
 
 
345 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1319  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.89 
 
 
348 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.644156  normal  0.28842 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3801  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.55 
 
 
339 aa  369  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.831034 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2781  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.69 
 
 
344 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.018657 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2266  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  57.27 
 
 
349 aa  362  4e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1356  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.99 
 
 
341 aa  361  1e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000315609  hitchhiker  0.0000118499 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3782  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.99 
 
 
343 aa  361  1e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.132255  hitchhiker  0.000807704 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0454  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.49 
 
 
342 aa  361  1e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4142  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.79 
 
 
346 aa  361  1e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.345683  normal  0.184923 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0224  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.69 
 
 
342 aa  360  2e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2157  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.1 
 
 
341 aa  359  4e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0907  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.39 
 
 
343 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0284448  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1457  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.12 
 
 
343 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.322721  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1775  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.82 
 
 
338 aa  355  7.999999999999999e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4743  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  56.1 
 
 
344 aa  353  2e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4081  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  53.94 
 
 
352 aa  348  7e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.389016  decreased coverage  0.000053285 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3470  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  50 
 
 
344 aa  344  1e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0590543  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0911  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  49.85 
 
 
358 aa  338  5.9999999999999996e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0536  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  51.35 
 
 
355 aa  335  7e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3800  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  51.52 
 
 
349 aa  334  2e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0681558  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2034  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  53.33 
 
 
343 aa  333  2e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1522  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.07 
 
 
352 aa  326  5e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5042  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.64 
 
 
353 aa  325  6e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.228973  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4659  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.64 
 
 
353 aa  325  8.000000000000001e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890029  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4747  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.64 
 
 
353 aa  325  8.000000000000001e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.2534 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2410  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.11 
 
 
336 aa  323  2e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4224  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.35 
 
 
363 aa  324  2e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13567  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.63 
 
 
346 aa  323  2e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000946481 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2573  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.27 
 
 
338 aa  323  3e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5234  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.34 
 
 
350 aa  323  3e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899862  normal  0.187556 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0238  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  49.69 
 
 
351 aa  317  2e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0441  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  49.84 
 
 
349 aa  309  5e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216235  decreased coverage  0.00115827 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1245  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  44.01 
 
 
333 aa  288  9e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3025  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  41.16 
 
 
333 aa  253  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0890  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  41.07 
 
 
347 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2590  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  41.07 
 
 
347 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2454  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  41.07 
 
 
347 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  40.77 
 
 
347 aa  238  9e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.739871  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4567  pyruvate carboxyltransferase  41.72 
 
 
348 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000479779 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4833  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  39.18 
 
 
354 aa  231  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.845453  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>