57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1482 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  100 
 
 		 97 aa  188  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  96.67 
 
 		 93 aa  169  9e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  90.11 
 
 		 93 aa  161  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  86.67 
 
 		 93 aa  155  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  86.67 
 
 		 93 aa  155  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  86.52 
 
 		 93 aa  155  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  87.06 
 
 		 93 aa  147  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  82.02 
 
 		 93 aa  145  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  78.41 
 
 		 90 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  82.02 
 
 		 93 aa  145  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  78.82 
 
 		 90 aa  141  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  80.46 
 
 		 90 aa  140  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  80.9 
 
 		 166 aa  139  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  77.01 
 
 		 93 aa  136  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  75 
 
 		 93 aa  135  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  78.31 
 
 		 90 aa  135  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  79.52 
 
 		 93 aa  134  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  77.11 
 
 		 93 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  71.76 
 
 		 93 aa  128  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  73.49 
 
 		 88 aa  127  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  70.73 
 
 		 87 aa  127  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  74.7 
 
 		 91 aa  126  9.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  72.41 
 
 		 89 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  67.86 
 
 		 89 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  69.88 
 
 		 93 aa  122  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  71.08 
 
 		 91 aa  120  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  69.14 
 
 		 91 aa  117  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  67.9 
 
 		 93 aa  117  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  64.63 
 
 		 89 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.38 
 
 		 90 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.86 
 
 		 87 aa  108  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  68 
 
 		 94 aa  108  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  67.11 
 
 		 89 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.67 
 
 		 94 aa  107  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  61.18 
 
 		 88 aa  107  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  67.57 
 
 		 90 aa  106  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  68.92 
 
 		 90 aa  106  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  67.57 
 
 		 94 aa  106  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  68 
 
 		 94 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  65 
 
 		 88 aa  106  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  67.57 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  67.57 
 
 		 94 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  68.92 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  68.92 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  68.92 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  67.57 
 
 		 94 aa  104  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  67.57 
 
 		 90 aa  103  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  75.29 
 
 		 87 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.22 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.22 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  67.47 
 
 		 89 aa  89  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  47.3 
 
 		 84 aa  74.3  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  44.74 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  50.6 
 
 		 83 aa  71.6  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  50 
 
 		 83 aa  68.2  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  41.25 
 
 		 87 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  35.71 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>