More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1730 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
295 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  58.36 
 
 
288 aa  328  9e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  59.5 
 
 
289 aa  327  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.14 
 
 
289 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.67 
 
 
298 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.67 
 
 
298 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.78 
 
 
308 aa  319  3e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  56.9 
 
 
298 aa  315  5e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  58.19 
 
 
287 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.79 
 
 
303 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  59.79 
 
 
303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.42 
 
 
292 aa  295  8e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.42 
 
 
292 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.9 
 
 
292 aa  288  6e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
288 aa  288  9e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  57.2 
 
 
288 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.79 
 
 
295 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.67 
 
 
295 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.88 
 
 
311 aa  279  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  53.98 
 
 
288 aa  279  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.79 
 
 
295 aa  278  5e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.79 
 
 
295 aa  278  5e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.16 
 
 
295 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.77 
 
 
292 aa  276  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.05 
 
 
294 aa  275  8e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.13 
 
 
288 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  57.03 
 
 
292 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.61 
 
 
287 aa  265  8e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.87 
 
 
287 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.87 
 
 
287 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.24 
 
 
287 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  49.66 
 
 
292 aa  258  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  51.77 
 
 
292 aa  258  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.95 
 
 
300 aa  258  8e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.6 
 
 
288 aa  256  3e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.87 
 
 
290 aa  254  9e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.25 
 
 
288 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.87 
 
 
270 aa  251  7e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  55.35 
 
 
578 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  49.64 
 
 
281 aa  248  6e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.07 
 
 
288 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  54.61 
 
 
288 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.9 
 
 
296 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  52.94 
 
 
323 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  52.53 
 
 
323 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  52.94 
 
 
323 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  52.94 
 
 
313 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  52.94 
 
 
313 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  52.94 
 
 
323 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  63.58 
 
 
187 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  54.55 
 
 
239 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
252 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.71 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.2 
 
 
261 aa  116  6e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.23 
 
 
276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.72 
 
 
294 aa  112  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.916295 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
279 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
245 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
269 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.84 
 
 
254 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
245 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.46 
 
 
266 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0254  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.2 
 
 
279 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  31.69 
 
 
285 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.1 
 
 
264 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0191984  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.73 
 
 
302 aa  108  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.77 
 
 
264 aa  107  3e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  32.04 
 
 
253 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
279 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588836 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0998  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.46 
 
 
260 aa  105  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.944594 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  28.69 
 
 
277 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  28.69 
 
 
277 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
263 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
279 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
272 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.98 
 
 
277 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
279 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796344  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  29.79 
 
 
252 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0260  taurine transporter subunit  28.1 
 
 
284 aa  102  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3936  taurine transporter subunit  28.1 
 
 
284 aa  102  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3693  taurine transporter subunit  28.1 
 
 
284 aa  102  7e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1746  putative molybdenum ABC transporter, solute-binding protein  24.29 
 
 
249 aa  102  1e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000716411  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.72 
 
 
298 aa  100  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.30367  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.94 
 
 
441 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0502009  hitchhiker  0.0000630788 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  29.83 
 
 
272 aa  99.4  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.15 
 
 
275 aa  99.4  6e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2515  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.16 
 
 
282 aa  99  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.313862  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.17 
 
 
273 aa  99  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
264 aa  99  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  33.17 
 
 
273 aa  99  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2787  ABC transporter, permease protein  31.16 
 
 
282 aa  99  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0328614  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.4 
 
 
253 aa  98.6  1e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.92 
 
 
294 aa  98.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136656  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.94 
 
 
291 aa  98.2  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.466071  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.7 
 
 
253 aa  98.6  1e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0876322  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.56 
 
 
263 aa  97.8  2e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.15 
 
 
253 aa  98.2  2e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.89 
 
 
274 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1174  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.89 
 
 
367 aa  97.1  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0829949  normal  0.133993 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
321 aa  97.1  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>