49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0914 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0914  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 106 aa  214  4e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0680459  hitchhiker  0.00000175026 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1997  helix-turn-helix domain protein  96 
 
 		 107 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285438  hitchhiker  0.000964376 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  85 
 
 		 104 aa  177  4.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  34.29 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3121  helix-turn-helix domain protein  38.83 
 
 		 105 aa  70.1  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3951  helix-turn-helix domain protein  36.19 
 
 		 113 aa  66.2  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211982 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2266  helix-turn-helix domain protein  36 
 
 		 109 aa  58.5  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0639842 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0620  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.855265  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 		 124 aa  52.8  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1142  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 141 aa  51.2  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.343255  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  46.48 
 
 		 85 aa  51.2  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0670  transcriptional regulator  31.94 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000580347  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  29.79 
 
 		 256 aa  47.8  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  31.25 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0218  Cro/CI family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 158 aa  46.2  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.631577  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 234 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1141  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 74 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.519816  normal  0.304239 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 137 aa  45.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  31.96 
 
 		 205 aa  45.1  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  30.88 
 
 		 240 aa  44.7  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 219 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  29.27 
 
 		 322 aa  44.3  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  37.8 
 
 		 233 aa  44.3  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 219 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 219 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 252 aa  43.9  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 222 aa  43.5  0.0009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  26.25 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 201 aa  43.5  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 113 aa  42.7  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  37.1 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  27.66 
 
 		 255 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 222 aa  41.6  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 215 aa  41.6  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 96 aa  41.2  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  27.85 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 186 aa  41.6  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  27.85 
 
 		 135 aa  41.6  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 135 aa  41.2  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  27.85 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 255 aa  41.2  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 300 aa  41.2  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  31.71 
 
 		 215 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  35.44 
 
 		 489 aa  40.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  26.58 
 
 		 135 aa  40  0.01  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>