More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2169 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2169  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
411 aa  807    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00208914  normal  0.0141278 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39360  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.03 
 
 
442 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.718088 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.73 
 
 
441 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3144  sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.09 
 
 
434 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00844398  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.53 
 
 
441 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.53 
 
 
441 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.76 
 
 
441 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2769  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.25 
 
 
441 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.3551  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3011  helix-turn-helix, Fis-type  39.04 
 
 
441 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.845433  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0898  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.51 
 
 
461 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2834  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.51 
 
 
461 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0383  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  33.51 
 
 
461 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.29436  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2947  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  33.51 
 
 
461 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18168  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2896  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.51 
 
 
461 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662381  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2524  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.51 
 
 
461 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0250  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.51 
 
 
461 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1183  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.64 
 
 
479 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.167221  normal  0.634355 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5417  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.29 
 
 
478 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.938631 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1679  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  32.73 
 
 
461 aa  176  9e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5314  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.55 
 
 
502 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.213298  hitchhiker  0.00230622 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1911  two component sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  30 
 
 
446 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2219  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.98 
 
 
462 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3104  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.87 
 
 
448 aa  167  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0960  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.4 
 
 
465 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2172  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.27 
 
 
463 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0964  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.4 
 
 
465 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3738  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31 
 
 
490 aa  166  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.239334  normal  0.543617 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5337  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.32 
 
 
473 aa  166  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5563  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31 
 
 
490 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.79 
 
 
465 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.332951  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1776  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.58 
 
 
456 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4198  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.79 
 
 
465 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2258  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.07 
 
 
493 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196111  decreased coverage  0.00780005 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5813  Fis family sigma54 specific transcriptional regulator  34.58 
 
 
500 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0605  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.79 
 
 
465 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180483  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.79 
 
 
465 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.61 
 
 
496 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.390992  normal  0.167887 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4525  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.61 
 
 
496 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.61 
 
 
478 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00683049  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1645  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31 
 
 
456 aa  161  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4903  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.07 
 
 
493 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.601565  hitchhiker  0.00038265 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0850  two component Fis family transcriptional regulator  34.41 
 
 
462 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1017  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.75 
 
 
482 aa  160  5e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1122  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.6 
 
 
457 aa  160  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0567  sigma-54 interacting regulatory protein  30.44 
 
 
445 aa  159  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.27911  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1619  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.56 
 
 
456 aa  159  9e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1186  putative sigma-54 interacting transcription regulator protein  33.07 
 
 
458 aa  159  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.32993 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1030  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 
457 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255246  normal  0.215891 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004436  transcriptional regulator VpsR  28.71 
 
 
444 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0197  two component Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 
449 aa  158  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.756512 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2963  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.98 
 
 
522 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0352623  normal  0.718149 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0783  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.06 
 
 
495 aa  158  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.301138  normal  0.0118042 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1021  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.42 
 
 
464 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100583  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0424  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  29.23 
 
 
451 aa  156  6e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0197322 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0732  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.04 
 
 
455 aa  155  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1599  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.72 
 
 
457 aa  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0196  sigma-54 dependent transcriptional regulator  30.56 
 
 
444 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0400471  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1533  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.65 
 
 
449 aa  153  4e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104993  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5342  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.43 
 
 
454 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0787  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.66 
 
 
464 aa  153  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0509974 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.91 
 
 
454 aa  152  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1809  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.03 
 
 
463 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2671  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.22 
 
 
449 aa  151  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1152  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.13 
 
 
488 aa  151  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0888361  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2498  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.14 
 
 
445 aa  150  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  30.29 
 
 
445 aa  150  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2438  helix-turn-helix, Fis-type  31.75 
 
 
451 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.213238  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.27 
 
 
467 aa  150  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4106  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.68 
 
 
463 aa  150  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257345  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3777  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.71 
 
 
473 aa  150  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0128705 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.68 
 
 
463 aa  150  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0660545  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.22 
 
 
463 aa  149  6e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2955  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.43 
 
 
464 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.483673  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.95 
 
 
463 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4157  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.95 
 
 
463 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4209  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.95 
 
 
463 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604018  normal  0.226619 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00961  hypothetical protein  27.53 
 
 
444 aa  149  9e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  28.76 
 
 
464 aa  149  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1904  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.55 
 
 
456 aa  149  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.865916 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.19 
 
 
454 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  31.8 
 
 
606 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2505  sigma-54 dependent transcriptional regulator  30.2 
 
 
462 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.988486  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0037  sigma-54 dependent transcriptional regulator  30.2 
 
 
462 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0812  sigma-54 dependent transcriptional regulator  30.2 
 
 
462 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2951  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  30.37 
 
 
486 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21551  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2202  sigma-54 dependent transcriptional regulator  30.2 
 
 
443 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0673896  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.69 
 
 
457 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.483899 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2883  sigma-54 dependent transcriptional regulator  30.2 
 
 
462 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71369  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0527  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.97 
 
 
454 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4396  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.77 
 
 
463 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0978866  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1915  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  32.68 
 
 
467 aa  147  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0712701  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0650  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.2 
 
 
462 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614366  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2841  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.37 
 
 
486 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0636  sigma-54 dependent transcriptional regulator  30.2 
 
 
462 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0604  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.27 
 
 
459 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109606  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2349  response regulator receiver protein  32.08 
 
 
453 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  30.45 
 
 
462 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1675  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  30.63 
 
 
629 aa  147  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0245  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  30.63 
 
 
607 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1807  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.88 
 
 
454 aa  147  5e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>