223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1930 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1930  RNA-binding region RNP-1  100 
 
 
89 aa  184  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3413  hypothetical protein  65.06 
 
 
83 aa  115  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.212369  normal  0.0411196 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1536  RNP-1 like RNA-binding protein  58.43 
 
 
104 aa  105  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217942 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0802  RNP-1 like RNA-binding protein  58.43 
 
 
89 aa  105  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209156 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3920  RNA-binding protein  53.85 
 
 
78 aa  91.3  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.256339  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001021  RNA-binding protein  53.16 
 
 
79 aa  77  0.00000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0571  putative RNA binding protein  51.28 
 
 
78 aa  75.5  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07101  hypothetical protein  50.63 
 
 
88 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  43.75 
 
 
143 aa  65.5  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2194  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
101 aa  65.5  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  38.55 
 
 
88 aa  64.7  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  41.98 
 
 
90 aa  64.3  0.0000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
102 aa  63.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  38.1 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
114 aa  63.2  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  41.56 
 
 
114 aa  63.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
90 aa  62.8  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  40.51 
 
 
107 aa  62.8  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  37.08 
 
 
101 aa  62.8  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  42.31 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
89 aa  61.6  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
95 aa  61.6  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
90 aa  61.6  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  40.54 
 
 
90 aa  61.6  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  40.51 
 
 
89 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04330  ribosome biogenesis (Nop4), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06250)  40.79 
 
 
724 aa  60.5  0.000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.383665  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06676  transformer-SR ribonucleoprotein, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05260)  36.14 
 
 
307 aa  59.7  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.151913 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
122 aa  60.1  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  39.29 
 
 
157 aa  59.3  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  38.75 
 
 
241 aa  59.3  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  36.25 
 
 
90 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  40.26 
 
 
82 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  39.19 
 
 
90 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  34.94 
 
 
104 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  39.47 
 
 
95 aa  57.8  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  37.97 
 
 
162 aa  57.4  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  40.51 
 
 
116 aa  57.8  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
90 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  35.71 
 
 
132 aa  57  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  35.06 
 
 
119 aa  57  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6779  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
207 aa  57  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.882388 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  34.12 
 
 
92 aa  56.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  34.52 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  36.59 
 
 
85 aa  56.6  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  36.36 
 
 
90 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  34.09 
 
 
97 aa  55.8  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  34.94 
 
 
105 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  36.47 
 
 
103 aa  56.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  38.46 
 
 
88 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15501  RNA-binding protein RbpD  36.25 
 
 
96 aa  55.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  35 
 
 
125 aa  55.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  36.14 
 
 
90 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  35.71 
 
 
176 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  34.52 
 
 
152 aa  55.5  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  38.2 
 
 
156 aa  55.1  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  34.52 
 
 
176 aa  55.5  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  38.46 
 
 
88 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  39.76 
 
 
88 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  34.94 
 
 
88 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  37.35 
 
 
147 aa  55.1  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  35.71 
 
 
150 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  35.9 
 
 
86 aa  54.7  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  32.94 
 
 
90 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  34.52 
 
 
151 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  38.75 
 
 
87 aa  54.7  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  35.71 
 
 
148 aa  55.1  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  35.71 
 
 
175 aa  54.7  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  34.52 
 
 
155 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  34.52 
 
 
181 aa  54.3  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  37.93 
 
 
155 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  34.52 
 
 
149 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  39.24 
 
 
128 aa  54.3  0.0000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND01910  conserved hypothetical protein  38.67 
 
 
253 aa  54.3  0.0000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  34.18 
 
 
182 aa  53.9  0.0000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  34.83 
 
 
151 aa  53.9  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8270  predicted protein  38.75 
 
 
84 aa  53.5  0.0000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  35.63 
 
 
151 aa  53.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  34.52 
 
 
123 aa  53.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20740  predicted protein  42.86 
 
 
837 aa  52.4  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.478562  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  35.96 
 
 
152 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  34.09 
 
 
153 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  36.36 
 
 
104 aa  52.4  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  32.95 
 
 
154 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  32.95 
 
 
154 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  32.95 
 
 
154 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  33.33 
 
 
140 aa  52  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  32.95 
 
 
154 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  33.77 
 
 
90 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8269  predicted protein  37.18 
 
 
77 aa  51.6  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  36.71 
 
 
115 aa  51.2  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_37626  nuclear localization sequence binding protein  38.89 
 
 
245 aa  51.6  0.000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03870  transformer-2-beta isoform 3, putative  38.16 
 
 
277 aa  51.2  0.000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86797  predicted protein  34.18 
 
 
838 aa  51.6  0.000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.128443 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34381  predicted protein  36 
 
 
319 aa  51.2  0.000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.693095  normal  0.168449 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  35.14 
 
 
99 aa  51.6  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  30.59 
 
 
95 aa  51.6  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  36.05 
 
 
149 aa  51.6  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  33.75 
 
 
108 aa  51.2  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 
122 aa  51.6  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>