60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3073 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  100 
 
 		 448 aa  889    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5410  hypothetical protein  51.7 
 
 		 449 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288703  normal  0.36048 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0418  membrane-fusion protein  39.73 
 
 		 436 aa  272  1e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0680  hypothetical protein  39.25 
 
 		 451 aa  259  8e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0371  hypothetical protein  37.44 
 
 		 457 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.294814  normal  0.553229 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0669  hypothetical protein  39.53 
 
 		 439 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0171669 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0146  hypothetical protein  36.87 
 
 		 439 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0478  hypothetical protein  35.84 
 
 		 436 aa  247  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0908  hypothetical protein  38.57 
 
 		 451 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0389  hypothetical protein  35.82 
 
 		 439 aa  241  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.478293  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  39.16 
 
 		 442 aa  240  4e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0568  hypothetical protein  37.36 
 
 		 442 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0299  hypothetical protein  31.65 
 
 		 450 aa  236  7e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1673  hypothetical protein  34.9 
 
 		 446 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27195  normal  0.595527 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0473  hypothetical protein  36.43 
 
 		 442 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.796891  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3181  hypothetical protein  34.45 
 
 		 446 aa  235  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1154  hypothetical protein  32.62 
 
 		 490 aa  231  2e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3740  HlyD family secretion protein  33.63 
 
 		 441 aa  191  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  27.04 
 
 		 631 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  26.83 
 
 		 611 aa  65.1  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  24.62 
 
 		 578 aa  62.8  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.68 
 
 		 549 aa  62.4  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1210  secretion protein HlyD family protein  26.83 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2199  membrane-fusion protein-like protein  25.47 
 
 		 619 aa  56.6  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291447 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0909  hypothetical protein  24.78 
 
 		 709 aa  56.2  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0681  hypothetical protein  25.86 
 
 		 709 aa  54.7  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 340 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 390 aa  51.2  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0567  peptidase M50  24.84 
 
 		 701 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1341  putative phytochrome sensor protein  28.45 
 
 		 612 aa  51.2  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2759  hypothetical protein  23.27 
 
 		 681 aa  51.2  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.172121  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0618  putative phytochrome sensor protein  26.45 
 
 		 615 aa  51.2  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  26.53 
 
 		 359 aa  49.3  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0472  peptidase M50  25.3 
 
 		 702 aa  48.5  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  25 
 
 		 388 aa  47.8  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  21.51 
 
 		 372 aa  47.8  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.02 
 
 		 367 aa  47.4  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48100  alkaline protease secretion protein AprE  39.74 
 
 		 432 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322213 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 369 aa  47  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  25.93 
 
 		 380 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3414  RND family efflux transporter MFP subunit  23.22 
 
 		 313 aa  46.6  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.100509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4145  alkaline protease secretion protein AprE  39.74 
 
 		 432 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  26.19 
 
 		 369 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  26.9 
 
 		 360 aa  45.4  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1149  peptidase M50  26.24 
 
 		 714 aa  45.8  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1470  membrane-fusion protein  28.66 
 
 		 394 aa  45.1  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 		 372 aa  45.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.19 
 
 		 369 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1902  membrane-fusion protein  25.74 
 
 		 419 aa  45.4  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0558652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 360 aa  45.1  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  26.19 
 
 		 369 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.95 
 
 		 435 aa  44.7  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  22.91 
 
 		 368 aa  45.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0970  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  22.02 
 
 		 505 aa  44.3  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.995954  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0670  peptidase M50  25.33 
 
 		 697 aa  44.3  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.726178  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1169  membrane-fusion protein  22.42 
 
 		 377 aa  43.5  0.008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0146013  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4098  secretion protein HlyD family protein  30.19 
 
 		 410 aa  43.5  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  20.69 
 
 		 372 aa  43.5  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  23.77 
 
 		 418 aa  43.1  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 		 380 aa  43.5  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>