More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3153 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  100 
 
 
303 aa  597  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.67 
 
 
303 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.1 
 
 
308 aa  388  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  66.31 
 
 
289 aa  365  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.23 
 
 
289 aa  362  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  64.69 
 
 
288 aa  355  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.67 
 
 
298 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.67 
 
 
298 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  64.44 
 
 
298 aa  350  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  67.25 
 
 
287 aa  346  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.37 
 
 
292 aa  335  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.59 
 
 
292 aa  332  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  58.54 
 
 
288 aa  325  5e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.4 
 
 
292 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.01 
 
 
295 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.01 
 
 
295 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.33 
 
 
295 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.86 
 
 
288 aa  308  8e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.7 
 
 
292 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.77 
 
 
295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  58.48 
 
 
288 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.48 
 
 
311 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.21 
 
 
287 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.52 
 
 
287 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  60.28 
 
 
292 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.52 
 
 
287 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.21 
 
 
287 aa  298  7e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.4 
 
 
295 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.04 
 
 
294 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.43 
 
 
288 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  55.93 
 
 
292 aa  288  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.93 
 
 
295 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  56.1 
 
 
292 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.58 
 
 
288 aa  280  3e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.58 
 
 
288 aa  278  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  60.42 
 
 
288 aa  278  8e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.6 
 
 
290 aa  278  8e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.03 
 
 
300 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.63 
 
 
270 aa  272  6e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  53.57 
 
 
281 aa  265  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  57.19 
 
 
578 aa  261  8e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.76 
 
 
288 aa  259  3e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  58.23 
 
 
323 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  57.83 
 
 
323 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  57.83 
 
 
323 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  57.83 
 
 
323 aa  248  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  57.83 
 
 
313 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  57.83 
 
 
313 aa  248  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.52 
 
 
296 aa  248  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  63.03 
 
 
239 aa  225  9e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  68.21 
 
 
187 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  35.38 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
276 aa  125  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  32.49 
 
 
252 aa  124  2e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.03 
 
 
245 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.43 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.84 
 
 
269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.03 
 
 
245 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
254 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.62 
 
 
264 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0191984  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  31.8 
 
 
252 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.42 
 
 
263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.14 
 
 
377 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
302 aa  108  8.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.89 
 
 
263 aa  108  1e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.28 
 
 
277 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
254 aa  106  4e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.27 
 
 
294 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.916295 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
273 aa  103  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0467  taurine ABC transporter, permease protein, putative  32.13 
 
 
272 aa  102  7e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0406  putative taurine ABC transporter, permease protein  32.13 
 
 
272 aa  102  7e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0666  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  27.81 
 
 
311 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0569164  decreased coverage  0.0039857 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  31.95 
 
 
272 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  33.67 
 
 
253 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2979  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.43 
 
 
296 aa  102  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  33.33 
 
 
304 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.04 
 
 
275 aa  100  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2515  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.7 
 
 
282 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.313862  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.7 
 
 
254 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.31 
 
 
266 aa  100  4e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3159  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
293 aa  99.8  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.53 
 
 
259 aa  99.4  7e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2535  putative taurine ABC transporter, permease protein  32.08 
 
 
282 aa  99  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254862  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0998  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.31 
 
 
260 aa  99  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.944594 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2337  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 
282 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.67 
 
 
253 aa  98.2  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0876322  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
253 aa  97.1  3e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.417563  normal  0.341407 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.6 
 
 
300 aa  96.7  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.292938  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  30.1 
 
 
250 aa  97.1  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2787  ABC transporter, permease protein  30.7 
 
 
282 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0328614  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.98 
 
 
264 aa  96.7  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  33.17 
 
 
273 aa  96.3  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.86 
 
 
264 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.17 
 
 
273 aa  96.3  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
253 aa  96.7  5e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
291 aa  95.5  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.21 
 
 
253 aa  95.5  9e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  32.45 
 
 
285 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  27.69 
 
 
264 aa  95.5  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.57 
 
 
441 aa  95.1  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0502009  hitchhiker  0.0000630788 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>