291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0636 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0636  cold shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 246 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1732  cold shock domain-contain protein  34.92 
 
 		 224 aa  98.2  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  45.16 
 
 		 165 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 66 aa  50.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.94 
 
 		 67 aa  50.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 66 aa  50.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  43.94 
 
 		 67 aa  50.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 66 aa  50.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.94 
 
 		 67 aa  50.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.94 
 
 		 67 aa  49.7  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 68 aa  49.3  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  45.16 
 
 		 68 aa  49.3  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.3 
 
 		 69 aa  49.3  0.00006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2701  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 		 67 aa  49.3  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 		 70 aa  48.9  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 68 aa  48.9  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 69 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 		 67 aa  48.9  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 		 66 aa  48.1  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 		 71 aa  48.1  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1452  cold shock protein  44.44 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00528727  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.5 
 
 		 66 aa  48.5  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3013  cold-shock DNA-binding domain protein  43.33 
 
 		 65 aa  47.8  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000213425  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  38.1 
 
 		 66 aa  47.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  45.16 
 
 		 70 aa  47.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  42.42 
 
 		 67 aa  47.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.62 
 
 		 71 aa  47.8  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 67 aa  47.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 		 66 aa  47.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 69 aa  47.4  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  40.91 
 
 		 67 aa  47.4  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 		 66 aa  47.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3828  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.89 
 
 		 86 aa  47.4  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 		 77 aa  47  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  43.55 
 
 		 70 aa  47.4  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 67 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.55 
 
 		 70 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 69 aa  46.6  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 		 68 aa  47  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8902  putative cold-shock DNA-binding domain protein  31.07 
 
 		 132 aa  47  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3148  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 71 aa  46.6  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0858327  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 		 68 aa  47  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0928  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 65 aa  46.6  0.0004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  39.68 
 
 		 66 aa  46.6  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  39.68 
 
 		 66 aa  46.6  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 66 aa  46.2  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.199562  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 67 aa  46.2  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.39 
 
 		 67 aa  46.2  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.43 
 
 		 70 aa  46.2  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 67 aa  46.2  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 67 aa  46.2  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 		 310 aa  45.8  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 		 67 aa  46.2  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0645  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 		 66 aa  46.2  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155303  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 67 aa  46.2  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3308  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 66 aa  46.2  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515158  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.86 
 
 		 92 aa  45.8  0.0006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 65 aa  45.8  0.0006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  38.1 
 
 		 66 aa  45.8  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00522  cold shock protein  41.67 
 
 		 69 aa  45.4  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.8  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 		 69 aa  45.8  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.8  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.8  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.32 
 
 		 63 aa  45.4  0.0007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 66 aa  45.4  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.1 
 
 		 66 aa  45.4  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  39.68 
 
 		 66 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1364  cold-shock DNA-binding domain protein  46.43 
 
 		 71 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185476  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.54 
 
 		 67 aa  45.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 67 aa  44.7  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.44 
 
 		 65 aa  44.7  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 		 66 aa  45.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 		 83 aa  45.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 		 65 aa  45.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1730  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.21 
 
 		 71 aa  45.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244991 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1179  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.43 
 
 		 70 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.810409  normal  0.131975 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1188  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 		 68 aa  44.7  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00084266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.39 
 
 		 67 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4924  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 94 aa  45.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  46.43 
 
 		 70 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1239  cold-shock DNA-binding domain protein  38.46 
 
 		 67 aa  44.7  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.75 
 
 		 67 aa  44.7  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1250  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 		 71 aa  44.7  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124236  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 		 67 aa  45.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2904  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.27 
 
 		 71 aa  44.7  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0532076  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1642  cold shock DNA-binding protein  43.55 
 
 		 71 aa  44.3  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000478552  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0718  cold shock DNA-binding domain-containing protein  42.65 
 
 		 68 aa  44.3  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 		 70 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 		 67 aa  44.3  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0840  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 69 aa  43.9  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0431891  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2085  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.55 
 
 		 70 aa  44.3  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180168  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>