More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1394 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1394  hypothetical protein  100 
 
 		 545 aa  1087    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1035  hypothetical protein  90.28 
 
 		 545 aa  931    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.516106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4471  hypothetical protein  76.24 
 
 		 545 aa  819    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.658207  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4329  hypothetical protein  98.72 
 
 		 545 aa  1076    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4418  hypothetical protein  95.59 
 
 		 545 aa  990    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.954696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6721  hypothetical protein  64.8 
 
 		 564 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.527215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0339  hypothetical protein  60.55 
 
 		 576 aa  608  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46120  hypothetical protein  60.97 
 
 		 533 aa  589  1e-167  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0624787  normal  0.341873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3922  hypothetical protein  60.89 
 
 		 533 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.13227  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1795  hypothetical protein  59.29 
 
 		 544 aa  561  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.522465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0538  hypothetical protein  55.08 
 
 		 530 aa  546  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2840  hypothetical protein  54.98 
 
 		 545 aa  543  1e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1549  hypothetical protein  50.63 
 
 		 580 aa  531  1e-149  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0749  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  55.11 
 
 		 546 aa  512  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0179  hypothetical protein  50.09 
 
 		 537 aa  488  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3820  hypothetical protein  51.05 
 
 		 522 aa  447  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.366241  normal  0.547453 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2040  hypothetical protein  47.4 
 
 		 535 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.463751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2183  hypothetical protein  47.34 
 
 		 535 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5710  hypothetical protein  48.98 
 
 		 536 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3213  hypothetical protein  44.55 
 
 		 523 aa  397  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65795  hypothetical protein  47.96 
 
 		 559 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000547463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0450  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  40.04 
 
 		 534 aa  318  2e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4034  thiamine pyrophosphate protein central region  38.32 
 
 		 541 aa  306  5.0000000000000004e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.350713  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1932  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.45 
 
 		 554 aa  302  1e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1583  thiamine pyrophosphate protein domain-containing protein  41.93 
 
 		 536 aa  297  4e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.37341 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2951  thiamine pyrophosphate protein central region  38.69 
 
 		 536 aa  280  5e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00103515  hitchhiker  0.000679979 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0325  thiamine pyrophosphate protein central region  34.53 
 
 		 576 aa  274  3e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.555432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4383  thiamine pyrophosphate protein central region  33.57 
 
 		 578 aa  261  3e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.00140196  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4284  hypothetical protein  31.34 
 
 		 541 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.95304  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1703  hypothetical protein  31.6 
 
 		 558 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.603628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3087  thiamine pyrophosphate protein central region  34.79 
 
 		 564 aa  241  4e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3594  hypothetical protein  32.23 
 
 		 541 aa  239  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.234761  normal  0.928094 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1693  hypothetical protein  31.23 
 
 		 541 aa  236  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4046  thiamine pyrophosphate protein central region  32.99 
 
 		 587 aa  236  8e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.26689  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3437  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.44 
 
 		 542 aa  236  1.0000000000000001e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00701573  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5104  acetolactate synthase catalytic subunit  32.12 
 
 		 562 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.127246 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1072  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  30.97 
 
 		 566 aa  234  3e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1092  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.62 
 
 		 600 aa  233  9e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30090  thiamine pyrophosphate-dependent enzyme, possible carboligase or decarboxylase  35.02 
 
 		 553 aa  231  2e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.492934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08850  acetolactate synthase, large subunit  31.17 
 
 		 623 aa  231  3e-59  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.369585  normal  0.232213 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4180  acetolactate synthase catalytic subunit  32.12 
 
 		 562 aa  230  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0028  acetolactate synthase catalytic subunit  31.75 
 
 		 562 aa  230  5e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3884  acetolactate synthase catalytic subunit  31.75 
 
 		 562 aa  230  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0352  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  32.08 
 
 		 556 aa  230  5e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1233  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  33.89 
 
 		 627 aa  230  5e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.506  normal  0.463621 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4248  acetolactate synthase catalytic subunit  31.75 
 
 		 562 aa  230  6e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0284  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.94 
 
 		 555 aa  230  6e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1689  hypothetical protein  34.01 
 
 		 547 aa  229  8e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0110  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.37 
 
 		 557 aa  229  1e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1929  acetolactate synthase catalytic subunit  29.79 
 
 		 572 aa  229  1e-58  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03555  acetolactate synthase large subunit  31.57 
 
 		 562 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0032  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.57 
 
 		 562 aa  228  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0544  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.45 
 
 		 602 aa  228  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0139  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.88 
 
 		 612 aa  228  2e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03497  hypothetical protein  31.57 
 
 		 562 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3590  hypothetical protein  31.85 
 
 		 541 aa  228  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.291615  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0025  acetolactate synthase catalytic subunit  32.91 
 
 		 562 aa  228  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4077  acetolactate synthase catalytic subunit  31.32 
 
 		 562 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4006  acetolactate synthase catalytic subunit  31.32 
 
 		 562 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.277464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4185  acetolactate synthase catalytic subunit  31.32 
 
 		 562 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4022  acetolactate synthase catalytic subunit  31.32 
 
 		 562 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4127  acetolactate synthase catalytic subunit  31.32 
 
 		 562 aa  226  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1020  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.27 
 
 		 565 aa  226  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0218  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.97 
 
 		 588 aa  225  2e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0158938 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1123  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  33.82 
 
 		 629 aa  225  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.425518  hitchhiker  0.000150974 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2937  hypothetical protein  31.87 
 
 		 543 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1643  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.96 
 
 		 572 aa  223  6e-57  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.169007  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5039  acetolactate synthase large subunit  33.69 
 
 		 611 aa  223  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.818274  normal  0.707988 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4038  acetolactate synthase catalytic subunit  31.57 
 
 		 562 aa  223  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.725928  normal  0.773319 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01970  acetolactate synthase, large subunit  32.37 
 
 		 622 aa  223  7e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00241919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0581  acetolactate synthase catalytic subunit  32.49 
 
 		 554 aa  222  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.188542  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1187  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.95 
 
 		 557 aa  222  1.9999999999999999e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0498  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.36 
 
 		 566 aa  221  3e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0223  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.77 
 
 		 552 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.387939  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1950  acetolactate synthase catalytic subunit  31.56 
 
 		 555 aa  219  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1839  acetolactate synthase catalytic subunit  31.56 
 
 		 555 aa  219  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2843  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  30.14 
 
 		 587 aa  219  1e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0929  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.21 
 
 		 619 aa  218  2e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1877  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.91 
 
 		 636 aa  218  2e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000157707 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4073  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  32.84 
 
 		 623 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.24876  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00825  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.11 
 
 		 574 aa  217  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0902  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.21 
 
 		 619 aa  217  5e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3624  acetolactate synthase catalytic subunit  31.34 
 
 		 554 aa  216  7e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08870  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  32.42 
 
 		 620 aa  216  7e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4988  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  31.46 
 
 		 619 aa  216  8e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0620  acetolactate synthase catalytic subunit  31.65 
 
 		 554 aa  216  9e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3813  acetolactate synthase catalytic subunit  31.65 
 
 		 554 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0710  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.22 
 
 		 563 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2503  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.07 
 
 		 566 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000132944  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6021  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  31.86 
 
 		 611 aa  214  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.265007  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2059  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.19 
 
 		 573 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5385  hypothetical protein  30.95 
 
 		 542 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.366398  normal  0.452356 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2048  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  32.01 
 
 		 596 aa  214  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2401  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.95 
 
 		 558 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2706  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.52 
 
 		 573 aa  214  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3617  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.68 
 
 		 563 aa  214  3.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692831  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0662  acetolactate synthase, large subunit  30.69 
 
 		 553 aa  214  4.9999999999999996e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0231424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2853  glyoxylate carboligase  32.82 
 
 		 583 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0172907  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3455  glyoxylate carboligase  31.17 
 
 		 577 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.13774  normal  0.152002 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1547  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.85 
 
 		 569 aa  214  4.9999999999999996e-54  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>