More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2133 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  78.87 
 
 		 296 aa  471  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  78.52 
 
 		 284 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  78.17 
 
 		 284 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  75.27 
 
 		 283 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  75.27 
 
 		 283 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  75.27 
 
 		 283 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  74.2 
 
 		 283 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  75.62 
 
 		 296 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  76.68 
 
 		 284 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 321 aa  235  6e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 322 aa  232  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  43.97 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 316 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 322 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 317 aa  211  7e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  46.59 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 319 aa  208  9e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  41.45 
 
 		 332 aa  206  5e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 279 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 291 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 291 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 284 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 291 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 291 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 291 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 291 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 291 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 290 aa  199  5e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 296 aa  198  9e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 293 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 283 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 294 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 294 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 285 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 285 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  40.86 
 
 		 289 aa  187  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 284 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 283 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 299 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 312 aa  180  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 299 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 		 283 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 285 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 282 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 283 aa  177  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 282 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  41.6 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  41.6 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 283 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 283 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 281 aa  176  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 282 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 282 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.37 
 
 		 312 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.37 
 
 		 312 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.37 
 
 		 312 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  35 
 
 		 282 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 283 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.37 
 
 		 312 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  37.99 
 
 		 316 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.01 
 
 		 312 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 323 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 287 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  37.41 
 
 		 287 aa  169  6e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>