More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0454 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0454  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  100 
 
 
342 aa  694    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3340  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.48 
 
 
345 aa  570  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2266  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  83.58 
 
 
349 aa  565  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1187  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.76 
 
 
346 aa  566  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1319  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.42 
 
 
348 aa  565  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.644156  normal  0.28842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4617  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.71 
 
 
348 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1356  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  82.35 
 
 
341 aa  561  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000315609  hitchhiker  0.0000118499 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3782  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  82.35 
 
 
343 aa  561  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.132255  hitchhiker  0.000807704 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3541  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.71 
 
 
348 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.236803  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3105  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.76 
 
 
343 aa  558  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0368513  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4142  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.76 
 
 
346 aa  558  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.345683  normal  0.184923 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2781  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.18 
 
 
344 aa  557  1e-157  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.018657 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2959  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  81.49 
 
 
348 aa  551  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.847372  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0224  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  80.9 
 
 
342 aa  550  1e-155  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2079  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  80 
 
 
345 aa  548  1e-155  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636454  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0907  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  79.41 
 
 
343 aa  545  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0284448  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1457  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  79.35 
 
 
343 aa  514  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.322721  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2116  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  70.21 
 
 
340 aa  510  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3801  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  70.48 
 
 
339 aa  509  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.831034 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2462  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  72.27 
 
 
342 aa  500  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.320363 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1390  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  69.91 
 
 
339 aa  477  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500551 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3321  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  64.5 
 
 
358 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111533  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  63.72 
 
 
350 aa  462  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00100274  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3808  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  61.18 
 
 
354 aa  454  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669855 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1619  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  55.43 
 
 
352 aa  393  1e-108  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3687  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.16 
 
 
346 aa  391  1e-108  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7644  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.05 
 
 
342 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.934418 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1468  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.34 
 
 
347 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1479  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  56.8 
 
 
346 aa  386  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1649  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.06 
 
 
339 aa  387  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264755  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3238  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.02 
 
 
353 aa  383  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.193087  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2882  pyruvate carboxyltransferase  56.59 
 
 
377 aa  383  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5136  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  57.44 
 
 
349 aa  378  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.293714  normal  0.0337536 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2888  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.06 
 
 
350 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1152  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.01 
 
 
345 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.296629  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0938  pyruvate carboxyltransferase  56.25 
 
 
344 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.238199  normal  0.596089 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4923  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.59 
 
 
341 aa  374  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.854205  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2113  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.92 
 
 
345 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2298  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.01 
 
 
341 aa  370  1e-101  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1188  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.86 
 
 
355 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.512459  normal  0.406706 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2007  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.63 
 
 
339 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2149  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.85 
 
 
342 aa  369  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0376  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.35 
 
 
337 aa  367  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00306  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.35 
 
 
337 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3254  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  54.35 
 
 
337 aa  367  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3273  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.35 
 
 
337 aa  367  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.651413  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9113  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.29 
 
 
337 aa  365  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42120  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.89 
 
 
340 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0602792  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1984  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.9 
 
 
337 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3546  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.19 
 
 
340 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0383  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.85 
 
 
337 aa  365  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3510  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  55.39 
 
 
349 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15130  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.89 
 
 
339 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0416  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.35 
 
 
337 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08740  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.22 
 
 
349 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00310  hypothetical protein  54.35 
 
 
337 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1641  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  56.42 
 
 
349 aa  365  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.216253  normal  0.119722 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0427  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.05 
 
 
337 aa  364  1e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2325  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.33 
 
 
338 aa  361  8e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2873  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.49 
 
 
352 aa  360  1e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0724993 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4743  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.25 
 
 
336 aa  360  2e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4539  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.22 
 
 
339 aa  360  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4391  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  53.19 
 
 
337 aa  360  2e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5209  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.22 
 
 
345 aa  360  3e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.28421  normal  0.217725 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5438  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.4 
 
 
349 aa  359  4e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113513  normal  0.601738 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5835  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.4 
 
 
349 aa  359  4e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.633164  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0597  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.05 
 
 
338 aa  358  8e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3852  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  53.75 
 
 
343 aa  355  5e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2157  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  52.85 
 
 
341 aa  355  6.999999999999999e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1775  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.03 
 
 
338 aa  355  6.999999999999999e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01666  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  55.65 
 
 
338 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0623013  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3470  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  51.21 
 
 
344 aa  350  2e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0590543  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5823  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.38 
 
 
340 aa  347  1e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.821912  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0911  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  49.7 
 
 
358 aa  341  1e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4743  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  53.29 
 
 
344 aa  340  2e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3900  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.36 
 
 
351 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.577323 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13567  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  49.09 
 
 
346 aa  336  3.9999999999999995e-91  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000946481 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4081  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  51.52 
 
 
352 aa  334  1e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.389016  decreased coverage  0.000053285 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3525  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  54.23 
 
 
351 aa  333  2e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5042  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  47.87 
 
 
353 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.228973  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1522  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  47.56 
 
 
352 aa  330  2e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5234  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  47.56 
 
 
350 aa  330  2e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899862  normal  0.187556 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4224  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.16 
 
 
363 aa  330  3e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4659  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  47.87 
 
 
353 aa  330  3e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890029  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4747  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  47.87 
 
 
353 aa  330  3e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.2534 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2034  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  50.59 
 
 
343 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0441  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  50.78 
 
 
349 aa  328  1.0000000000000001e-88  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216235  decreased coverage  0.00115827 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0536  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  49.55 
 
 
355 aa  324  1e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3800  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  47.31 
 
 
349 aa  319  5e-86  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0681558  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0238  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  48.92 
 
 
351 aa  318  9e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1245  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  45.51 
 
 
333 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2573  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  49.39 
 
 
338 aa  304  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2410  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  48.48 
 
 
336 aa  303  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3025  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  41.39 
 
 
333 aa  253  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4833  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  40.18 
 
 
354 aa  230  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.845453  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4567  pyruvate carboxyltransferase  40.12 
 
 
348 aa  229  4e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000479779 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0890  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  38.21 
 
 
347 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2590  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  38.21 
 
 
347 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2454  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  38.21 
 
 
347 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  38.51 
 
 
347 aa  219  6e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.739871  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>