64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3193 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3193  hypothetical protein  100 
 
 		 152 aa  298  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.971686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0551  hypothetical protein  51.05 
 
 		 144 aa  154  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1573  hypothetical protein  51.75 
 
 		 146 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0241263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4296  hypothetical protein  51.75 
 
 		 146 aa  144  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.490359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3621  hypothetical protein  51.05 
 
 		 146 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.926955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3861  hypothetical protein  51.05 
 
 		 146 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.636119 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2768  hypothetical protein  47.55 
 
 		 144 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.153392  normal  0.510103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4271  hypothetical protein  48.99 
 
 		 157 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.607459 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1599  hypothetical protein  48.95 
 
 		 146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0102012  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4786  protein of unknown function DUF336  50 
 
 		 145 aa  130  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3828  hypothetical protein  46.15 
 
 		 143 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4638  protein of unknown function DUF336  50 
 
 		 145 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44990  hypothetical protein  46.15 
 
 		 143 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6971  hypothetical protein  49.28 
 
 		 143 aa  125  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2884  hypothetical protein  48.61 
 
 		 145 aa  124  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166888  normal  0.653933 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1129  hypothetical protein  44.76 
 
 		 143 aa  124  7e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2095  hypothetical protein  47.14 
 
 		 142 aa  122  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1709  hypothetical protein  46.4 
 
 		 143 aa  117  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.181823  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1774  hypothetical protein  46.4 
 
 		 143 aa  117  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5732  hypothetical protein  46.85 
 
 		 142 aa  114  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1726  hypothetical protein  44.53 
 
 		 142 aa  114  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0298  hypothetical protein  46.53 
 
 		 153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.834122  normal  0.0150212 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1323  hypothetical protein  46.04 
 
 		 143 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.414702  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3823  hypothetical protein  46.85 
 
 		 143 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3414  hypothetical protein  44.85 
 
 		 142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00846619  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5342  hypothetical protein  41.67 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.264154  normal  0.045579 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4308  hypothetical protein  40.58 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0578  hypothetical protein  49.07 
 
 		 114 aa  98.2  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6094  protein of unknown function DUF336  44.44 
 
 		 144 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0157  hypothetical protein  41.3 
 
 		 141 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0513  hypothetical protein  38.1 
 
 		 154 aa  92  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.507115 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1228  protein of unknown function DUF336  43.75 
 
 		 140 aa  90.5  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.805694  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3227  cellulose binding, type IV  42.06 
 
 		 144 aa  81.6  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.749428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2996  protein of unknown function DUF336  35.71 
 
 		 139 aa  69.7  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4374  hypothetical protein  35.97 
 
 		 168 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.468166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2769  hypothetical protein  30.16 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.816644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1731  hypothetical protein  30.28 
 
 		 165 aa  51.2  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4527  protein of unknown function DUF336  30.71 
 
 		 144 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4158  hypothetical protein  30.71 
 
 		 144 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.693386 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4670  protein of unknown function DUF336  32.5 
 
 		 144 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4963  protein of unknown function DUF336  37.84 
 
 		 165 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.704612  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2753  hypothetical protein  31.91 
 
 		 165 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2120  hypothetical protein  31.47 
 
 		 174 aa  47.8  0.00006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3668  hypothetical protein  33.81 
 
 		 178 aa  47.4  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4389  hypothetical protein  32.73 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00597448  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1142  protein of unknown function DUF336  30.66 
 
 		 169 aa  46.6  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.081676  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4600  protein of unknown function DUF336  28.78 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1777  protein of unknown function DUF336  32.43 
 
 		 144 aa  45.4  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1741  protein of unknown function DUF336  35.04 
 
 		 168 aa  44.3  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.457669 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1444  hypothetical protein  32.77 
 
 		 144 aa  44.7  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  0.348542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6928  protein of unknown function DUF336  32.73 
 
 		 144 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0574265  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3357  hypothetical protein  33.64 
 
 		 133 aa  43.9  0.0009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1295  protein of unknown function DUF336  31.82 
 
 		 143 aa  42.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6273  hypothetical protein  33.64 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0693842  normal  0.24396 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08750  hypothetical protein  31.11 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1340  hypothetical protein  29.75 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000107341 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3558  glcG protein  35.59 
 
 		 135 aa  41.6  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00214965  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0212  hypothetical protein  29.55 
 
 		 166 aa  41.2  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1036  protein of unknown function DUF336  27.74 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3026  hypothetical protein  35 
 
 		 132 aa  41.2  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2459  protein of unknown function DUF336  34.26 
 
 		 137 aa  41.2  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0950  protein of unknown function DUF336  35.43 
 
 		 132 aa  40.4  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0200  hypothetical protein  36.52 
 
 		 146 aa  40.4  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.27391 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0738  hypothetical protein  29.2 
 
 		 136 aa  40.4  0.01  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0771443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>