More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4123 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  91.58 
 
 
298 aa  527  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.06 
 
 
308 aa  393  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  65.81 
 
 
289 aa  363  2e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.06 
 
 
289 aa  362  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  64.66 
 
 
288 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  66.06 
 
 
287 aa  349  3e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  62.78 
 
 
288 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.79 
 
 
292 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.29 
 
 
292 aa  332  5e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.21 
 
 
303 aa  332  5e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  61.87 
 
 
303 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.63 
 
 
292 aa  325  7e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.86 
 
 
287 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.86 
 
 
287 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.5 
 
 
287 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.86 
 
 
287 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.92 
 
 
288 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.17 
 
 
292 aa  309  4e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.56 
 
 
295 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.56 
 
 
295 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.04 
 
 
288 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.17 
 
 
295 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  58.31 
 
 
292 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  59.93 
 
 
292 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  61.36 
 
 
288 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  61.36 
 
 
311 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.6 
 
 
295 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.23 
 
 
295 aa  298  5e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.64 
 
 
300 aa  298  7e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  63.12 
 
 
292 aa  298  9e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.07 
 
 
288 aa  296  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.71 
 
 
288 aa  292  6e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.98 
 
 
290 aa  290  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.55 
 
 
294 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  63.53 
 
 
288 aa  285  8e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.67 
 
 
295 aa  281  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  55.43 
 
 
281 aa  272  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.2 
 
 
270 aa  270  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  61.36 
 
 
578 aa  270  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  56.62 
 
 
323 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  56.62 
 
 
323 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  56.62 
 
 
323 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  55.91 
 
 
323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  55.91 
 
 
313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  55.91 
 
 
313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.43 
 
 
288 aa  262  6e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.58 
 
 
296 aa  249  5e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  70.86 
 
 
187 aa  222  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  60.95 
 
 
239 aa  218  7.999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  33.91 
 
 
252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  32.66 
 
 
252 aa  133  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  34.02 
 
 
272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.68 
 
 
245 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  34.63 
 
 
252 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
269 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
263 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.78 
 
 
263 aa  112  1.0000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
276 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
294 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136656  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
254 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.83 
 
 
302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  29.75 
 
 
264 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
264 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
254 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  33.46 
 
 
253 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 
264 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.98 
 
 
266 aa  106  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
377 aa  106  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.11 
 
 
315 aa  105  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
264 aa  104  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1684  ABC transporter permease  30 
 
 
262 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.88 
 
 
264 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  29.62 
 
 
262 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
270 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
254 aa  104  2e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.27 
 
 
275 aa  104  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.16 
 
 
264 aa  104  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0191984  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0208  nitrate ABC transporter, permease protein, putative  30.95 
 
 
260 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.473726 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
270 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0183453  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.56 
 
 
252 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000799696  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 
253 aa  103  4e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0876322  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 
253 aa  103  4e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 
284 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.27836  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1900  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.34 
 
 
252 aa  102  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.128113  hitchhiker  0.000000000000910228 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.46 
 
 
264 aa  102  7e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.55 
 
 
278 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  32.08 
 
 
280 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
270 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
270 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0890555  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
270 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4705  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.83 
 
 
270 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.74 
 
 
261 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.66 
 
 
263 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.48 
 
 
319 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  29.22 
 
 
286 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>