More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5045 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5045  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  100 
 
 
394 aa  785    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3174  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  50.39 
 
 
399 aa  344  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.898854  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4248  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.92 
 
 
397 aa  303  5.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0525858  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3045  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  45.43 
 
 
374 aa  271  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6402  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.04 
 
 
402 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3912  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  43.8 
 
 
401 aa  266  5e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7084  dehydrogenase  42.6 
 
 
392 aa  262  8.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.175296  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1384  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  43.19 
 
 
411 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  40 
 
 
394 aa  260  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3845  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  40.31 
 
 
397 aa  259  7e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1708  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.86 
 
 
395 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  0.602463 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1075  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  38.52 
 
 
399 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6162  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  42.27 
 
 
357 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.427854 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  36.22 
 
 
381 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1661  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.97 
 
 
415 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.448458  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2622  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.58 
 
 
398 aa  250  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.737171  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5798  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  41.49 
 
 
415 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.100702 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5156  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.67 
 
 
415 aa  247  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309178  normal  0.804479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0789  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.74 
 
 
431 aa  247  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.02 
 
 
378 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4469  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  40.62 
 
 
395 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0508385 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.57 
 
 
380 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1682  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.7 
 
 
403 aa  241  1e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000210752  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1831  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.02 
 
 
390 aa  241  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0453167  normal  0.549116 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03020  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  36.6 
 
 
409 aa  240  2.9999999999999997e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.3 
 
 
380 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  39.74 
 
 
383 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  39.74 
 
 
383 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1403  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  41.03 
 
 
368 aa  239  5.999999999999999e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00336342 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  37.63 
 
 
381 aa  239  9e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  37.63 
 
 
381 aa  239  9e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4230  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.62 
 
 
389 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3410  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.56 
 
 
435 aa  238  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.194367  hitchhiker  0.0000661899 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5475  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.28 
 
 
396 aa  237  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0908  L-lactate dehydrogenase  37.87 
 
 
380 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.96 
 
 
379 aa  236  7e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2398  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.06 
 
 
359 aa  235  9e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.940863  normal  0.750352 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1654  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.95 
 
 
402 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4852  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.1 
 
 
440 aa  234  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00125514  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.79 
 
 
379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.49 
 
 
379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.56 
 
 
381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4638  L-lactate dehydrogenase  41.01 
 
 
384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.76191  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0762  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  38.95 
 
 
400 aa  233  4.0000000000000004e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.109477  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  37.33 
 
 
386 aa  233  5e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0668  (S)-mandelate dehydrogenase  41.97 
 
 
391 aa  233  5e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3293  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.53 
 
 
403 aa  232  8.000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0836045  hitchhiker  0.00293755 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0404  L-lactate dehydrogenase  38.12 
 
 
392 aa  232  9e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3141  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.08 
 
 
410 aa  231  1e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.4786 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1889  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.7 
 
 
402 aa  230  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0450886 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1696  L-lactate dehydrogenase  37.3 
 
 
381 aa  230  4e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0334813 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2506  L-lactate dehydrogenase  37.3 
 
 
381 aa  230  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2409  L-lactate dehydrogenase  37.3 
 
 
381 aa  230  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  36.6 
 
 
396 aa  229  6e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  36.6 
 
 
396 aa  229  6e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.6 
 
 
396 aa  229  6e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1020  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  42.59 
 
 
372 aa  229  6e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.168014  normal  0.586617 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  36.6 
 
 
396 aa  229  6e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2407  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  39.04 
 
 
406 aa  229  6e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.463668  normal  0.0231198 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  36.6 
 
 
396 aa  229  6e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  36.6 
 
 
396 aa  229  6e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  36.6 
 
 
396 aa  229  6e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  36.6 
 
 
396 aa  229  6e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1384  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.4 
 
 
411 aa  229  7e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0607996  normal  0.027185 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.73 
 
 
379 aa  229  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.57 
 
 
386 aa  229  8e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  38.3 
 
 
386 aa  229  9e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3343  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.99 
 
 
417 aa  228  1e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.326898  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6258  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.74 
 
 
390 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12000  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  36.88 
 
 
418 aa  228  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  36.53 
 
 
396 aa  227  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5297  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.21 
 
 
422 aa  228  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2117  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.5 
 
 
381 aa  227  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.13 
 
 
379 aa  227  3e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  36.43 
 
 
386 aa  227  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0717  FMN-dependent family dehydrogenase  39.07 
 
 
447 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0604  putative L(+)-mandelate dehydrogenase  39.07 
 
 
441 aa  227  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2112  FMN-dependent family dehydrogenase  39.07 
 
 
447 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2199  FMN-dependent family dehydrogenase  39.07 
 
 
441 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.258331  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1565  FMN-dependent family dehydrogenase  39.07 
 
 
407 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2038  FMN-dependent family dehydrogenase  39.07 
 
 
441 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3929  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.07 
 
 
388 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0176319  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4877  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  40.42 
 
 
379 aa  226  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.414226 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0219  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.19 
 
 
387 aa  225  8e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3911  L-lactate dehydrogenase  36.8 
 
 
396 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5491  L-lactate dehydrogenase  37.33 
 
 
381 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.316989  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0228  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  38.72 
 
 
439 aa  225  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4080  L-lactate dehydrogenase  36.8 
 
 
396 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63090  L-lactate dehydrogenase  37.6 
 
 
381 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0242094  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4018  L-lactate dehydrogenase  36.8 
 
 
396 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  36.81 
 
 
358 aa  224  2e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3895  L-lactate dehydrogenase  36.8 
 
 
396 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.479872 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0813  FMN-dependent family dehydrogenase  38.56 
 
 
407 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.407969  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.48 
 
 
406 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3973  L-lactate dehydrogenase  36.8 
 
 
396 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.749794 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1041  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  37.92 
 
 
458 aa  224  2e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.11 
 
 
397 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1430  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  38.6 
 
 
366 aa  223  3e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3346  L-lactate dehydrogenase  36 
 
 
379 aa  222  7e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  36.53 
 
 
379 aa  222  7e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>