More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2680 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2680  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
218 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.77 
 
 
217 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0812331  hitchhiker  0.00268015 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  75.83 
 
 
214 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15851  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2911  ABC transporter permease  74.65 
 
 
217 aa  292  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.144856  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34260  putative permease of ABC transporter  74.65 
 
 
217 aa  292  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0163975 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.41 
 
 
214 aa  281  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.113433  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5189  D-methionine ABC transporter, permease protein  73.58 
 
 
214 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4993  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.46 
 
 
214 aa  279  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.571534  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.58 
 
 
214 aa  279  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00606752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.46 
 
 
214 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.577588 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31530  transmembrane ABC transporter protein  72.81 
 
 
216 aa  276  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.668034  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0349  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  72.64 
 
 
214 aa  275  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0321773  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0854  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  63.13 
 
 
218 aa  258  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0225125  hitchhiker  0.00619599 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.67 
 
 
218 aa  255  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.141892  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1438  ABC transporter, permease protein  61.29 
 
 
218 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.455899  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1868  ABC transporter, permease protein  61.29 
 
 
218 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326462  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0449  methionine ABC transporter permease  61.29 
 
 
218 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.800882  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0859  methionine ABC transporter permease  61.29 
 
 
218 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2175  methionine ABC transporter permease  61.29 
 
 
218 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0547  methionine ABC transporter permease  61.29 
 
 
218 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.460496  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.59 
 
 
217 aa  240  9e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0441885 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.75 
 
 
218 aa  236  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.393989  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
215 aa  233  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.771315  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7235  ABC transporter membrane spanning protein  59.62 
 
 
217 aa  233  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0962  ABC transporter, permease protein  58.72 
 
 
221 aa  232  3e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.496997  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0903  ABC transporter, permease protein  58.72 
 
 
221 aa  232  3e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.840539  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.29 
 
 
218 aa  231  5e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.206806 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.8 
 
 
221 aa  231  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.29 
 
 
218 aa  231  5e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116542  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.91 
 
 
220 aa  229  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7231  ABC transporter membrane spanning protein  61.5 
 
 
213 aa  227  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.238623  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0312  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  64.18 
 
 
218 aa  226  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555716  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.68 
 
 
218 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.233066  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.68 
 
 
218 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.808195  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.68 
 
 
218 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0782482  normal  0.823992 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.29 
 
 
217 aa  218  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.676084 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.92 
 
 
230 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481635  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0789  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.99 
 
 
225 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0890  ABC transporter, permease protein  50 
 
 
226 aa  206  2e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.99 
 
 
217 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.60731  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3857  DL-methionine transporter subunit  51.42 
 
 
217 aa  202  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.955348 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.92 
 
 
217 aa  201  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
223 aa  199  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.250327  normal  0.570083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.03 
 
 
217 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0565276  normal  0.49182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.03 
 
 
217 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.302745  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.03 
 
 
217 aa  198  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626863  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.72 
 
 
225 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.302856  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08270  ABC-type metal ion transport system, permease component  50 
 
 
225 aa  195  4.0000000000000005e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154439  normal  0.55012 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0921  transmembrane ABC transporter protein  53.08 
 
 
217 aa  193  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.773713  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.45 
 
 
217 aa  193  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.291848  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2537  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.46 
 
 
221 aa  193  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567563  normal  0.226034 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2653  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.95 
 
 
224 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0130  ABC D-methionine uptake transporter, inner membrane subunit  51.2 
 
 
224 aa  191  5e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.2 
 
 
224 aa  191  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0577553  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2552  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.92 
 
 
217 aa  191  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.72 
 
 
224 aa  191  7e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000432369 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4332  hypothetical protein  50.7 
 
 
224 aa  191  9e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.362545  normal  0.101939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.61 
 
 
221 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.36 
 
 
217 aa  188  4e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000122974  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.61 
 
 
221 aa  189  4e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.251109  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.23 
 
 
224 aa  188  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.15 
 
 
221 aa  186  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.571471  hitchhiker  0.00153184 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1611  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.54 
 
 
222 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2418  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.4 
 
 
223 aa  185  4e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0996  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  54.72 
 
 
217 aa  184  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.76 
 
 
222 aa  184  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.7 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000286975  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.08 
 
 
221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.37 
 
 
221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0543007  normal  0.691436 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.77 
 
 
221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.53 
 
 
221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.69 
 
 
221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167219  normal  0.0252468 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0887  D-methionine transport system permease protein MetI  49.26 
 
 
225 aa  182  5.0000000000000004e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004239  methionine ABC transporter permease protein  49.26 
 
 
225 aa  181  6e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.03 
 
 
217 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2000  methionine transport system permease protein  45.41 
 
 
218 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445077  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0196  D-methionine ABC transporter, permease protein  45.41 
 
 
218 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.03 
 
 
217 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.713567  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.03 
 
 
217 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.92 
 
 
221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1343  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.94 
 
 
223 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0459046  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
222 aa  178  4e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.918282  hitchhiker  0.000827956 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4173  ABC metal ion transporter, inner membrane subunit  53.08 
 
 
217 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.325664  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.55 
 
 
217 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.260973  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16990  ABC-type metal ion transport system, permease component  53.3 
 
 
217 aa  178  4.999999999999999e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.126358  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1651  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.03 
 
 
217 aa  178  7e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2930  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.03 
 
 
217 aa  178  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2869  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.03 
 
 
217 aa  178  7e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0413  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.03 
 
 
217 aa  177  9e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0216  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.03 
 
 
217 aa  177  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2557  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.03 
 
 
217 aa  177  9e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0933  D-methionine ABC transporter, permease protein  54.03 
 
 
217 aa  177  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 
228 aa  177  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01201  hypothetical protein  47.55 
 
 
225 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1975  ABC transporter permease protein  47.55 
 
 
235 aa  176  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00271099  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.55 
 
 
235 aa  176  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0083693  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.37 
 
 
246 aa  176  3e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.45 
 
 
223 aa  176  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0428  ABC transporter, permease protein  47.39 
 
 
225 aa  175  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
223 aa  175  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>