More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0339 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
311 aa  614  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  98.96 
 
 
288 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  83.33 
 
 
288 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  78.12 
 
 
288 aa  444  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.57 
 
 
287 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.92 
 
 
287 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.57 
 
 
287 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.57 
 
 
287 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  81.6 
 
 
288 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  75.09 
 
 
292 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.2 
 
 
292 aa  379  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.94 
 
 
292 aa  378  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.22 
 
 
288 aa  375  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.56 
 
 
300 aa  376  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.89 
 
 
290 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.18 
 
 
288 aa  368  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.49 
 
 
295 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.49 
 
 
295 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  68.99 
 
 
292 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.14 
 
 
295 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  67.94 
 
 
292 aa  362  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.38 
 
 
295 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  70.63 
 
 
578 aa  350  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.63 
 
 
295 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.39 
 
 
308 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.06 
 
 
288 aa  335  7.999999999999999e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  57.64 
 
 
288 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  57.3 
 
 
289 aa  321  9.999999999999999e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.15 
 
 
292 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.49 
 
 
289 aa  320  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.15 
 
 
292 aa  317  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.36 
 
 
298 aa  315  5e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.36 
 
 
298 aa  315  5e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  60 
 
 
323 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  59.68 
 
 
323 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  59.68 
 
 
323 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  61.13 
 
 
298 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  59.37 
 
 
323 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  59.68 
 
 
313 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  59.68 
 
 
313 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  60.22 
 
 
287 aa  301  7.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.71 
 
 
288 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  63.6 
 
 
281 aa  297  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  58.48 
 
 
303 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.48 
 
 
303 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.84 
 
 
294 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  66.11 
 
 
239 aa  265  8e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.88 
 
 
295 aa  263  3e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.87 
 
 
296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.89 
 
 
270 aa  256  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  82.12 
 
 
187 aa  250  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  36.14 
 
 
253 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
245 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
263 aa  123  5e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
245 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
254 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.12 
 
 
269 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  35.17 
 
 
252 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.85 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0191984  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.92 
 
 
252 aa  114  3e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
289 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.02 
 
 
266 aa  112  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
302 aa  112  6e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.6 
 
 
274 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
319 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  30.86 
 
 
273 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
273 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
275 aa  106  4e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
280 aa  105  9e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.615395  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  32.79 
 
 
264 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3750  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  35.45 
 
 
269 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2220  taurine ABC transporter, permease protein  30.57 
 
 
283 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215273  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
264 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  31.45 
 
 
272 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1580  taurine ABC transporter, permease protein  30.57 
 
 
253 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477521  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0620  permease component of taurine ABC transporter  30.57 
 
 
253 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00192231  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
269 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0697  taurine ABC transporter, permease protein  30.57 
 
 
283 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  30.57 
 
 
283 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.64 
 
 
275 aa  104  2e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
269 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2019  taurine ABC transporter, permease protein  30.57 
 
 
285 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.484134  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.85 
 
 
271 aa  103  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
263 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
263 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 
264 aa  103  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5468  ABC transporter membrane spanning protein (aliphatic sulphonate)  34.26 
 
 
284 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165676  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
273 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.96 
 
 
278 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.37818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.27 
 
 
277 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.02 
 
 
266 aa  101  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.27 
 
 
300 aa  100  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.292938  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 
264 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
321 aa  101  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.38 
 
 
254 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2492  ABC aliphatic sulfonates transporter, innermembrane subunit  29.58 
 
 
280 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0377  hypothetical protein  29.58 
 
 
253 aa  100  3e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0802  taurine ABC transporter, permease protein  29.69 
 
 
283 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>