More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5189 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5189  D-methionine ABC transporter, permease protein  100 
 
 
214 aa  420  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0349  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  98.6 
 
 
214 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0321773  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  89.72 
 
 
214 aa  360  9e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15851  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.85 
 
 
217 aa  340  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0812331  hitchhiker  0.00268015 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.45 
 
 
214 aa  338  5e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.113433  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.51 
 
 
214 aa  334  7e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00606752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.51 
 
 
214 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.577588 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4993  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.58 
 
 
214 aa  332  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.571534  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2911  ABC transporter permease  80.19 
 
 
217 aa  316  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.144856  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34260  putative permease of ABC transporter  80.19 
 
 
217 aa  316  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0163975 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31530  transmembrane ABC transporter protein  78.77 
 
 
216 aa  295  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.668034  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2680  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.58 
 
 
218 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.76 
 
 
218 aa  272  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.141892  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0854  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  66.82 
 
 
218 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0225125  hitchhiker  0.00619599 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7235  ABC transporter membrane spanning protein  69.38 
 
 
217 aa  267  7e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.16 
 
 
218 aa  260  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.393989  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.92 
 
 
217 aa  258  3e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0441885 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0449  methionine ABC transporter permease  64.95 
 
 
218 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.800882  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1438  ABC transporter, permease protein  64.95 
 
 
218 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.455899  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0859  methionine ABC transporter permease  64.95 
 
 
218 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1868  ABC transporter, permease protein  64.95 
 
 
218 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326462  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0547  methionine ABC transporter permease  64.95 
 
 
218 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.460496  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2175  methionine ABC transporter permease  64.95 
 
 
218 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.22 
 
 
218 aa  256  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.206806 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.22 
 
 
218 aa  256  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116542  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.57 
 
 
220 aa  252  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0312  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  69.27 
 
 
218 aa  249  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555716  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.78 
 
 
218 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0782482  normal  0.823992 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.78 
 
 
218 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.233066  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.78 
 
 
218 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.808195  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.87 
 
 
215 aa  244  9e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.771315  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7231  ABC transporter membrane spanning protein  63.68 
 
 
213 aa  232  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.238623  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0962  ABC transporter, permease protein  58.02 
 
 
221 aa  230  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.496997  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0903  ABC transporter, permease protein  58.02 
 
 
221 aa  230  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.08 
 
 
221 aa  228  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3857  DL-methionine transporter subunit  54.98 
 
 
217 aa  223  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.955348 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.96 
 
 
223 aa  221  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.250327  normal  0.570083 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08270  ABC-type metal ion transport system, permease component  55.98 
 
 
225 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154439  normal  0.55012 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.38 
 
 
217 aa  211  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.676084 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.59 
 
 
230 aa  211  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481635  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2653  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.81 
 
 
224 aa  211  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0890  ABC transporter, permease protein  50.24 
 
 
226 aa  207  1e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.38 
 
 
217 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.60731  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0130  ABC D-methionine uptake transporter, inner membrane subunit  53.92 
 
 
224 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.92 
 
 
224 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0577553  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4332  hypothetical protein  53.46 
 
 
224 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.362545  normal  0.101939 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 
217 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626863  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.72 
 
 
225 aa  202  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000286975  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.85 
 
 
221 aa  201  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.02 
 
 
224 aa  200  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.53 
 
 
217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000122974  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2418  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.07 
 
 
223 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1611  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.62 
 
 
222 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0789  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.81 
 
 
225 aa  199  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0887  D-methionine transport system permease protein MetI  51.15 
 
 
225 aa  198  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.5 
 
 
217 aa  198  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01201  hypothetical protein  52.91 
 
 
225 aa  198  6e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.67 
 
 
224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000432369 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.91 
 
 
221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2537  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.65 
 
 
221 aa  194  6e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567563  normal  0.226034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.17 
 
 
221 aa  194  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3537  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  54.95 
 
 
228 aa  194  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0228117 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.17 
 
 
221 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.251109  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0428  ABC transporter, permease protein  52.13 
 
 
225 aa  193  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.67 
 
 
221 aa  193  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0543007  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.87 
 
 
221 aa  192  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.571471  hitchhiker  0.00153184 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004239  methionine ABC transporter permease protein  52.15 
 
 
225 aa  192  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.11 
 
 
221 aa  190  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167219  normal  0.0252468 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
217 aa  190  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.302745  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
217 aa  190  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0565276  normal  0.49182 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.42 
 
 
228 aa  189  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0996  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  55.45 
 
 
217 aa  189  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
222 aa  189  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0921  transmembrane ABC transporter protein  51.36 
 
 
217 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.773713  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2000  methionine transport system permease protein  53.09 
 
 
218 aa  189  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445077  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.05 
 
 
213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114041  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0196  D-methionine ABC transporter, permease protein  53.09 
 
 
218 aa  189  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
225 aa  187  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.302856  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.95 
 
 
246 aa  186  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.62 
 
 
221 aa  186  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.68 
 
 
221 aa  186  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
222 aa  185  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.918282  hitchhiker  0.000827956 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.87 
 
 
222 aa  185  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1343  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.32 
 
 
223 aa  184  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0459046  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.11 
 
 
221 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1975  ABC transporter permease protein  48.83 
 
 
235 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00271099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0933  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.5 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.76 
 
 
223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0413  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.5 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0216  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.5 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1651  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.5 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2869  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.5 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.28 
 
 
235 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0083693  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2930  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.5 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2557  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.5 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16990  ABC-type metal ion transport system, permease component  54.67 
 
 
217 aa  182  3e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.126358  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4173  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  52.61 
 
 
217 aa  182  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.325664  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.63 
 
 
221 aa  181  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250977  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.15 
 
 
223 aa  181  7e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2979  ABC transporter, membrane permease  54.03 
 
 
217 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>