More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1853 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1853  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0383468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3859  LysR family transcriptional regulator  99.04 
 
 		 312 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499644 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1429  LysR family transcriptional regulator  94.87 
 
 		 312 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1464  LysR family transcriptional regulator  91.59 
 
 		 325 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1754  LysR family transcriptional regulator  77.49 
 
 		 328 aa  495  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  65.91 
 
 		 311 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  65.15 
 
 		 310 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4436  LysR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 305 aa  350  2e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1510  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 312 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451093  normal  0.28121 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  55.41 
 
 		 307 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  55.74 
 
 		 308 aa  328  8e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2930  LysR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 309 aa  319  3.9999999999999996e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  52.63 
 
 		 309 aa  315  7e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.11 
 
 		 307 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 307 aa  299  5e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 308 aa  290  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 296 aa  188  8e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 298 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.05 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 303 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 314 aa  169  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 318 aa  168  8e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5802  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 328 aa  166  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  30.92 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  39.25 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3868  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.909527  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4501  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 294 aa  164  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1349  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.352605 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 301 aa  162  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  31.86 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5066  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291199 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>