143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1430 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  100 
 
 
493 aa  1025    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  53.28 
 
 
496 aa  542  1e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  50.83 
 
 
493 aa  484  1e-135  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.73 
 
 
490 aa  467  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  48.65 
 
 
486 aa  463  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  48.45 
 
 
486 aa  461  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  48.45 
 
 
490 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.54 
 
 
455 aa  297  3e-79  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  35.83 
 
 
468 aa  265  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  34.76 
 
 
464 aa  265  2e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.54 
 
 
466 aa  261  2e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  32.98 
 
 
462 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  30.83 
 
 
453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.88 
 
 
469 aa  251  3e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  34.37 
 
 
468 aa  248  1e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  35.37 
 
 
446 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.48 
 
 
450 aa  243  5e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  33.13 
 
 
843 aa  243  7e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.33 
 
 
448 aa  239  8e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.26 
 
 
476 aa  238  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  33.4 
 
 
487 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.13 
 
 
447 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.36 
 
 
451 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.18 
 
 
473 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  32.7 
 
 
459 aa  233  6e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  33.69 
 
 
461 aa  232  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.63 
 
 
456 aa  232  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.67 
 
 
467 aa  231  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  32.28 
 
 
495 aa  229  9e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.33 
 
 
452 aa  227  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  32.84 
 
 
467 aa  227  4e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.75 
 
 
462 aa  226  6e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  33.4 
 
 
506 aa  224  2e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.2 
 
 
467 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.87 
 
 
467 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.12 
 
 
449 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.07 
 
 
465 aa  213  9e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.43 
 
 
494 aa  206  1e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  30.32 
 
 
477 aa  194  3e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  30.32 
 
 
477 aa  194  3e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  30.26 
 
 
511 aa  193  5e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  25.89 
 
 
495 aa  89.7  1e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.14 
 
 
484 aa  65.5  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.15 
 
 
479 aa  64.7  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.96 
 
 
481 aa  64.3  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.51 
 
 
469 aa  60.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28 
 
 
486 aa  60.8  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.63 
 
 
483 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.35 
 
 
476 aa  58.2  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  24.72 
 
 
476 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.21 
 
 
475 aa  57.4  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.7 
 
 
476 aa  57  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  23.39 
 
 
497 aa  57  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.37 
 
 
476 aa  56.6  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  25.62 
 
 
476 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.37 
 
 
477 aa  56.2  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.95 
 
 
487 aa  56.6  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.95 
 
 
487 aa  56.6  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.95 
 
 
487 aa  56.6  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  30 
 
 
492 aa  56.2  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.11 
 
 
476 aa  55.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.11 
 
 
476 aa  55.5  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.11 
 
 
469 aa  55.5  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.11 
 
 
476 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.21 
 
 
486 aa  54.7  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  28.87 
 
 
474 aa  54.7  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.57 
 
 
469 aa  53.5  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.25 
 
 
451 aa  52.8  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.95 
 
 
468 aa  53.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.26 
 
 
452 aa  52.8  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.84 
 
 
476 aa  53.1  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.56 
 
 
481 aa  52.4  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.94 
 
 
475 aa  52.4  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.27 
 
 
477 aa  52.4  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  29.05 
 
 
469 aa  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.22 
 
 
519 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.22 
 
 
519 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.08 
 
 
471 aa  51.2  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.39 
 
 
454 aa  50.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.14 
 
 
505 aa  50.4  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.06 
 
 
477 aa  50.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.74 
 
 
487 aa  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.65 
 
 
471 aa  49.7  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.98 
 
 
475 aa  50.1  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.18 
 
 
497 aa  50.1  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.78 
 
 
486 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.29 
 
 
456 aa  49.3  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.33 
 
 
501 aa  49.7  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1386  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.58 
 
 
435 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0285292 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.75 
 
 
468 aa  49.3  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.66 
 
 
487 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.35 
 
 
477 aa  48.9  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.74 
 
 
493 aa  49.3  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.23 
 
 
511 aa  48.9  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.78 
 
 
497 aa  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.78 
 
 
486 aa  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.78 
 
 
486 aa  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.09 
 
 
519 aa  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.78 
 
 
486 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.78 
 
 
534 aa  48.1  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>