More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0655 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  41.82 
 
 		 928 aa  660    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  41.82 
 
 		 928 aa  660    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  41.44 
 
 		 928 aa  667    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  41.87 
 
 		 891 aa  671    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  41.82 
 
 		 928 aa  660    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1794  DNA polymerase type I  41.18 
 
 		 926 aa  677    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  41.07 
 
 		 930 aa  652    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  41.06 
 
 		 906 aa  641    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  41.99 
 
 		 934 aa  686    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2573  DNA polymerase I  41.7 
 
 		 892 aa  643    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000431166  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  40.47 
 
 		 936 aa  637    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  41.82 
 
 		 928 aa  660    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  42.04 
 
 		 928 aa  663    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.44762 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  41.83 
 
 		 922 aa  658    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0365  DNA polymerase I  40.69 
 
 		 892 aa  660    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  40.52 
 
 		 949 aa  686    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0323  hypothetical protein  40.96 
 
 		 936 aa  684    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.875781 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  40.26 
 
 		 930 aa  676    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  41.42 
 
 		 929 aa  664    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  42.72 
 
 		 896 aa  682    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  42.89 
 
 		 896 aa  685    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0096  DNA-directed DNA polymerase  42.42 
 
 		 933 aa  680    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  0.000000822051 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  41.38 
 
 		 931 aa  659    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0163  DNA polymerase A  40.6 
 
 		 906 aa  636    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4485  DNA polymerase I  41.46 
 
 		 921 aa  659    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00194681  normal  0.0107032 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  38.78 
 
 		 941 aa  637    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  40.95 
 
 		 938 aa  660    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4419  DNA polymerase I  40.49 
 
 		 915 aa  654    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.251272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4214  DNA polymerase I  42.71 
 
 		 939 aa  714    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.305733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  40.02 
 
 		 916 aa  646    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1096  DNA polymerase I  40.62 
 
 		 963 aa  676    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0889452  normal  0.949667 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  41.26 
 
 		 903 aa  652    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  40.69 
 
 		 932 aa  657    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  42.14 
 
 		 928 aa  664    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  43.2 
 
 		 891 aa  714    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4290  DNA polymerase I  41.46 
 
 		 921 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000095151  hitchhiker  0.000000056057 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1645  DNA polymerase A  66.88 
 
 		 945 aa  1289    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3941  DNA polymerase I  41 
 
 		 924 aa  640    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0179  DNA polymerase A  64.83 
 
 		 924 aa  1219    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  41.36 
 
 		 921 aa  659    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  42.37 
 
 		 892 aa  655    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00572  DNA polymerase I  40.83 
 
 		 930 aa  650    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  40.15 
 
 		 939 aa  644    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  40.41 
 
 		 934 aa  657    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  41.88 
 
 		 918 aa  657    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0494  DNA polymerase I  63.7 
 
 		 950 aa  1168    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.958979 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  40.82 
 
 		 905 aa  653    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  41.82 
 
 		 928 aa  660    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  41.93 
 
 		 928 aa  661    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0605  DNA polymerase I  39.71 
 
 		 926 aa  636    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.503998  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  40.69 
 
 		 932 aa  657    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0655  DNA polymerase I  100 
 
 		 944 aa  1935    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0021  DNA polymerase I  40.94 
 
 		 902 aa  649    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  41.86 
 
 		 892 aa  672    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1938  DNA polymerase I  40.92 
 
 		 945 aa  657    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.632824  normal  0.0549057 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  41.01 
 
 		 926 aa  659    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  41.53 
 
 		 929 aa  671    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  41.38 
 
 		 910 aa  652    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1172  DNA polymerase I  43.74 
 
 		 893 aa  680    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3813  DNA polymerase I  40.92 
 
 		 939 aa  645    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.273799  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  40.6 
 
 		 921 aa  650    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  41.23 
 
 		 922 aa  667    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  40.38 
 
 		 928 aa  646    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  41.82 
 
 		 928 aa  660    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1992  DNA polymerase I  40.94 
 
 		 902 aa  649    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2624  DNA polymerase I  39.41 
 
 		 934 aa  643    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.972131  normal  0.775806 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  41.46 
 
 		 935 aa  659    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  41.82 
 
 		 928 aa  660    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4281  DNA polymerase I  42.04 
 
 		 928 aa  663    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.729451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  40.56 
 
 		 903 aa  676    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2421  DNA polymerase I  41.73 
 
 		 904 aa  668    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0819967  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  40.19 
 
 		 928 aa  665    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4388  DNA polymerase I  42.14 
 
 		 928 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00514081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  41.61 
 
 		 946 aa  694    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0712  DNA polymerase I  41.38 
 
 		 939 aa  683    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1092  DNA polymerase I  40.6 
 
 		 932 aa  676    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.416306  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  39.32 
 
 		 951 aa  660    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  41.45 
 
 		 922 aa  659    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  41.23 
 
 		 922 aa  656    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  39.7 
 
 		 912 aa  649    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3943  DNA polymerase I  40.62 
 
 		 918 aa  650    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000101899  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  40.77 
 
 		 930 aa  643    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1283  DNA polymerase I  43.74 
 
 		 893 aa  687    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0060  DNA polymerase I  41.22 
 
 		 945 aa  674    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0959551  hitchhiker  0.000000934143 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  41.64 
 
 		 888 aa  637    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  41.71 
 
 		 928 aa  657    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  41.99 
 
 		 928 aa  661    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0473  DNA polymerase I  66.98 
 
 		 943 aa  1266    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  40.69 
 
 		 932 aa  657    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  40.8 
 
 		 934 aa  637    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001917  DNA polymerase I  41.1 
 
 		 928 aa  657    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000349897  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0540  DNA polymerase I  64.03 
 
 		 936 aa  1185    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.560108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1612  DNA polymerase I  41.96 
 
 		 902 aa  650    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1688  DNA polymerase I  40.45 
 
 		 940 aa  647    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  41.45 
 
 		 922 aa  663    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  42.78 
 
 		 893 aa  684    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0536  DNA polymerase I  66.31 
 
 		 946 aa  1266    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  40.9 
 
 		 892 aa  655    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.335360000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  41.08 
 
 		 908 aa  647    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  41.3 
 
 		 923 aa  663    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>