More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0172 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
287 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.65 
 
 
287 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.91 
 
 
287 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.17 
 
 
287 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  84.21 
 
 
288 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  78.6 
 
 
288 aa  441  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  80.57 
 
 
288 aa  431  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  80.57 
 
 
311 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  84.51 
 
 
288 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  77.03 
 
 
292 aa  401  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.26 
 
 
292 aa  386  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.96 
 
 
292 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.45 
 
 
300 aa  382  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.56 
 
 
288 aa  374  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.49 
 
 
295 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.49 
 
 
295 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.14 
 
 
295 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.5 
 
 
288 aa  370  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  71.38 
 
 
292 aa  367  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  70.67 
 
 
292 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.67 
 
 
290 aa  363  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.66 
 
 
295 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.77 
 
 
295 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  70.32 
 
 
578 aa  345  6e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.28 
 
 
308 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.88 
 
 
288 aa  337  9.999999999999999e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.86 
 
 
298 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.86 
 
 
298 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  64.15 
 
 
298 aa  333  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  59.65 
 
 
288 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.55 
 
 
289 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  61.05 
 
 
289 aa  325  4.0000000000000003e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.94 
 
 
292 aa  321  9.000000000000001e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  61.54 
 
 
323 aa  316  2e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.94 
 
 
288 aa  315  4e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  61.22 
 
 
323 aa  315  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  61.22 
 
 
323 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.2 
 
 
292 aa  315  8e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  60.77 
 
 
313 aa  310  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  60.77 
 
 
313 aa  310  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  69.26 
 
 
323 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  59.33 
 
 
287 aa  301  6.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  63.6 
 
 
281 aa  299  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  63.53 
 
 
294 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  59.52 
 
 
303 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.86 
 
 
303 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  66.67 
 
 
239 aa  265  7e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  87.42 
 
 
187 aa  262  6e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.04 
 
 
270 aa  260  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.61 
 
 
296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.87 
 
 
295 aa  247  1e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  35.44 
 
 
252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  35.46 
 
 
252 aa  128  9.000000000000001e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  38.55 
 
 
253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.23 
 
 
263 aa  122  5e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
245 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
245 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
254 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.59 
 
 
266 aa  116  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  33.06 
 
 
272 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.17 
 
 
263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0191984  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  32.88 
 
 
264 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
264 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5468  ABC transporter membrane spanning protein (aliphatic sulphonate)  35.86 
 
 
284 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165676  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2492  ABC aliphatic sulfonates transporter, innermembrane subunit  32.11 
 
 
280 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
263 aa  108  8.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
274 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
289 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
263 aa  107  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
273 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3058  taurine ABC transporter, permease protein  27.37 
 
 
274 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  35.94 
 
 
252 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 
283 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189471  normal  0.0804385 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0722  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.6 
 
 
272 aa  107  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0102858  normal  0.0961586 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
264 aa  106  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
291 aa  106  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.98 
 
 
264 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  37.37 
 
 
277 aa  106  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.51 
 
 
275 aa  106  5e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.71 
 
 
280 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.54 
 
 
275 aa  105  9e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3936  taurine transporter subunit  30.91 
 
 
284 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  29.92 
 
 
273 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
273 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0260  taurine transporter subunit  30.91 
 
 
284 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.48 
 
 
319 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.17 
 
 
254 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3693  taurine transporter subunit  30.91 
 
 
284 aa  104  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
280 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.615395  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.63 
 
 
281 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1580  taurine ABC transporter, permease protein  34.88 
 
 
253 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477521  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  34.88 
 
 
283 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0620  permease component of taurine ABC transporter  34.88 
 
 
253 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00192231  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.72 
 
 
345 aa  103  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0917022  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2220  taurine ABC transporter, permease protein  34.88 
 
 
283 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215273  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0697  taurine ABC transporter, permease protein  34.88 
 
 
283 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2019  taurine ABC transporter, permease protein  34.68 
 
 
285 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.484134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>