More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1016 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1018  sugar ABC transporter, ATP-binding subunit  96.61 
 
 		 384 aa  759    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1295  glucose ABC transporter, ATP-binding protein  82.03 
 
 		 386 aa  649    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1116  ABC transporter:TOBE  82.94 
 
 		 389 aa  643    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110421  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4367  ABC transporter-like  83.94 
 
 		 386 aa  664    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.201589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1016  ABC transporter related  100 
 
 		 384 aa  781    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4206  ABC transporter related  93.49 
 
 		 384 aa  741    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1056  ABC transporter related  96.61 
 
 		 384 aa  759    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1942  ABC transporter ATP-binding protein  80.47 
 
 		 386 aa  623  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23010  putative ATP-binding component of ABC transporter  79.95 
 
 		 386 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0424351 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1153  ABC transporter related  80.1 
 
 		 381 aa  614  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.203038  normal  0.427796 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0631  ABC transporter related  58.49 
 
 		 371 aa  428  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2427  ABC transporter related  58.6 
 
 		 372 aa  431  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4074  ABC sugar transporter, ATPase subunit  58.87 
 
 		 372 aa  430  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.785195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0932  ABC transporter related  59.14 
 
 		 372 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0492  ABC transporter related  59.14 
 
 		 372 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.495421  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0971  ABC transporter related  59.14 
 
 		 372 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4352  ABC transporter related  57.95 
 
 		 369 aa  426  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000333427 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3082  ABC transporter, ATP-binding component  57.8 
 
 		 379 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1556  maltose ABC transporter, ATP-binding protein, putative  57.8 
 
 		 379 aa  421  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.257646  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0843  ABC transporter related  57.95 
 
 		 371 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.811214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3448  ABC sugar transporter, ATPase subunit  58.49 
 
 		 371 aa  418  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0831  ABC transporter related  57.95 
 
 		 371 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1031  ABC transporter related  58.76 
 
 		 371 aa  420  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.865528  normal  0.0793172 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2994  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  57.8 
 
 		 372 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.68586  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3048  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  57.8 
 
 		 372 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.061373  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2126  maltose ABC transporter, ATP-binding protein, putative  57.8 
 
 		 372 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.210369  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1994  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  57.8 
 
 		 372 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.630648  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0786  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  57.8 
 
 		 372 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.243222  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2618  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  57.8 
 
 		 372 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.654814  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2413  ABC transporter related  58.89 
 
 		 376 aa  411  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1959  ABC transporter for sugar ATP-binding protein  55.28 
 
 		 367 aa  403  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133693  normal  0.34648 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1087  ABC transporter related  55.5 
 
 		 365 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3167  ABC transporter related  51.99 
 
 		 370 aa  378  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1692  ABC transporter-related protein  55.26 
 
 		 355 aa  375  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.291181 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2893  ABC transporter related  53.42 
 
 		 353 aa  377  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.401174  normal  0.250176 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0503  ABC transporter related  52.96 
 
 		 358 aa  370  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3407  ABC transporter related  53.68 
 
 		 368 aa  371  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.938763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3126  ABC transporter related  53.31 
 
 		 359 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6964  ABC transporter related  52.03 
 
 		 363 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3398  ABC transporter related  52.76 
 
 		 357 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.129757 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4552  ABC transporter related  52.21 
 
 		 360 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3814  ABC transporter related  51.59 
 
 		 371 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.39251  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6306  ABC transporter related  52.03 
 
 		 363 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.517463 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1240  ABC transporter related  51.51 
 
 		 360 aa  368  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3576  ABC transporter related  52.39 
 
 		 373 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0465993  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3611  ABC transporter related  49.05 
 
 		 370 aa  363  3e-99  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0274  ABC transporter related  49.19 
 
 		 368 aa  361  1e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.533134 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2654  putative maltose/maltodextrin ABC transporter, ATP-binding protein  48.78 
 
 		 369 aa  360  2e-98  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0254  ABC transporter related  51.64 
 
 		 353 aa  359  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3684  ABC transporter related  50.96 
 
 		 355 aa  358  7e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1495  ABC transporter related  50.41 
 
 		 367 aa  358  8e-98  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.407646  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4327  ABC transporter related  51.23 
 
 		 355 aa  358  8e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0513882 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1543  ABC transporter related  50.41 
 
 		 367 aa  358  8e-98  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0645  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  50.53 
 
 		 354 aa  357  9.999999999999999e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.366147  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3693  ABC transporter related  52.72 
 
 		 357 aa  358  9.999999999999999e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.402658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5338  ABC transporter related  50.96 
 
 		 355 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.708738  normal  0.0411085 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6524  ABC transporter related  50.13 
 
 		 366 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.113539 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0283  ABC transporter related  50.41 
 
 		 353 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.157903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2340  ABC transporter  48.5 
 
 		 369 aa  357  1.9999999999999998e-97  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3783  ABC transporter related  50.79 
 
 		 371 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1485  ABC transporter related  50.79 
 
 		 371 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.223537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0409  putative maltose ABC transportor  48.63 
 
 		 365 aa  356  5e-97  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0777  ABC transporter related  49.86 
 
 		 367 aa  355  8.999999999999999e-97  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.540961  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0525  ABC transporter related  49.86 
 
 		 367 aa  355  8.999999999999999e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159781 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1278  ABC transporter related  49.86 
 
 		 367 aa  355  8.999999999999999e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.288826  normal  0.201338 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5712  ABC transporter related  50.41 
 
 		 355 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.268173 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1044  ABC transporter related  49.05 
 
 		 374 aa  354  1e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322193  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4120  sn-glycerol 3-phosphate ABC transporter ATP-binding protein  50.96 
 
 		 366 aa  354  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0441125  normal  0.732793 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5695  ABC transporter related  50.41 
 
 		 365 aa  354  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.6347  normal  0.0823174 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2366  ABC transporter-like protein  47.76 
 
 		 381 aa  353  2.9999999999999997e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2199  ABC transporter related protein  48.8 
 
 		 380 aa  353  2.9999999999999997e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0973  ABC transporter related protein  48.48 
 
 		 364 aa  353  4e-96  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3579  hypothetical protein  51.37 
 
 		 354 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1059  ABC transporter related  50 
 
 		 402 aa  352  5.9999999999999994e-96  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.649165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4034  ABC sugar transporter, ATPase subunit  50 
 
 		 352 aa  352  7e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00450  ABC transporter related  47.59 
 
 		 372 aa  352  7e-96  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4763  ABC transporter related  49.04 
 
 		 352 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3853  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  49.86 
 
 		 356 aa  351  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.609605 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3488  ABC transporter related  50.8 
 
 		 371 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.894577 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1161  ABC transporter related  47.85 
 
 		 367 aa  350  2e-95  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1381  ABC transporter related  50.8 
 
 		 371 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0163  ABC transporter related  50 
 
 		 369 aa  350  3e-95  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0955  ABC transporter related  47.55 
 
 		 365 aa  350  4e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.370442  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2139  ABC transporter related  47.47 
 
 		 384 aa  349  5e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724946  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0365  ABC transporter related protein  48.75 
 
 		 374 aa  349  5e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.343115  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0095  ABC transporter component  51.06 
 
 		 372 aa  349  6e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0263152  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2549  ABC transporter related  50.14 
 
 		 366 aa  349  6e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.071435  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03299  glycerol-3-phosphate transporter subunit  49.86 
 
 		 356 aa  348  7e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.90322  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3961  ABC transporter related  50.41 
 
 		 354 aa  348  7e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.565548  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1803  ABC transporter related  50.54 
 
 		 370 aa  348  7e-95  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000191731  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03252  hypothetical protein  49.86 
 
 		 356 aa  348  7e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3647  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  49.86 
 
 		 356 aa  348  8e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0266  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  49.86 
 
 		 356 aa  348  8e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0202281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1769  ABC transporter related  47.72 
 
 		 366 aa  348  9e-95  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3745  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  49.87 
 
 		 356 aa  348  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.387597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3925  glycerol-3-phosphate transporter ATP-binding subunit  50.4 
 
 		 356 aa  348  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2096  ABC transporter related  49.86 
 
 		 354 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542123 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3932  ABC transporter related  48.8 
 
 		 371 aa  347  1e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.855915 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2404  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  50.14 
 
 		 363 aa  347  1e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3323  ABC transporter related  49.04 
 
 		 354 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.89405  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>