More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1754 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1754  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  671    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1853  LysR family transcriptional regulator  77.49 
 
 		 312 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0383468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3859  LysR family transcriptional regulator  77.49 
 
 		 312 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1464  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 325 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1429  LysR family transcriptional regulator  75.88 
 
 		 312 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  69.06 
 
 		 311 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  67.97 
 
 		 310 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4436  LysR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 305 aa  347  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1510  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 312 aa  332  5e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451093  normal  0.28121 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  54.58 
 
 		 308 aa  330  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  53.09 
 
 		 307 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.44 
 
 		 307 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  53.11 
 
 		 309 aa  314  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2930  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 309 aa  311  1e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 308 aa  298  7e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  47.88 
 
 		 307 aa  295  8e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 294 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 294 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 296 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.31 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 298 aa  176  7e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 318 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  39.59 
 
 		 309 aa  169  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 335 aa  168  9e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 328 aa  168  9e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 314 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 295 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 297 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 299 aa  165  9e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1328  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 323 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 297 aa  162  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2527  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4487  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 308 aa  160  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  31.56 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  158  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 307 aa  158  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 330 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 301 aa  155  7e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 296 aa  155  7e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5810  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 351 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 351 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>