65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2456 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2456  hypothetical protein  100 
 
 		 801 aa  1485    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3134  hypothetical protein  51.29 
 
 		 802 aa  571  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.372474  normal  0.128985 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3490  hypothetical protein  51.56 
 
 		 802 aa  555  1e-156  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.630311  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  24.8 
 
 		 1171 aa  110  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  25.31 
 
 		 1102 aa  108  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  24.96 
 
 		 1176 aa  106  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  22.24 
 
 		 1182 aa  98.6  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  27.26 
 
 		 1176 aa  95.9  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  24.54 
 
 		 1199 aa  95.1  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  27.23 
 
 		 1205 aa  90.1  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  26.43 
 
 		 1173 aa  87.8  8e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  25.96 
 
 		 1173 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  23.93 
 
 		 1211 aa  85.9  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  25.6 
 
 		 1220 aa  82.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  24.53 
 
 		 1289 aa  82.8  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  24.88 
 
 		 1289 aa  81.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  21.35 
 
 		 1172 aa  78.6  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  23.84 
 
 		 1209 aa  78.6  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  24.38 
 
 		 1289 aa  77.8  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  24.38 
 
 		 1289 aa  77.4  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  23.87 
 
 		 1218 aa  73.6  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  23.62 
 
 		 1268 aa  72.4  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  21.02 
 
 		 1181 aa  70.5  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  27.73 
 
 		 1208 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  23.84 
 
 		 1369 aa  67.4  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  23.53 
 
 		 1365 aa  65.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  21.57 
 
 		 1212 aa  64.3  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  34.32 
 
 		 1204 aa  63.9  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  21.6 
 
 		 1207 aa  62.4  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  23.79 
 
 		 1164 aa  61.6  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  27.38 
 
 		 1209 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  27.38 
 
 		 1209 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  27.38 
 
 		 1209 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  27.38 
 
 		 1209 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  27.95 
 
 		 1209 aa  61.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  27.95 
 
 		 1209 aa  60.8  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  27.95 
 
 		 1209 aa  60.8  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  25.78 
 
 		 1209 aa  58.2  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  25.97 
 
 		 1302 aa  57  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  26.3 
 
 		 1348 aa  56.2  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  27.35 
 
 		 1302 aa  55.8  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  28.11 
 
 		 1175 aa  54.7  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  20.72 
 
 		 1275 aa  55.1  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  20.72 
 
 		 1275 aa  55.1  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  26.91 
 
 		 1302 aa  54.3  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  23.64 
 
 		 1164 aa  53.9  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  23.64 
 
 		 1164 aa  53.9  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  26.48 
 
 		 1302 aa  53.9  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  25.44 
 
 		 1302 aa  52.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  25.44 
 
 		 1302 aa  53.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  26.89 
 
 		 1358 aa  52.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1216  hypothetical protein  26.86 
 
 		 431 aa  52  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  26.89 
 
 		 1358 aa  52.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0929  SciS protein  26.86 
 
 		 431 aa  52  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  26.89 
 
 		 1358 aa  52.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  21.65 
 
 		 1150 aa  49.3  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  22.98 
 
 		 1181 aa  49.3  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  27.95 
 
 		 1329 aa  48.9  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2911  ImcF domain-containing protein  26.32 
 
 		 1094 aa  48.5  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.951042  normal  0.253398 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  24.33 
 
 		 1365 aa  47.8  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  23.26 
 
 		 1317 aa  47  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  26.09 
 
 		 1148 aa  47.4  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  20.5 
 
 		 1008 aa  45.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0928  SciS protein  25.93 
 
 		 890 aa  43.9  0.01  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1215  ImcF-like family protein  25.93 
 
 		 890 aa  43.9  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>